计算化学公社

标题: 求助:请问文献上溶剂化层随时间的衰减曲线怎么得到的 [打印本页]

作者
Author:
邱美佳    时间: 2021-6-2 14:24
标题: 求助:请问文献上溶剂化层随时间的衰减曲线怎么得到的
请问,文献上用gromacs算出的离子周围第一溶剂化层的停留时间曲线是怎么得到的?

作者
Author:
conanatm    时间: 2021-6-2 22:14
需要写一个脚本记录每一时刻离子配位层内的溶剂分子,之后计算自相关函数并使用指数衰减函数拟合。
参考:Impey, R. W., Madden, P. A., & McDonald, I. R. (1983). Hydration and mobility of ions in solution. The Journal of Physical Chemistry, 87(25), 5071-5083.
作者
Author:
邱美佳    时间: 2021-6-3 13:43
conanatm 发表于 2021-6-2 22:14
需要写一个脚本记录每一时刻离子配位层内的溶剂分子,之后计算自相关函数并使用指数衰减函数拟合。
参考: ...

你好,请问gromacs如何计算自相关函数呢?
作者
Author:
conanatm    时间: 2021-6-3 20:54
邱美佳 发表于 2021-6-3 13:43
你好,请问gromacs如何计算自相关函数呢?

这个可能要自己写脚本。我不清楚GROMACS自带的自相关函数分析程序能不能处理这种数据。




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3