计算化学公社

标题: F-、Br-、I-、IO3-离子能否用acpype.py生成力场参数呢 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-2 00:48
标题: F-、Br-、I-、IO3-离子能否用acpype.py生成力场参数呢
请问老师，F-、Br-、I-、IO3-离子能否总acpype.py生成力场参数呢。GAFF力场模拟1M的电解质(1M阳离子，1M阴离子)应该没问题吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-2 05:49
IO3-这种成键方式特殊的无机体系用GAFF无法描述
专门模拟较高浓度的其它几种离子溶液，最好用KBFF的里的参数

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-2 07:06

sobereva 发表于 2021-6-2 05:49
IO3-这种成键方式特殊的无机体系用GAFF无法描述
专门模拟较高浓度的其它几种离子溶液，最好用KBFF的里的参 ...

谢谢老师那F-、CL-、Br-这些离子可以用acpype.py生成吗。我看有一个帖子说2M以上才用高浓度专门的力场。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-2 07:12

sun666 发表于 2021-6-2 07:06
谢谢老师那F-、CL-、Br-这些离子可以用acpype.py生成吗。我看有一个帖子说2M以上才用高浓度专门的力场。

可

高浓度是必须用专门的力场，要不然定性都严重错误；而即便浓度不低的情况，用不是很合适的力场结果也不好，到时候容易挨审稿人批。AMBER等普通生物分子力场里虽然有离子的参数，但主要目的只不过是表现离子的环境，拿来专门模拟离子的溶液别指望能得到多好的结果。

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-2 07:25

sobereva 发表于 2021-6-2 07:12
可

高浓度是必须用专门的力场，要不然定性都严重错误；而即便浓度不低的情况，用不是很合适的力场结果 ...

但是我的体系中有Ni离子，不知道KBFF力场能用Merz的参数吗。或者KBFF有什么其他方式就Ni离子

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-3 06:57

sun666 发表于 2021-6-2 07:25
但是我的体系中有Ni离子，不知道KBFF力场能用Merz的参数吗。或者KBFF有什么其他方式就Ni离子

都用Merz参数不就完了
J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 1645−1657里都有阴离子参数

作者
Author: devilove 时间: 2023-6-17 15:23

sobereva 发表于 2021-6-2 05:49
IO3-这种成键方式特殊的无机体系用GAFF无法描述
专门模拟较高浓度的其它几种离子溶液，最好用KBFF的里的参 ...

请教Sob老师，IO3-的成键方式特殊是指？能否用GAFF力场描述碘氧化物嘛，如I2O4。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-17 16:00

devilove 发表于 2023-6-17 15:23
请教Sob老师，IO3-的成键方式特殊是指？能否用GAFF力场描述碘氧化物嘛，如I2O4。

有机体系里会出现的I形成单键的情况才能用GAFF
其它成键的情况都需要用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于专一性参数的拓扑文件

作者
Author: devilove 时间: 2023-6-17 16:23

sobereva 发表于 2023-6-17 16:00
有机体系里会出现的I形成单键的情况才能用GAFF
其它成键的情况都需要用sobtop（http://sobereva.com/sof ...

非常感谢Sob老师的指导，目前是用您开发的Sobtop程序去处理碘氧化物的。在执行选项 3：‘Assign GAFF atom types as much as possible’后，进而采用mSeminario方法计算力常数，同时原子电荷采用您在课程中建议的RESP电荷。如此生成的I2O4力场文件是否可用，可信？期待您权威的回复，不然心里没底。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-17 17:00

devilove 发表于 2023-6-17 16:23
非常感谢Sob老师的指导，目前是用您开发的Sobtop程序去处理碘氧化物的。在执行选项 3：‘Assign GAFF ato ...

可以

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-17 17:30

sun666 发表于 2021-6-2 00:25
但是我的体系中有Ni离子，不知道KBFF力场能用Merz的参数吗。或者KBFF有什么其他方式就Ni离子

有Ni2+的话，需要注意Br-和I-会不会和Ni2+配位，如果会的话，不能把Ni2+当作自由离子来模拟

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