计算化学公社

标题: 求助LSF集群上如何提交ORCA作业 [打印本页]

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-6-3 15:13
标题: 求助LSF集群上如何提交ORCA作业
各位老师好，我之前是在学校的LSF集群上提交高斯作业的时候，采用的是：bsub -q username -n 12 g16 test.com这样的命令现在接触到ORCA，想用这个软件做一些计算，按照Sob老师的教程在超算集群安装好了ORCA 4.2.1和对应的OpenMPI 3.1.4（量子化学程序ORCA的安装方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)）
但是我发现我采用如下这种指令是无法正常提交计算的。
(, 下载次数 Times of downloads: 35)
小弟对集群和Linux的相关操作不是很熟悉，特地来请教一下各位老师正确的提交方式是什么？
PS：我这种提交方式会直接生成一个输出文件就没有后续了。
(, 下载次数 Times of downloads: 35)
谢谢各位老师指导一二！！

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2021-6-3 15:18
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2021-6-3 15:21 编辑

加一对双引号试试，例如
bsub -q xxx -n xxx “/xxx/orca xxx.inp > xxx.out”
不加引号的话，bsub会以为> out是bsub的输出而不是orca的输出。如果要同时记录bsub的输出，可以用
bsub -q xxx -n xxx -o xxx “/xxx/orca xxx.inp > xxx.out”

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-6-3 15:51

hebrewsnabla 发表于 2021-6-3 15:18
加一对双引号试试，例如
bsub -q xxx -n xxx “/xxx/orca xxx.inp > xxx.out”
不加引号的话，bsub会以 ...

好的我试试！谢谢！~

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-6-4 10:44

Kikyou 发表于 2021-6-3 15:51
好的我试试！谢谢！~

老师感谢您的答复！现在是可以正常输出了！

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-6-4 10:45

hebrewsnabla 发表于 2021-6-3 15:18
加一对双引号试试，例如
bsub -q xxx -n xxx “/xxx/orca xxx.inp > xxx.out”
不加引号的话，bsub会以 ...

老师感谢您的答复！现在是可以正常输出了！
另外我还想请教一下，bsub -q fuyao -n 4 "/home/chem/theochem/kikyou/Software/ORCA421/orca test.inp > test.out" 这个指令是可以正常输出的，但是我按Sob老师教程在~/.bashrc文件里加上alias orca='/home/chem/theochem/kikyou/Software/ORCA421/orca'，希望用orca代替路径，用bsub -q fuyao -n 4 "orca test.inp > test.out"指令提交，结果报错让我提供完整路径
!!! ERROR (ORCA_MAIN): For parallel runs !!!
!!! ORCA has to be called with full pathname !!!
[file orca_tools/qcsys.cpp, line 41]:
不知道是不是哪里出问题了？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-4 15:03

Kikyou 发表于 2021-6-4 10:45
老师感谢您的答复！现在是可以正常输出了！
另外我还想请教一下，bsub -q fuyao -n 4 "/home/chem/theoc ...

你想这样的话，估计得写一个xxx.sh脚本文件，里面内容是

#BSUB核数指定（具体指令请看超算中心给你的LSF使用手册，里面会有说明）
#BSUB内存指定
alias orca='/home/chem/theochem/kikyou/Software/ORCA421/orca'
orca test.inp > test.out

外面用命令bsub xxx.sh提交任务。当然，ORCA输入文件里仍应写上合适的内存和核数。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2021-6-4 15:24

Kikyou 发表于 2021-6-4 10:45
老师感谢您的答复！现在是可以正常输出了！
另外我还想请教一下，bsub -q fuyao -n 4 "/home/chem/theoc ...

alias大概不行。我比较喜欢先设置环境变量
export ORCA=/xxx/ORCA421/orca
然后提交的时候用$ORCA代替orca

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-6-4 16:07

hebrewsnabla 发表于 2021-6-4 15:24
alias大概不行。我比较喜欢先设置环境变量
export ORCA=/xxx/ORCA421/orca
然后提交的时候用$ORCA代替o ...

谢谢谢谢！确实是这样，可以用了~

作者
Author: Kikyou 时间: 2021-6-4 16:07

zjxitcc 发表于 2021-6-4 15:03
你想这样的话，估计得写一个xxx.sh脚本文件，里面内容是

#BSUB核数指定（具体指令请看超算中心给你的 ...

感谢！试了下脚本这样没问题了！~

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