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标题: 求助VMD轨迹align之后的坐标问题 [打印本页]

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Author: icecream 时间: 2021-6-8 21:04
标题: 求助VMD轨迹align之后的坐标问题
我看论坛中别的帖子上说对模型进行align之后模型的坐标会改变然后在保存坐标就是改变之后的。但是我使用RMSD 中的align对模型处理之后坐标却没有任何改变只是显示改变了，应该怎么做才能align之后的模型坐标改变？另外我想画volmap，用RMSD trj整个轨迹对第一帧进行了align 之后在画的volmap 和没有align的一样，是因为我align的方法错了么？

作者
Author: icecream 时间: 2021-6-8 21:05
希望能得到大家的帮助。另外关于VMD TK指令部分有没有说明书？我在VMD 说明书中没有找到这一部分的详细说明。如果可能，能不能告诉我在哪里能找到？谢谢大家

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-8 21:14
这个我自己恰好写过https://gitlab.com/jxzou/rmsd，算出RMSD之后会生成一个新的文件，里面就是第二个结构被平移和旋转之后的坐标。
当然我这个是适用于少数几个结构的处理，多了就得自己写脚本循环处理。若你要处理轨迹（大量结构）的话，还是VMD更方便。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-9 07:09

icecream 发表于 2021-6-8 21:05
希望能得到大家的帮助。另外关于VMD TK指令部分有没有说明书？我在VMD 说明书中没有找到这一部分的详细说明 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“VMD 轨迹align之后的坐标”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-9 07:10
用VMD的RMSD Trajectory tool工具align之后不可能被align的帧的坐标没有改变，肯定是你理解错了或者操作错了

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