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标题: mmpbsa.py 计算残基能量问题 [打印本页]

作者
Author: lily49 时间: 2021-6-5 13:52
标题: mmpbsa.py 计算残基能量问题
用amber16的mmpbsa.py计算[size=9.9626pt]Energy decomposition，脚本如下：
[size=13.2835px]&general
[size=13.2835px]startframe=1, endframe=60, interval=1,
[size=13.2835px]/
[size=13.2835px]&gb
[size=13.2835px]igb=5, saltcon=0.150,
[size=13.2835px]/
[size=13.2835px]&decomp
[size=13.2835px]idecomp=2, dec_verbose=3,
[size=13.2835px]print_res="1-710"

[size=9.9626pt]运行$AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i decom.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp com_sol.prmtop -cp com.prmtop -rp rep.prmtop -lp lig.prmtop -y 60.mdcrd
[size=9.9626pt]一直提示failed with prmtop com.prmtop!
[size=9.9626pt]mdout文件提示FATAL: NATOM mismatch in coord and topology files
[size=9.9626pt]换了很多种方法生成com的拓扑但一直是同样的报错。
[size=9.9626pt]受体蛋白中有一个Zn离子且保留一个水分子，配体是多肽。
[size=9.9626pt]请问哪里出了问题会导致com的拓扑一直报错呢？？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-6 06:42
把格式处理好再发帖，一大堆[size=9.9626pt]看着不难受么？
重新编辑帖子
粘贴文字的时候不要带着格式

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