计算化学公社

标题: 求问关于全氟化合物和无机盐的相互作用 [打印本页]

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Author: 雪见容馥 时间: 2021-6-3 19:57
标题: 求问关于全氟化合物和无机盐的相互作用
请问各位老师，我想研究全氟化合物如PFOS、PFOA和Ca离子以及HA（腐殖酸）之间的相互作用，PFOA、PFOS、HA均带负电，他们同处于水溶液中，根据络合反应以及大量文献表明，在水溶液中，大部分金属离子都可以同水分子或者其他离子以及有机无机物之间生成络合物，因此他们之间应该是络合作用，但我做了如下分析并没有发现存在络合作用，不知道是哪一步出来问题。分子结构如下图1所示，并且做了以下分析：
1.AIM分析以及键临界点的数据如图2
2.通过IRI分析相互作用的位置及类型，结果如图3
3.用Multiwfn分析了电子密度差图如图4
4.用Multiwfn做了能量分解如图2

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-3 22:28
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-6-3 15:36 编辑

腐殖酸靠近Ca的质子必须去掉。羧酸如果和金属离子络合，一般是以羧酸根的形式。
另外PFOS-Ca的能量分解应该做错了，稍有常识都知道总结合能不会那么大。结合能大于0说明没有络合作用不假，但是大了那么多，明显超过一般化学能的范围了，显然不能不经思考而接受这个结果，应该去检查哪里搞错了。比如分子结构、电荷/自旋多重度设置之类的。此外，你考虑显式溶剂了吗？Ca的第一配位层必须用显式溶剂完全饱和。外面用隐式溶剂模型。

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-6-4 08:45

wzkchem5 发表于 2021-6-3 22:28
腐殖酸靠近Ca的质子必须去掉。羧酸如果和金属离子络合，一般是以羧酸根的形式。
另外PFOS-Ca的能量分解应 ...

谢谢老师，之前没有化学基础才刚刚开始学，外面用了隐式溶剂模型，Ca的第一配位层必须用显示溶剂完全饱和是什么意思？怎么设置？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-4 14:43

雪见容馥发表于 2021-6-4 01:45
谢谢老师，之前没有化学基础才刚刚开始学，外面用了隐式溶剂模型，Ca的第一配位层必须用显示溶剂完全饱和 ...

比如你的溶剂是水，你必须用足够多的水分子，把Ca的所有配位点都配位

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Author: 雪见容馥 时间: 2021-6-4 15:00

wzkchem5 发表于 2021-6-4 14:43
比如你的溶剂是水，你必须用足够多的水分子，把Ca的所有配位点都配位

是不是可以这样理解，假如Ca和有机物配位后还剩三个位点，就给Ca旁边放三个水分子？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-4 15:55

雪见容馥发表于 2021-6-4 08:00
是不是可以这样理解，假如Ca和有机物配位后还剩三个位点，就给Ca旁边放三个水分子？

对，并且水分子的氧原子朝着Ca的方向，Ca-O键长在一般Ca离子水合物的范围内，就行了

作者
Author: 雪见容馥 时间: 2021-6-4 16:12

wzkchem5 发表于 2021-6-4 15:55
对，并且水分子的氧原子朝着Ca的方向，Ca-O键长在一般Ca离子水合物的范围内，就行了

好的，谢谢老师

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