计算化学公社

标题: Molpro新手求教对称性C1的分子SA-CASSCF计算无报错中断 [打印本页]

作者
Author: THXALWAYS 时间: 2021-6-6 18:03
标题: Molpro新手求教对称性C1的分子SA-CASSCF计算无报错中断
各位老师和计算大佬们，在下在用Molpro做一个对称性为C1的分子的SA-CASSCF计算，我的分子对称性为C1，所以我不太确定我的occ，closed和wf设定是否正确?我的活性空间是通过gaussian的HF计算选取的。我只需要计算单重态。还请各位老师和有相关计算经验的大佬们热心给予指导。以下图片1，2为输入文件内容，图3为输出文件的结尾，做为一个新手我不太懂这是什么错误。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-6 18:07
图片没贴上来

作者
Author: THXALWAYS 时间: 2021-6-6 18:07
本帖最后由 THXALWAYS 于 2021-6-6 22:40 编辑

(, 下载次数 Times of downloads: 48) (, 下载次数 Times of downloads: 51) (, 下载次数 Times of downloads: 66) C:\Users\liangwenlong\Pictures\Camera Roll/1

作者
Author: THXALWAYS 时间: 2021-6-6 18:13
本帖最后由 THXALWAYS 于 2021-6-6 18:15 编辑

wzkchem5 发表于 2021-6-6 18:07
图片没贴上来

不好意思，第一次发帖不太熟练，还请老师帮忙看看

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-6 21:05
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-6-6 21:07 编辑

THXALWAYS 发表于 2021-6-6 18:13
不好意思，第一次发帖不太熟练，还请老师帮忙看看

我用文字识别弄出了你在3L贴的坐标，结果发现结构很离谱，有很多不合理的地方，你确定分子结构构建对了么？还是说你贴了两张坐标的图实际上来源于2个不同的文件？
最后几个原子坐标x分量怎么会突然变成-7, -8那么大呢？离前面的原子都很远啊。我看你这也不是什么保密的分子，能否直接上传输入文件？

如果结构不对，那后续啥技巧都是白算。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2021-6-6 21:17

zjxitcc 发表于 2021-6-6 21:05
我用文字识别弄出了你在3L贴的坐标，结果发现结构很离谱，有很多不合理的地方，你确定分子结构构建对了 ...

他有五百多个AO，显然只截图了坐标的头尾部分

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-6 21:29

THXALWAYS 发表于 2021-6-6 11:07

我们必须看到完整分子结构（一个原子也不能缺）才能判断你的活性空间设置是否合理。
换位思考一下，你如果只知道你要算的分子的开头十几个原子和结尾十几个原子，你能判断出需要多大活性空间吗？不说中间的原子都缺，就算缺一个氢原子，都可能导致需要的活性轨道和电子数出现变化。再者，即使原子都不缺，我们也得能够把你的结构拷到gaussview之类的可视化软件里，看到三维结构才能得出答案，因为同样的道理，原子组成相同的情况下，不同的成键方式需要的活性空间也不一样，比如你把分子里面一个C-C单键拉断，需要的活性轨道数就会加2，活性电子数也会加2。所以截个原子坐标的图是很没有诚意的体现，我们只能看出你的分子里有哪些原子，但是不知道这些原子的空间关系，怎么回答你？
问问题之前先搞清楚，解决你的问题至少需要哪些信息，把这些信息都给全了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-6 21:33

THXALWAYS 发表于 2021-6-6 11:07

如果是为了保密需要，不希望泄露分子结构，有两种办法：
（1）私信发给我们之中的一个人，这个人私下帮你解决。
（2）用可视化软件把分子结构打开，截一个关键部分的图，发上来。前提是你已经确定，截图以外的部分不需要包括到活性空间里去。

作者
Author: THXALWAYS 时间: 2021-6-6 22:55
各位老师，不好意思，这个分子结构比较长我没有截全，确实是我的疏忽，给各位老师带来麻烦了。谢谢各位老师教我，这个附件是我的输入文件，输出文件由于文件类型上传大小限制无法上传。我选的活化空间是CAS(10,10),没有经过空间交换。麻烦各位了。

作者
Author: THXALWAYS 时间: 2021-6-6 22:56
本帖最后由 THXALWAYS 于 2021-6-6 22:57 编辑

zjxitcc 发表于 2021-6-6 21:05
我用文字识别弄出了你在3L贴的坐标，结果发现结构很离谱，有很多不合理的地方，你确定分子结构构建对了 ...

谢谢老师提醒，给您带来麻烦了

作者
Author: THXALWAYS 时间: 2021-6-6 22:57

wzkchem5 发表于 2021-6-6 21:33
如果是为了保密需要，不希望泄露分子结构，有两种办法：
（1）私信发给我们之中的一个人，这个人私下帮 ...

谢谢老师的指导，给您带来麻烦了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-6 23:50

THXALWAYS 发表于 2021-6-6 15:57
谢谢老师的指导，给您带来麻烦了

stderr有没有输出？你提交任务有没有用排队系统？
是不是只是任务超时被排队系统杀掉了？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-7 00:31
你这输出文件是突然中止，没看到报错信息，因此找到其他输出（例如队列系统的输出）至关重要。另外，输入文件写了每核4GB左右，那你用了多少核算呢？乘起来是否超出了机器可用内存？如果内存不够用，可以尝试减小核数。

顺带一提，用RHF轨道或MP2自然轨道作为CAS初始轨道，这是N年前的过时操作了，这两种轨道直接去做CAS计算是非常低效、且容易算出能量偏高的结果的，此文特地讲了这两种轨道直接拿去算苯CAS(6,6) 根本是错的《CASSCF初始轨道高效构建（一）：局域轨道》。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-7 09:41
也不能说基于RHF轨道算苯CAS(6,6)是错的，只是用户不知道调换轨道顺序这个极为关键的前提下才成立

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-7 09:48

sobereva 发表于 2021-6-7 09:41
也不能说基于RHF轨道算苯CAS(6,6)是错的，只是用户不知道调换轨道顺序这个极为关键的前提下才成立

嗯嗯，所以我加了“直接”两个字。

作者
Author: THXALWAYS 时间: 2021-6-7 15:02

wzkchem5 发表于 2021-6-6 23:50
stderr有没有输出？你提交任务有没有用排队系统？
是不是只是任务超时被排队系统杀掉了？

使用了排队系统，但是7days的队列，stderr空的，可能是内存问题。

作者
Author: THXALWAYS 时间: 2021-6-7 20:29

wzkchem5 发表于 2021-6-6 23:50
stderr有没有输出？你提交任务有没有用排队系统？
是不是只是任务超时被排队系统杀掉了？

没有stderr输出，队列运行时间为7天，核数为16个核，内存还有260多个G。所以是不是Molpro存在某种设置，或者我的体系比较大，计算不了？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-7 22:37

THXALWAYS 发表于 2021-6-7 13:29
没有stderr输出，队列运行时间为7天，核数为16个核，内存还有260多个G。所以是不是Molpro存在某种设置， ...

这个问题可重复吗？如果再跑一遍，也会在同一个地方中断吗？
有时候并行程序会莫名抽风，重新跑一遍就能跑通了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)