计算化学公社

标题: 磷脂所有原子z轴坐标限制怎么设置求助 [打印本页]

作者
Author: Publicl42y 时间: 2021-6-7 11:45
标题: 磷脂所有原子z轴坐标限制怎么设置求助
文献上用packmol搭建磷脂膜，能量最小化后，进行npt提到popc磷脂z轴坐标要限制0.1ns，随后磷原子限制0.1ns。原文“The potential energy was minimized, followed by equilibration using the NPT ensemble (constant particle number, pressure and temperature). To relax the lipid bilayer, the Z-dimensional coordinates of all of the POPC atoms were constrained for 0.1 ns using a force constant of 1,000 kJ mol-1 nm-2, followed by an exclusive constraint of the POPC phosphorous atoms for 0.1 ns. The equilibration simulation was performed at 310.15 K for 300 ns. ” 想请教这两步限制的参数是在mdp设置吗，怎么设置呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-7 12:32
在磷脂的[moleculetype]里设置位置限制字段[position_restraints]，把Z方向设适当的力常数，X、Y方向都设0

初始模型合理的话，没必要设这个。packmol搭建的磷脂膜的质量并不怎么样，可能中间都有窟窿，水还容易钻进去。用genmixmem产生的膜质量好得多，可控性强得多
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

作者
Author: Publicl42y 时间: 2021-6-7 14:36

sobereva 发表于 2021-6-7 12:32
在磷脂的[moleculetype]里设置位置限制字段，把Z方向设适当的力常数，X、Y方向都设0

初始模型合理的话， ...

社长你好想请教一下，因为我之后需要在磷脂膜中插入跨膜有机分子（好比跨膜蛋白），如果用genmixmem生成膜再用vmd将分子摆放进去，然后手动删除周围的磷脂分子，这样去模拟更方便，还是用packmol将磷脂膜和分子整个体系搭建起来去模拟更方便呢？

作者
Author: Acee 时间: 2021-6-8 14:35

Publicl42y 发表于 2021-6-7 14:36
社长你好想请教一下，因为我之后需要在磷脂膜中插入跨膜有机分子（好比跨膜蛋白），如果用genmixmem生成 ...

如果所插入有机分子如胆固醇之类的也完全可以使用genmixmem。比packmol好用多了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-15 18:45

Publicl42y 发表于 2021-6-7 14:36
社长你好想请教一下，因为我之后需要在磷脂膜中插入跨膜有机分子（好比跨膜蛋白），如果用genmixmem生成 ...

packmol构建膜体系很烂
用genmixmem先对纯膜建模，NPT跑平衡后，再用gromacs的mdrun的membed功能插入膜蛋白

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