计算化学公社

标题: 质心牵引问题求助 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-3 23:06
标题: 质心牵引问题求助
本帖最后由 sun666 于 2021-6-3 23:50 编辑

请教老师一个问题SMD时，A（参考组）---B（牵引组）===C（弹簧点），在使用pull=umbrella时，B组永远向着弹簧点受力，umbrella sampling时，pull-geometry=distance,pull-coord*-rate=0时，岂不是B会慢慢接近C，相对于初始位置在一个方向移动，怎么在初始位置范围完全采样呢（不向负方向移动）。

另外对培训的一张PPT不理解，在对金属进行pull的时候，对left和right都在Y、Z上冻结，对left没有在X方向冻结对right进行拉伸的时候left不会跟随一起动吗。另外pull的设置中是怎么体现对left拉还是right拉的。您的讲解中说只想要把两个片的距离变成才做的1组拉伸因此pull-ncoords=1 是什么意思。既然只做了一组拉伸（也就是对right）为什么动力学时left向做运动呢

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-4 17:16
自己弄了两个离子做了半天测试总结一下：constraint 必须pull-ngroups=2，对一个组全部冻结则这个为参考组，对两个组没有完全冻结时两个组都移动。但是不管如何两组质心之间距离的变化都是设定的那样。
pull_pullx输出的为参考组与牵引组的距离。pull_coord1-init 为参考组与弹簧点的初始距离，弹簧点可以在牵引组右边也可以在参考组与牵引组之间，但是不能在参考点左边，pull_coord1-init不设置值时弹簧点在参考组上

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)