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标题: 动力学模拟后在轨迹中取出团簇做优化和频率计算时使用隐式溶剂模型，能否直接使用水 [打印本页]

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Author: cuihongqiang 时间: 2021-6-3 16:18
标题: 动力学模拟后在轨迹中取出团簇做优化和频率计算时使用隐式溶剂模型，能否直接使用水
含有多个葡萄糖分子的体系进行分子动力学模拟，在轨迹中选定一个分子取出该分子及其周围2A内的分子做ROA计算，使用PCM隐式溶剂模型处理溶剂效应，在opt和freq计算过程中是直接选用solvent=water还是要根据糖溶液体系的介电常数自定义溶剂，在截取分子过程中，在2A内的水分子是否需要舍弃，求指教，谢谢

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Author: wzkchem5 时间: 2021-6-3 16:48
和葡萄糖直接相邻的水分子要保留。
solvent=water应该就行了，如果已知溶液的介电常数，而且与纯水的介电常数明显不同，用溶液的介电常数自定义溶剂也可以（除介电常数以外的参数仍然沿用水的参数），但即使不这么做也没多大问题

作者
Author: cuihongqiang 时间: 2021-6-3 17:52

wzkchem5 发表于 2021-6-3 16:48
和葡萄糖直接相邻的水分子要保留。
solvent=water应该就行了，如果已知溶液的介电常数，而且与纯水的介电 ...

谢谢指教

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-4 09:15
由于已经把葡萄糖分子附近一圈的分子（有水的情况必须包括）以显式方式考虑了，所以此时结果对隐式溶剂的设定就远没有只用隐式溶剂模型的时候那么敏感。solvent=water足矣。

作者
Author: cuihongqiang 时间: 2021-6-4 09:24

sobereva 发表于 2021-6-4 09:15
由于已经把葡萄糖分子附近一圈的分子（有水的情况必须包括）以显式方式考虑了，所以此时结果对隐式溶剂的设 ...

谢谢

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Author: cuihongqiang 时间: 2021-6-4 11:09
本帖最后由 cuihongqiang 于 2021-6-4 11:25 编辑

sobereva 发表于 2021-6-4 09:15
由于已经把葡萄糖分子附近一圈的分子（有水的情况必须包括）以显式方式考虑了，所以此时结果对隐式溶剂的设 ...

隐式溶剂模型的非极性部分对频率计算影响大吗，Gaussian中定义介电常数的单位是什么，手册里没写，使用的是相对介电常数吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-4 14:54

cuihongqiang 发表于 2021-6-4 04:09
隐式溶剂模型的非极性部分对频率计算影响大吗，Gaussian中定义介电常数的单位是什么，手册里没写，使用的 ...

非极性部分影响应该不大，尤其你是强极性溶剂，极性部分占了相互作用的大部分。
介电常数是相对介电常数。一般量化程序里，不管是输入的介电常数还是算出来的介电常数，几乎都是相对介电常数

作者
Author: cuihongqiang 时间: 2021-6-4 19:38

wzkchem5 发表于 2021-6-4 14:54
非极性部分影响应该不大，尤其你是强极性溶剂，极性部分占了相互作用的大部分。
介电常数是相对介电常数 ...

谢谢

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