计算化学公社

标题: 求助：opc力场文件在不同力场中是否能通用 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-6-2 17:31
标题: 求助：opc力场文件在不同力场中是否能通用
卢老师，请问您提供的用于Amber力场的opc.itp能否直接用于opls力场呢？如果不能，用于opls力场的这个水模型如何获取呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-3 07:22
原理上可以（当然，得相应地改力场文件）

不过若无特殊必要，我并不推荐用OPLS-AA，原子类型定义得乱糟糟的

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-6-3 08:54

sobereva 发表于 2021-6-3 07:22
原理上可以（当然，得相应地改力场文件）

不过若无特殊必要，我并不推荐用OPLS-AA，原子类型定义得乱糟 ...

卢老师，请问应该如何修改力场文件呢？opls也是定义sigma和epsilon呀？

作者
Author: greatzdk 时间: 2021-6-3 08:59

sobereva 发表于 2021-6-3 07:22
原理上可以（当然，得相应地改力场文件）

不过若无特殊必要，我并不推荐用OPLS-AA，原子类型定义得乱糟 ...

可否举个例子？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-4 05:58

邱美佳发表于 2021-6-3 08:54
卢老师，请问应该如何修改力场文件呢？opls也是定义sigma和epsilon呀？

我在.itp一开头的注释里写了，需要在ffnonbonded.itp里添加原子类型。OPLS同理
搞清楚gromacs拓扑文件的基本规则自然就明白

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-6-4 08:22

sobereva 发表于 2021-6-4 05:58
我在.itp一开头的注释里写了，需要在ffnonbonded.itp里添加原子类型。OPLS同理
搞清楚gromacs拓扑文件的 ...

操作和在amber力场中一样就可以了对吧？不需要改任何参数的数值对吗？我是怕这两个力场的comb-rule不一样导致不兼容~

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-6-4 09:15

sobereva 发表于 2021-6-4 05:58
我在.itp一开头的注释里写了，需要在ffnonbonded.itp里添加原子类型。OPLS同理
搞清楚gromacs拓扑文件的 ...

卢老师，是不是就直接把这部分参数复制在opls力场的ffnonbond里，然后opc.itp就直接在top里面include就行了，不用改变任何参数的数值？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-4 09:19

邱美佳发表于 2021-6-4 08:22
操作和在amber力场中一样就可以了对吧？不需要改任何参数的数值对吗？我是怕这两个力场的comb-rule不一样 ...

你又不是把Amber和OPLS-AA混用

OPC又不是和Amber绑定的

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-4 09:21

邱美佳发表于 2021-6-4 09:15
卢老师，是不是就直接把这部分参数复制在opls力场的ffnonbond里，然后opc.itp就直接在top里面include就行 ...

just try

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-6-4 09:34

sobereva 发表于 2021-6-4 09:19
你又不是把Amber和OPLS-AA混用

OPC又不是和Amber绑定的

原来是这样，我还以为opc是用amber力场拟合的规则来拟合的，所以只和amber力场最兼容！谢谢卢老师！

作者
Author: ogrebit 时间: 2023-1-5 12:21
请教一下，opc水的问题。
报错如下。。。
Non-default thread affinity set probably by the OpenMP library,
disabling internal thread affinity

-------------------------------------------------------
Program: gmx mdrun, version 2020.6-MODIFIED
Source file: src\gromacs\mdlib\settle.cpp (line 194)

Fatal error:
The [molecules] section of your topology specifies more than one block of
a [moleculetype] with a [settles] block. Only one such is allowed.
If you are trying to partition your solvent into different *groups*
(e.g. for freezing, T-coupling, etc.), you are using the wrong approach. Index
files specify groups. Otherwise, you may wish to change the least-used
block of molecules with SETTLE constraints into 3 normal constraints.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
求溶剂化自由能，settle报错，请问有人会opc水的这个怎么改吗？

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-12-5 19:41
本帖最后由 xishaofan 于 2024-12-5 19:44 编辑

sobereva 发表于 2021-6-3 07:22
原理上可以（当然，得相应地改力场文件）

不过若无特殊必要，我并不推荐用OPLS-AA，原子类型定义得乱糟 ...

sob老师，你好我看到论坛上有人分享OPC3.itp和贴主的有些不同，其[ bonds ]一栏分别为345000和502416，我是用gaff2力场对油水表面活性剂体系进行模拟，请问我以哪儿为准？或者sob可以分享一下吗？谢谢sob老师！
[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
SOL             2

[ atoms ]
; id  at type    res nr  res name  at name  cg nr  charge mass
  1 OW_opc3    1    SOL    OW    1    -0.89517 15.99940
  2 HW_opc3    1    SOL    HW1    1    0.447585 1.00800
  3 HW_opc3    1    SOL    HW2    1    0.447585 1.00800

#ifndef FLEXIBLE

[ settles ]
; OW       funct       doh       dhh
1    1    0.097888    0.159849

[ exclusions ]
1       2       3
2       1       3
3       1       2

#else

[ bonds ]
; i    j    funct length  force.c.
1    2    1    0.097888    502416.0  0.097888    502416.0
1    3    1    0.097888    502416.0  0.097888    502416.0

[ angles ]
; i    j    k    funct angle force.c.
2    1    3    1    109.47  628.02    109.47  628.02

#endif

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 20:44

xishaofan 发表于 2024-12-5 19:41
sob老师，你好我看到论坛上有人分享OPC3.itp和贴主的有些不同，其[ bonds ]一栏分别为345000和502416，我 ...

通常都是用刚性的OPC3水，[bonds]、[angles]项本来就是多余的，原文里也根本没定义相应力常数

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-12-5 20:52

sobereva 发表于 2024-12-5 20:44
通常都是用刚性的OPC3水，、[angles]项本来就是多余的，原文里也根本没定义相应力常数

好的，谢谢sob老师，故此处我任选一种都可以，不影响模拟。

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