计算化学公社

标题: 求助，gromacs中使用pull code的flat bottom pulling [打印本页]

作者
Author: 季伯醇 时间: 2021-5-31 23:35
标题: 求助，gromacs中使用pull code的flat bottom pulling
本人目前在研究18个多肽被石墨烯吸附后自组装现象，将多肽放在六层石墨烯上方1nm，周期性边界条件，担心多肽飘到上方，所以希望使用pull code中flat bottom pulling来实现多肽质心超过一定z坐标高度就被拉力拉回。没有找到flat bottom pulling相关的模板，希望有高人能够指点一下或者提供一下模板。
附一个小问题 pull-ncoords 的含义是什么/(ㄒoㄒ)/~~
ndx文件中的p1-18代表18个多肽

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)