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标题: 求助：如何解决石墨烯在聚合物体系中表现得太柔软的问题呢 [打印本页]

作者
Author: liuxdhs 时间: 2021-6-3 21:08
标题: 求助：如何解决石墨烯在聚合物体系中表现得太柔软的问题呢
本帖最后由 liuxdhs 于 2021-6-3 21:09 编辑

各位老师们好，sob老师好！
我想请教一下石墨烯的top文件如何设置能够表现得刚性一些呢？我用了oplsaa力场，使用x2top得到的top文件。（gmx x2top -f gra.gro -o gra.top -ff oplsaa -nopbc -name graphene -kb 400000 -kt 600 -kp 150）
一开始使用nvt做驰豫，将石墨烯freeze住。之后再使用npt，将freeze去掉，控温控压，378k，180bar，石墨烯非常容易卷曲。
而一些参考文献，都是使用oplsaa力场的，但是没有出现这种情况，请问这是通过什么解决的呢？图1-2 是参考文献石墨烯图
图3 是跑npt后石墨烯图
图4 是去除聚合物图
图5 包含聚合物图

作者
Author: coolrainbow 时间: 2021-6-3 21:51
你这个似乎是个石墨片段，而不是石墨烯。在拓扑文件中，需要定义跨边界的键的连接，执行时要periodic-molecules = yes 才行

作者
Author: liuxdhs 时间: 2021-6-3 21:57

coolrainbow 发表于 2021-6-3 21:51
你这个似乎是个石墨片段，而不是石墨烯。在拓扑文件中，需要定义跨边界的键的连接，执行时要periodic-molec ...

您好！这个模型我是采用一小片来进行计算的，参考文献也有这样进行计算。
下面这个链接我是采用了无限延展的情况，但还是表现得非常柔软，变形太厉害了。
http://bbs.keinsci.com/thread-23341-1-1.html

作者
Author: coolrainbow 时间: 2021-6-4 07:12

liuxdhs 发表于 2021-6-3 21:57
您好！这个模型我是采用一小片来进行计算的，参考文献也有这样进行计算。
下面这个链接我是采用了无限延 ...

如果真的是片段的话，片段边缘应该加氢。

那个无限大，似乎扭曲也没有那么严重，属于正常范围。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-4 08:55
想刚性大点就增加二面角力常数

作者
Author: liuxdhs 时间: 2021-6-4 16:14

coolrainbow 发表于 2021-6-4 07:12
如果真的是片段的话，片段边缘应该加氢。

那个无限大，似乎扭曲也没有那么严重，属于正常范围。

您好！谢谢您的建议，之前我做模拟的过程也是加氢的，但是研究的内容可能不偏向这里，所以后面参照参考文献来做就没有加了。

作者
Author: liuxdhs 时间: 2021-6-4 16:15

sobereva 发表于 2021-6-4 08:55
想刚性大点就增加二面角力常数

好的，非常感谢老师！
我尝试增加二面角力常数进行计算，计算时间明显增加了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-4 22:06

liuxdhs 发表于 2021-6-4 09:14
您好！谢谢您的建议，之前我做模拟的过程也是加氢的，但是研究的内容可能不偏向这里，所以后面参照参考文 ...

要么加氢，要么用周期性边界条件，和临近晶胞里的石墨烯碳原子相连。只有这样做，结果才是定性正确的。
如果文献没有这么做，那是文献做错了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-5 09:53

liuxdhs 发表于 2021-6-4 16:15
好的，非常感谢老师！
我尝试增加二面角力常数进行计算，计算时间明显增加了。

这不可能影响耗时，肯定是你的错觉或者理解有问题。毕竟这又不改粒子数，又不改力场形式

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-5 09:56
对于基于分子力场计算有限大小石墨烯的动力学来说，边缘加不加氢对整体动力学行为倒是没啥影响。不过，如果你就是要模拟有限大小石墨烯，就模型本身的化学上的合理性来说，边缘加氢更妥当。

作者
Author: liuxdhs 时间: 2021-6-5 10:10

wzkchem5 发表于 2021-6-4 22:06
要么加氢，要么用周期性边界条件，和临近晶胞里的石墨烯碳原子相连。只有这样做，结果才是定性正确的。
...

您好，谢谢回答！如果使用周期性边界条件，只能是将整片石墨烯横穿盒子。一旦放在盒子中间，还是要加赝氢吧？

作者
Author: liuxdhs 时间: 2021-6-5 10:12

sobereva 发表于 2021-6-5 09:53
这不可能影响耗时，肯定是你的错觉或者理解有问题。毕竟这又不改粒子数，又不改力场形式

好的，谢谢老师！可能一开始程序的预计完成时间还没有稳定，所以有这个错觉。

作者
Author: liuxdhs 时间: 2021-6-5 10:13

sobereva 发表于 2021-6-5 09:56
对于基于分子力场计算有限大小石墨烯的动力学来说，边缘加不加氢对整体动力学行为倒是没啥影响。不过，如果 ...

好的，非常感谢老师的解惑。

作者
Author: Seymour 时间: 2021-6-5 10:22
你好，我想请问一下你做的石墨烯在聚合物中的体系具体是要做什么的呢？因为我也在做类似体系，所以有点好奇。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-5 14:32

liuxdhs 发表于 2021-6-5 03:10
您好，谢谢回答！如果使用周期性边界条件，只能是将整片石墨烯横穿盒子。一旦放在盒子中间，还是要加赝氢 ...

对，如果石墨烯的边界不在盒子的边界上，那就必须加氢

作者
Author: liuxdhs 时间: 2021-6-5 15:39

Seymour 发表于 2021-6-5 10:22
你好，我想请问一下你做的石墨烯在聚合物中的体系具体是要做什么的呢？因为我也在做类似体系，所以有点好奇 ...

是想查看石墨烯在聚合物体系中的运动行为

作者
Author: liuxdhs 时间: 2021-6-5 15:40

wzkchem5 发表于 2021-6-5 14:32
对，如果石墨烯的边界不在盒子的边界上，那就必须加氢

好的，非常感谢您的回复！

作者
Author: bobosiji 时间: 2021-6-6 08:35

sobereva 发表于 2021-6-4 08:55
想刚性大点就增加二面角力常数

石墨烯二面角力常数不能随便加，得有依据的吧？一般多大范围内的都算合理呢？多谢提点~

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-7 08:43

bobosiji 发表于 2021-6-6 08:35
石墨烯二面角力常数不能随便加，得有依据的吧？一般多大范围内的都算合理呢？多谢提点~

看文献里的参数

作者
Author: cgy 时间: 2024-5-30 17:37

liuxdhs 发表于 2021-6-4 16:15
好的，非常感谢老师！
我尝试增加二面角力常数进行计算，计算时间明显增加了。

您好，请问二面角力常数如何增大，要改improper相中的哪个参数啊，谢谢您

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