计算化学公社

标题: 求助：VMD导入xyz格式轨迹文件键的显示问题 [打印本页]

作者
Author: SpongeBob 时间: 2021-6-3 20:51
标题: 求助：VMD导入xyz格式轨迹文件键的显示问题
请问大家，我将xyz格式的轨迹文件导入到vmd后发现出现了明显的旧键的断裂和新键的生成，但是VMD并没有表示出来，依旧是延续的初始构型的键。因为想依照轨迹做个动画，所以请问VMD是否可以做到随轨迹的运动而产生动态的化学键生成和断裂呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-4 08:54
用dynamic bonds方式
看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

或者用下文提到的方式每一帧自动更新连接关系
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http://sobereva.com/545（http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html）

作者
Author: SpongeBob 时间: 2021-6-4 10:24

sobereva 发表于 2021-6-4 08:54
用dynamic bonds方式
看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

解决了，谢谢老师

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