计算化学公社

标题: 超算上自己配置的高斯软件效率远低于自己的小型服务器 [打印本页]

作者
Author: Penson 时间: 2021-6-6 15:43
标题: 超算上自己配置的高斯软件效率远低于自己的小型服务器
最近想在一个小型超算上部署高斯软件，用多一些核数对含100多个原子的体系进行结构优化等计算，但发现重新部署在超算的同一版本的软件（09 E，安装包是同一个），在超算上给6节点120核（Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2640 v2 @ 2.00GHz）计算一个离子步要一天多，而用我自己的小型单机服务器（56核，Intel(R) Xeon(R) Platinum 8176F CPU @ 2.10GHz）计算同一体系跑了半小时就可以算到一步。请问各位大神，这是正常现象吗？还是因为有某些计算环境的区别导致效率差别如此大？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2021-6-6 15:49
因为你跨节点了，这会导致效率大大降低

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-6 15:50
“给6节点120核”啥意思？高斯Linda版跨节点？那有没试过仅在一台节点内（超算用1个节点，你的小型单机服务器1台）用一样的核数比较呢？

“计算一个离子步”这不是第一性原理软件的描述么，你跑的是高斯么？

作者
Author: Penson 时间: 2021-6-6 15:55

zjxitcc 发表于 2021-6-6 15:50
“给6节点120核”啥意思？高斯Linda版跨节点？那有没试过仅在一台节点内（超算用1个节点，你的小型单机服务 ...

好的，我试试。因为我第一性原理做得多一些，表述不准确，应该就是做了一步结构优化（出来4个NO）

。

作者
Author: abin 时间: 2021-6-6 21:36
你试试，用12核心可能更快呢，尤其是针对G09E01。
用多个节点，有点异想天开。

作者
Author: Penson 时间: 2021-6-6 22:30

abin 发表于 2021-6-6 21:36
你试试，用12核心可能更快呢，尤其是针对G09E01。
用多个节点，有点异想天开。

好的，我试试。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-7 09:06
超算上CPU主频低，而且如果节点间网络连接速度慢，Gaussian跨节点效率非常低，和单机SMP并行没法比。再加上本来G09核心多了的情况并行效率就比较低，这种任务显著不如在你自己的服务器上跑。

作者
Author: abin 时间: 2021-6-7 09:35
额外补充一下：
G09系列，并行效率一般。建议不要超过12核心。

如果是在超算上做高读写的计算，CASSCF， CCSD(T)之类的，
超算上一般会很慢的，原因是读写太慢。

可以参考： https://www.bilibili.com/video/BV1UZ4y1H793/

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