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标题: gaussian09D 计算NTO 系数不能归一化？如何办？ [打印本页]

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2015-12-14 13:15
标题: gaussian09D 计算NTO 系数不能归一化？如何办？
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Gaussian 09:  ES64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
            14-Dec-2015
******************************************
%OldChk=TD1ZNpcmcamGROUND.chk
%Chk=state1.chk
%mem=3500MB
%nproc=4
Will use up to 4 processors via shared memory.
Copying data from "TD1ZNpcmcamGROUND.chk" to current chk file "state1.chk".
----------------------------------------------------------------------
# Geom=AllCheck ChkBas Guess=(Read,Only) Density=(Check,Transition=1)
Pop=(Minimal,NTO,SaveNTO)
----------------------------------------------------------------------
Warning!  Basis set taken from checkpoint file.
1/29=7,38=1/1;
2/12=2,40=1/2;
3/5=7,6=2,11=9,14=-4,16=1,25=1,30=1,67=1,89=1,116=-2/1,2,3;
4/5=1/1;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,11=2,22=-10,28=1,29=1,89=11/1;
99/5=2/99;
Structure from the checkpoint file:  "state1.chk"
-------------------
Title Card Required
-------------------
Charge =  0 Multiplicity = 1
........
**********************************************************************

Populations using transition density between ground and state  1.

**********************************************************************
.......
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00000 0.00000 0.00001 0.00001 0.00001
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00001 0.00001 0.00001 0.00001 0.00001
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00001 0.00001 0.00001 0.00001 0.00001
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00001 0.00001 0.00001 0.00001 0.00002
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00002 0.00002 0.00002 0.00002 0.00002
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00002 0.00002 0.00003 0.00003 0.00003
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00003 0.00004 0.00004 0.00004 0.00005
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00005 0.00006 0.00006 0.00007 0.00007
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00007 0.00008 0.00008 0.00009 0.00009
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00011 0.00011 0.00012 0.00013 0.00014
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00014 0.00017 0.00019 0.00020 0.00024
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00028 0.00031 0.00034 0.00036 0.00040
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00051 0.00063 0.00075 0.00089 0.00104
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00113 0.00119 0.00131 0.00139 0.00174
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00194 0.00246 0.00278 0.00303 0.00441
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00447 0.00575 0.00626 0.00689 0.00724
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00773 0.00957 0.01207 0.01316 0.01456
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.01885 0.02116 0.02327 0.02932 0.03278
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.04001 0.04810 0.05895 0.07009 0.11930
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.16555 0.17037 0.23261 0.34833 0.45409
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.61912 1.05667 1.17062 2.15846 2.86203
Alpha  occ. eigenvalues -- 85.80430 310.92960
Alpha virt. eigenvalues --  310.37549  85.46746 2.84003 2.15420 1.16835
Alpha virt. eigenvalues -- 1.05282 0.61810 0.45319 0.34727 0.23182
Alpha virt. eigenvalues -- 0.16924 0.16337 0.11856 0.06897 0.05870
Alpha virt. eigenvalues -- 0.04780 0.03976 0.03234 0.02911 0.02310
Alpha virt. eigenvalues -- 0.02100 0.01878 0.01444 0.01293 0.01198
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00942 0.00761 0.00715 0.00680 0.00621
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00562 0.00440 0.00434 0.00295 0.00273
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00241 0.00190 0.00168 0.00133 0.00128
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00116 0.00108 0.00102 0.00086 0.00072
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00057 0.00048 0.00038 0.00034 0.00031
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00027 0.00026 0.00022 0.00019 0.00017
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00014 0.00013 0.00011 0.00010 0.00010
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00010 0.00009 0.00007 0.00007 0.00006
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00006 0.00006 0.00005 0.00005 0.00004
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00004 0.00003 0.00003 0.00003 0.00003
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00002 0.00002 0.00002 0.00002 0.00002
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00002 0.00002 0.00002 0.00001 0.00001
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00001 0.00001 0.00001 0.00001 0.00001
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00001 0.00001 0.00001 0.00001 0.00001
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00001 0.00001 0.00001 0.00000 0.00000
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000
系数不能归一化？如何办？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-14 22:13
把乱七八糟的关键词都去掉，写一个最普通最正经的NTO任务的输入文件

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2015-12-15 08:59
# Geom=AllCheck ChkBas Guess=(Read,Only) Density=(Check,Transition=1) Pop=(Minimal,NTO,SaveNTO)

问题依旧

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-15 10:35
别弄那么多read、check，写个最正经的输入文件，别依赖于之前的。pop里也别写Minimal

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2015-12-15 11:03
把乱七八糟的关键词都去掉，写一个最普通最正经的NTO任务的输入文件:
已经是最简单了，还能怎么写？求助，多谢多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-15 12:10
诸如B3LYP/6-31G* TD Density=Transition=1 pop(saveNTO,NTO)
效仿此文的例子
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91

作者
Author: 虎王 时间: 2015-12-16 22:01
NTO为何需要归一化？

作者
Author: 虎王 时间: 2015-12-16 22:03
直接给跃迁组成就可以。我还没见有人用NTO然后给出100%的跃迁组成的。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-17 01:17

虎王发表于 2015-12-16 22:03
直接给跃迁组成就可以。我还没见有人用NTO然后给出100%的跃迁组成的。

因为原理上NTO是归一化的，如果结果明显加和不为1，说明计算是有问题的。这仅仅是为了检验合理性目的，放到文中没必要提归一化问题。

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2015-12-17 12:38
又出问题了！！！
开壳层NTO  alpha电子跃迁加和beta电子跃迁又大于一。这次是真的从头算，没有利用任何read，结果：
----------------------------------------------------------------------
#p td=(nstates=35,singlet) cam-b3lyp/genecp scrf=(solvent=methanol,pcm
) nosymm geom=connectivity scf=(maxcycle=80,xqc) Density=(Transition=2
2) Pop=(NTO,SaveNTO) test
----------------------------------------------------------------------

**********************************************************************

Populations using transition density between ground and state 34.

**********************************************************************

Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00045 0.00048 0.00053 0.00056 0.00059
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00071 0.00073 0.00082 0.00091 0.00110
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00183 0.00215 0.00247 0.00272 0.00284
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.00427 0.00632 0.00830 0.01618 0.03101
Alpha  occ. eigenvalues -- 0.15564 0.29507
Alpha virt. eigenvalues -- 0.29507 0.15564 0.03101 0.01618 0.00830
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00632 0.00427 0.00284 0.00272 0.00247
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00215 0.00183 0.00110 0.00091 0.00082
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00073 0.00071 0.00059 0.00056 0.00053

Beta  occ. eigenvalues -- 0.00049 0.00052 0.00072 0.00081 0.00106
  Beta  occ. eigenvalues -- 0.00124 0.00228 0.00252 0.00296 0.00318
  Beta  occ. eigenvalues -- 0.00349 0.00498 0.00556 0.00586 0.02500
  Beta  occ. eigenvalues -- 0.02984 0.04263 0.12258 1.24403
  Beta virt. eigenvalues -- 1.24403 0.12258 0.04263 0.02984 0.02500
  Beta virt. eigenvalues -- 0.00586 0.00556 0.00498 0.00349 0.00318
  Beta virt. eigenvalues -- 0.00296 0.00252 0.00228 0.00124 0.00106

开壳层计算，理解上应该所有的跃迁alpha+beta加和应该为一？
望高手指教，多谢多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-17 12:56

ZHANGZY 发表于 2015-12-17 12:38
又出问题了！！！
开壳层NTO alpha电子跃迁加和beta电子跃迁又大于一。这次是真的从头算，没有利用任何r ...

高斯的输出比较特殊，基态开壳层的话，貌似alpha和beta总和是2，但不是各自归一的。

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2015-12-17 18:56
基态开壳层的话，貌似alpha和beta总和是2
有例子吗？或者相关文献？

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2015-12-17 22:09
我曾用orca算开壳层NTO，不会出现系数大于1的情况。可惜ORCA没有PCM模型，所以想看看已发表的文献gaussian怎么处理这种情形，可惜找了半天，没发现这样的例子，望高手不吝赐教，多谢多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-17 23:59

ZHANGZY 发表于 2015-12-17 18:56
基态开壳层的话，貌似alpha和beta总和是2
有例子吗？或者相关文献？

没有文献。只不过高斯自己以这种形式输出的。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-18 00:00

ZHANGZY 发表于 2015-12-17 22:09
我曾用orca算开壳层NTO，不会出现系数大于1的情况。可惜ORCA没有PCM模型，所以想看看已发表的文献gaussian ...

没PCM就用COSMO就行了，一般不会有太大差异。

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2015-12-19 05:36
我搜到这个：
. If it is a closed shell system then square of the coefficient multiplied by 2*100 is the percentage contribution. But for open shell system you have to normalize the coefficient .In that case square of the coefficient divided by sum of the square of the all coefficient for that excited state multiplied by 100 is the percentage contribution.

UV-Vis spectroscopy of molecules. - ResearchGate. Available from: https://www.researchgate.net/pos ... scopy_of_molecules2 [accessed Dec 19, 2015].

我想有官方文件或者确定的依据就好了，可是始终找不到，望高手帮忙

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-19 06:07

ZHANGZY 发表于 2015-12-19 05:36
我搜到这个：
. If it is a closed shell system then square of the coefficient multiplied by 2*100 is ...

那个链接里说的是组态系数问题，这里也都阐明了
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
和NTO没直接联系。

开壳层NTO的输出问题问客服就行了

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