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标题: 求助金属与有机小分子的络合物的模拟 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-1 20:20
标题: 求助金属与有机小分子的络合物的模拟
老师好，我做的一个金属与有机分子的络合物，金属离子与有机分子之间是离子键，没有力场参数可以直接使用。看到一篇文献类似，将金属与有机分子用距离限制进行约束：“ The complexes were simulated with weak harmonic constraints onEu···N and Eu···ONO3 “bonds” (at ∼2.8 and ∼2.4 Å, respectively, with force constants of 20 kcal/mol/Å2) to avoid dissociation and to retain a bidentate coordination of nitrates during the dynamics.” 文献中的络合物分子如图，原文献见附件。这样做是不是不准确，因为加入了一个离子肯定会对原来的有机分子的参数有影响。
不知道我的络合物分子是否可以直接使用距离限制计算PMF。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-2 05:43
这是配位键，不是离子键。
如果想完全避免金属离子与配体在MD中分离，加上bond项或者距离限制是可以的。但只是这样的话，配位键之间的键角可能无法较好维持。理应bond和angle项都要提供。有很多现成的产生力场参数的工具

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-2 07:01
本帖最后由 sun666 于 2021-6-2 07:14 编辑

sobereva 发表于 2021-6-2 05:43
这是配位键，不是离子键。
如果想完全避免金属离子与配体在MD中分离，加上bond项或者距离限制是可以的。但 ...

谢谢老师，您的意思是文献中的络合物是形成的配位键吗。但是我想做的络合物是金属离子与去质子化的有机分子之间是离子键。我想问您我能不能参考文献的方式也用距离限制。不知道您说的现成产生力场参数的工具是哪些呢。目前我知道的只有UFF可以直接产生金属与有机分子络合物的力场，但精度又太低。另外想问您，是不是对络合物进行结构优化才是对应于真实体系，文献中加距离限制只是因为没有络合物合适的力场参数才加的限制。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-2 07:11

sun666 发表于 2021-6-2 07:01
谢谢老师，您的意思是文献中的络合物是形成的配位键吗。但是我想做的络合物是金属离子与去质子化的有机分 ...

本来那就不可能是离子键

你可以尝试只用距离限制，但未必立体结构能维持得理想。

搜论坛，之前回复过

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-2 07:23
本帖最后由 sun666 于 2021-6-2 07:34 编辑

sobereva 发表于 2021-6-2 07:11
本来那就不可能是离子键

你可以尝试只用距离限制，但未必立体结构能维持得理想。

谢谢老师，文献中的络合物是因为没有合适的参数直接描述才使用的距离限制吗。不知道您说的产生力场的工具是什么，我的配合物是过度金属Ni离子与去质子化有机物分子的配合物，目前我知道能够产生金属与有机物络合物分子的力场只有UFF，精度又太低。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-3 06:56

sun666 发表于 2021-6-2 07:23
谢谢老师，文献中的络合物是因为没有合适的参数直接描述才使用的距离限制吗。不知道您说的产生力场的工具 ...

是

我说了，去搜论坛，之前我回复过很多次关于产生力场参数的工具

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2021-6-3 08:36

sobereva 发表于 2021-6-2 05:43
这是配位键，不是离子键。
如果想完全避免金属离子与配体在MD中分离，加上bond项或者距离限制是可以的。但 ...

Sob老师，他说的这个离子键应该是指离子键成分比较多的配位键吧，正好我最近看到过一些文献说，这种类型的配合物在溶液中（具体什么溶剂不太记得了，应该是水溶液吧），配位的配体有可能会解离下来（有实验验证的）。这种情况是不是不应该只考虑距离约束，是不是应该还要考虑解离的情况啊。

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-6-3 08:46

GoldenBaby 发表于 2021-6-3 08:36
Sob老师，他说的这个离子键应该是指离子键成分比较多的配位键吧，正好我最近看到过一些文献说，这种类型 ...

合理，个人感觉MD描述不好，这种情况精度其实得上AIMD，如果做不动，有被argue的可能性

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-3 09:53

hdhxx123 发表于 2021-6-3 08:46
合理，个人感觉MD描述不好，这种情况精度其实得上AIMD，如果做不动，有被argue的可能性

谢谢您，但是这篇文献直接使用的距离限制。不知道是这种限制的方法是被认可的吗，文章中也计算了PMF。sob老师说的产生力场的工具好像好像对于整个配合物只有UFF能使用吧，但是UFF精度太低。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-4 05:56
我说的产生力场的工具是诸如使用seminario等方法，基于量化计算结果得到成键项参数，不是基于诸如UFF指认参数产生拓扑文件
产生力场参数的工具和根据已有力场产生拓扑文件的工具是两码事

光靠距离约束效果如何，基于力场跑个真空下的单个配合物的MD，对比MD过程中的结构和量子化学用恰当级别优化出来的结构的差异便知是否合理

作者
Author: 车仔55 时间: 2021-12-9 15:28
sob老师，对于这种金属配合物，用forcefit产生了键和键角的力常数，但是跑个MD还是不能很好地维持结构，请问这种情况应该怎么处理呢，可以加大这种力常数吗，或者有什么其他方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 02:42

车仔55 发表于 2021-12-9 15:28
sob老师，对于这种金属配合物，用forcefit产生了键和键角的力常数，但是跑个MD还是不能很好地维持结构，请 ...

看具体是怎么没维持好的
如果已定义的bond/angle/dihedral项在模拟过程中偏离平衡值太大，就加大力常数；如果是其它形式的变形，可能还需要加其它的bond/angle/dihedral项来维持

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