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标题: mmpbsa.py 计算残基能量问题 [打印本页]

作者
Author: lily49 时间: 2021-6-6 10:04
标题: mmpbsa.py 计算残基能量问题

用amber16的mmpbsa.py计算Energy decomposition，脚本如下：
&general
startframe=1, endframe=60, interval=1,
/
&gb
igb=5, saltcon=0.150,
/
&decomp
idecomp=2, dec_verbose=3,
print_res="1-710"

运行$AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i decom.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp com_sol.prmtop -cp com.prmtop -rp rep.prmtop -lp lig.prmtop -y 60.mdcrd
一直提示failed with prmtop com.prmtop!
mdout文件提示FATAL: NATOM mismatch in coord and topology files
换了很多种方法生成去水复合物的com拓扑但一直是同样的报错。
受体蛋白中有一个Zn离子且保留一个水分子，配体是多肽。
请问哪里出了问题会导致com的拓扑一直报错呢？？

作者
Author: 冷血 时间: 2021-6-8 14:13
用ante-mmpbsa重新生成com.top

作者
Author: success 时间: 2023-1-29 18:23
楼主解决了吗，我也是报一样的错

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