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标题: 求助如何确定packmol中盒子大小与装满盒子的有机分子数量的关系 [打印本页]

作者
Author: tww 时间: 2021-6-3 10:00
标题: 求助如何确定packmol中盒子大小与装满盒子的有机分子数量的关系
本人想通过packmol建立一个装有一定数量醋酸分子和蛋白质分子的盒子盒子，然后用gromacs进行模拟时向其中添加水分子。要求醋酸分子与水分子保持一定浓度比，请问如何计算整个盒子填满时的分子数目？？刚刚跨行的萌新，希望各位老师不吝赐教，万分感谢！！！！！！

作者
Author: 牧生 时间: 2021-6-3 20:11
本帖最后由牧生于 2021-6-3 20:12 编辑

举例如下：
向盒子里加入100个醋酸，5个蛋白质，得到的盒子名为mix.pdb
tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mix.pdb
structure 醋酸.pdb
  number 100
  inside box 0. 0. 0. 100. 100. 100.
end structure
structure 蛋白质.pdb
  number 5
  inside box 0. 0. 0. 100. 100. 100.
end structure

向mix.pdb中加满三点水，得到醋酸+蛋白质+水.gro

gmx solvate -cp mix.pdb -cs spc216.gro -p topol.top -o 醋酸+蛋白质+水.gro

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-4 09:06
逐渐增加水和醋酸的分子数，二者始终满足期望的比例，反复用packmol产生结构，直到插不进去为止。

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