计算化学公社

标题: 求助可视化分子孔洞并计算孔洞体积过程中计算效率的问题 [打印本页]

作者
Author: 心辉 时间: 2021-6-6 10:34
标题: 求助可视化分子孔洞并计算孔洞体积过程中计算效率的问题
可视化分子孔洞并计算孔洞体积在计算过程中，计算了分子的fchk文件，投入了Multiwfn并输入以下代码200
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<0.0001
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但是计算一直卡在了图一的界面，计算的效率也很低（系统设定为36核）图二。请问是什么原因导致的这个结果。
计算使用是版本是Gaussian 16 和 Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-7 09:17
上传输入文件，否则根本没法判断，甚至可能你的体系根本都不适合用这个功能
另外，不是每个环节的代码都做了并行化

你输入的叫做“命令”，不叫代码

作者
Author: 心辉 时间: 2021-6-7 19:53

sobereva 发表于 2021-6-7 09:17
上传输入文件，否则根本没法判断，甚至可能你的体系根本都不适合用这个功能
另外，不是每个环节的代码都做 ...

好的，输入结构已经上传了，因为fchk文件太大，无法上传所以用的是pdb文件，还麻烦老师您帮忙看下

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-15 19:12

心辉发表于 2021-6-7 19:53
好的，输入结构已经上传了，因为fchk文件太大，无法上传所以用的是pdb文件，还麻烦老师您帮忙看下

你的体系不适合下文的方法
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539（http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html）

你的体系并不像文中例子那样有个完全封闭的，或者在特定盒子设置下封闭的区域。

你的这种体系不适合讨论孔洞体积，讨论内径之类的更有意义。

作者
Author: 心辉 时间: 2021-6-17 13:55

sobereva 发表于 2021-6-15 19:12
你的体系不适合下文的方法
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sober ...

好的，谢谢您

作者
Author: 心辉 时间: 2021-6-17 13:57

心辉发表于 2021-6-17 13:55
好的，谢谢您

请问，计算分子内径有没有相关的博文可以学习学习的。

作者
Author: 心辉 时间: 2021-6-17 13:58

sobereva 发表于 2021-6-15 19:12
你的体系不适合下文的方法
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sober ...

好的，谢谢您！
请问有没有相关的计算分子内径的相关博文可以学习的！万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-19 00:17

心辉发表于 2021-6-17 13:57
请问，计算分子内径有没有相关的博文可以学习学习的。

看此文的“方法1”
使用Multiwfn计算分子的动力学直径
http://sobereva.com/503（http://bbs.keinsci.com/thread-14264-1-1.html）

在VMD里显示出分子表面后，直接量一下内侧区域相对的两个表面顶点的距离就完了

我的Carbon 171 (2021) 514-523这篇文章的补充材料里的18碳环的内径就是这么测量的
(, 下载次数 Times of downloads: 31)

作者
Author: 心辉 时间: 2021-6-19 18:31

sobereva 发表于 2021-6-19 00:17
看此文的“方法1”
使用Multiwfn计算分子的动力学直径
http://sobereva.com/503（http://bbs.keinsci.c ...

谢谢您
辛苦您了

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