计算化学公社

标题: 课后1cll生成top文件报错 [打印本页]

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-6-6 10:49
标题: 课后1cll生成top文件报错
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-6-6 12:14 编辑

老师们好，在做课后练习时发现1cll缺原子，于是通过what if得到了修补4号残基后的fixed.pdb文件，再将1cll.pdb的4号残基补全，并修改了CA为CA2+，但通过grompp生成gro文件还是报错，想请老师们看看该怎么解决，报错信息在grompp.log里

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-7 09:24
提示很清楚
Fatal error:
Residue 'EOH' not found in residue topology database

当前rtp文件里没有EOH残基的定义。
去pdb里搜EOH，可知这是乙醇
HETNAM    EOH ETHANOL

乙醇肯定不是你感兴趣的，从pdb里删了就完了。

PS：以后说“课后练习”应当指代清楚，我假定你说的是“分子动力学与GROMACS程序培训班”（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-6-7 09:42
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-6-7 09:47 编辑

sobereva 发表于 2021-6-7 09:24
提示很清楚
Fatal error: ...

了解了，谢谢老师，如果我想要考虑这个乙醇的话是应该在力场rtp文件里按照这个格式加入以下信息即可吗，如果想要这些信息是查找文献还是什么方法呢？
[ EOH ]
[ atoms ]
[ bonds ]
[ angles ]
[ impropers ]

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-15 19:07

hdhxx123 发表于 2021-6-7 09:42
了解了，谢谢老师，如果我想要考虑这个乙醇的话是应该在力场rtp文件里按照这个格式加入以下信息即可吗， ...

类似于我课上讲蛋白质-配体的模拟，乙醇当成配体处理

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-6-15 19:24

sobereva 发表于 2021-6-15 19:07
类似于我课上讲蛋白质-配体的模拟，乙醇当成配体处理

好的，谢谢老师

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