计算化学公社

标题: GKS-EDA计算报错 [打印本页]

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Author: 498746012 时间: 2021-6-11 22:12
标题: GKS-EDA计算报错
本帖最后由 498746012 于 2021-6-11 22:23 编辑

各位老师好！想请教一下(FeH2)2的GKS-EDA如何加入赝势基组，supermolecule, monomer1,monomer2都要写赝势基组吗？以下输入文件计算报错 ERROR: $CONTRL KEYWORD PP/ECP WAS GIVEN AN ILLEGAL VALUE RE

$contrl scftyp=rhf runtyp=eda dfttyp=b3lyp
icharg=0 mult=1 maxit=200 pp=read $end
$lmoeda matom(1)=3 3 mcharg(1)=0 0 mmult(1)=1 1
edatyp=gks rdvecm=.t. itrtn=.f. $end
$scf diis=.t. soscf=.f. dirscf=.t. fdiff=.f. $end
$system memddi=1000 mwords=300 $end
$data
GAMESS inp format file produced by MOKIT
C1 1
Fe 26.       1.66648840       0.91958739       0.18516925
S  3
1 2.05130280E+01 2.34714123E-01 0.00000000E+00
2 9.77679200E+00  -8.77527461E-01 0.00000000E+00
3 4.57359900E+00  -3.41636180E-01 0.00000000E+00
.....

H    1.       2.51062821       0.45945068       0.22467864
S  3
1 1.87311370E+01 3.34946043E-02 0.00000000E+00
2 2.82539436E+00 2.34726953E-01 0.00000000E+00
3 6.40121692E-01 8.13757326E-01 0.00000000E+00
........

H    1.       1.71503388       1.44488947       -0.61955493
S  3
1 1.87311370E+01 3.34946043E-02 0.00000000E+00
2 2.82539436E+00 2.34726953E-01 0.00000000E+00
3 6.40121692E-01 8.13757326E-01 0.00000000E+00
.........

Fe 26.       -0.50007313       -1.00682957       -0.02512561
S  3
1 2.05130280E+01 2.34714123E-01 0.00000000E+00
2 9.77679200E+00  -8.77527461E-01 0.00000000E+00
3 4.57359900E+00  -3.41636180E-01 0.00000000E+00
S  1
1 1.94991000E+00 1.00000000E+00 0.00000000E+00
S  1
.........

H    1.       0.18059841       -0.33345616       0.12122210
S  3
1 1.87311370E+01 3.34946043E-02 0.00000000E+00
2 2.82539436E+00 2.34726953E-01 0.00000000E+00
3 6.40121692E-01 8.13757326E-01 0.00000000E+00
..........
H    1.       -1.11879779       -0.88421939       0.69906109
S  3
1 1.87311370E+01 3.34946043E-02 0.00000000E+00
2 2.82539436E+00 2.34726953E-01 0.00000000E+00
3 6.40121692E-01 8.13757326E-01 0.00000000E+00
........

$END
$ECP
1-ECP GEN 10 3
1    ----- f-ul potential -----
0.00000000E+00 2 1.00000000E+00
2    ----- s-f potential -----
2.53749588E+02 2 2.09300000E+01
3.79228450E+01 2 9.44500000E+00
2    ----- p-f potential -----
1.61036812E+02 2 2.17600000E+01
2.76512980E+01 2 9.17800000E+00
2    ----- d-f potential -----
-2.44312760E+01 2 2.59000000E+01
-1.43425100E+00 2 8.83500000E+00
2 ECP-NONE
3 ECP-NONE
4-ECP GEN 10 3
1    ----- f-ul potential -----
0.00000000E+00 2 1.00000000E+00
2    ----- s-f potential -----
2.53749588E+02 2 2.09300000E+01
3.79228450E+01 2 9.44500000E+00
2    ----- p-f potential -----
1.61036812E+02 2 2.17600000E+01
2.76512980E+01 2 9.17800000E+00
2    ----- d-f potential -----
-2.44312760E+01 2 2.59000000E+01
-1.43425100E+00 2 8.83500000E+00
5 ECP-NONE
6 ECP-NONE
$END

$vec0
...... !the wave function of supermolecule.
$end
$vec1
...... !the wave function of monomer 1.
$end
$vec2
...... !the wave function of monomer 2.
$end

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-11 23:47
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-6-12 00:03 编辑

利用MOKIT（https://gitlab.com/jxzou/mokit）中的frag_guess_wfn小程序可以可以自动产生GKS-EDA输入文件（内含坐标，基组和分子轨道），doc/目录下PDF手册5.3.3章节有解释和示例。

你是不是仅使用了fch2inp小程序？这个只能每次传一套轨道，而frag_guess_wfn会调用fch2inp转化出所有片段和整体的轨道。一旦生成之后，.inp文件里的基组和赝势是很完善的，不用改，也不能改。你是不是哪里操作有误？能否给出你的操作过程？

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-6-12 07:29
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-6-12 07:34 编辑

作者
Author: 498746012 时间: 2021-6-12 09:15

zjxitcc 发表于 2021-6-11 23:47
利用MOKIT（https://gitlab.com/jxzou/mokit）中的frag_guess_wfn小程序可以可以自动产生GKS-EDA输入文件（ ...

老师我只用了fch2inp程序，谢谢老师，我按照您说的试试

作者
Author: 498746012 时间: 2021-6-12 09:17

hdhxx123 发表于 2021-6-12 07:29
**** 本内容被作者隐藏 ****

谢谢老师，学习一下您的输入文件

作者
Author: 498746012 时间: 2021-6-12 11:51

zjxitcc 发表于 2021-6-11 23:47
利用MOKIT（https://gitlab.com/jxzou/mokit）中的frag_guess_wfn小程序可以可以自动产生GKS-EDA输入文件（ ...

老师打扰了，我是用make frag_guess_wfn来编译的，但是编译完计算了老师手册的例子5.3.3，用frag_guess_wfn Ti.gjf >Ti.out 2>&1 & 发现片段1，2都没有基组

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-12 13:18
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-6-12 13:21 编辑

498746012 发表于 2021-6-12 11:51
老师打扰了，我是用make frag_guess_wfn来编译的，但是编译完计算了老师手册的例子5.3.3，用frag_guess_w ...

没问题。片段与整体就是共用同一套基组数据，而片段与整体都有各自的轨道数据。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-6-12 13:30
本帖最后由 498746012 于 2021-6-12 13:32 编辑

zjxitcc 发表于 2021-6-12 13:18
没问题。片段与整体就是共用同一套基组数据，而片段与整体都有各自的轨道数据。

老师我照着您说明书5.3.3算的结果，结果因为片段没有基组就报错停止了， Warning: center 1 has no basis functions! 我估计我装的软件有问题，目前只装了fch2inp,frag_guess_wfn两个模块

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-12 13:42

498746012 发表于 2021-6-12 13:30
老师我照着您说明书5.3.3算的结果，结果因为片段没有基组就报错停止了， Warning: center 1 has no ba ...

Title Card那一行你得写{gks}，这是frag_guess_wfn小程序识别关键词的地方。虽然这行对Gaussian是没用的，但是对frag_guess_wfn小程序是有用的，这样就让这个文件同时兼容高斯和frag_guess_wfn。类似地，如果你写{morokuma}那就是产生Morokuma-EDA输入文件。如果啥都不写，那是另外的功能，所以你会报错。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-6-12 14:30

zjxitcc 发表于 2021-6-12 13:42
Title Card那一行你得写{gks}，这是frag_guess_wfn小程序识别关键词的地方。虽然这行对Gaussian是没用的 ...

谢谢老师，感恩

作者
Author: 498746012 时间: 2021-6-12 15:46

zjxitcc 发表于 2021-6-12 13:42
Title Card那一行你得写{gks}，这是frag_guess_wfn小程序识别关键词的地方。虽然这行对Gaussian是没用的 ...

老师我试过了还是不行，还是没有基组信息，估计frag_guess_wfn程序运行的时候会调用mokit-master其他的小程序，只是我没有装

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-12 18:01
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-6-12 19:05 编辑

498746012 发表于 2021-6-12 15:46
老师我试过了还是不行，还是没有基组信息，估计frag_guess_wfn程序运行的时候会调用mokit-master其他的小 ...

不是你这么问题的，你看这问答一来一回，一天时间就过去了，本来20 min就能算出结果了。

（1）当你说“不行”时，应该给出报错信息；如果自己找不到出错，就应该上传输入输出文件（可压缩后上传）。平时就算是高斯报错，你肯定也是遵循这个步骤。
（2）“只是我没有装”->如果你怀疑这个问题，直接执行make all全部编译就行了，也就1 min的事。
（3）文中Ti的例子里，cc-pVTZ对Ti而言是全电子基组，因此你看不到赝势数据是正常的。LANL2DZ对Ti才有赝势。
（4）由于你提供的信息过少，我只能提供一些模糊的回答：
(i) 确保{gks}顶格写了
(ii) 确保使用的是https://gitlab.com/jxzou/mokit页面上最新的程序，不要从Releases那里去下载，那里会滞后一些。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-6-13 20:31

zjxitcc 发表于 2021-6-12 18:01
不是你这么问题的，你看这问答一来一回，一天时间就过去了，本来20 min就能算出结果了。

（1）当你说 ...

谢谢老师耐心的回复。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-6-14 09:45

zjxitcc 发表于 2021-6-12 18:01
不是你这么问题的，你看这问答一来一回，一天时间就过去了，本来20 min就能算出结果了。

（1）当你说 ...

老师想问一下，您开发的软件，我make all,报如下错误该怎么办呢？我服务器上没有ifort，只有gfortran,
gfortran file_op.o string_manipulate.o read_gms_inp.o add_bgcharge_to_inp.o -o ../bin/add_bgcharge_to_inp -O2 -cpp -fbacktrace
gfortran -c do_hf.f90 -o do_hf.o -O2 -cpp -fbacktrace
do_hf.f90:9.22:

use mr_keyword, only: hf_prog, readuhf, readrhf, skiphf, mem, nproc, basis, &
                  1
Error: Symbol 'hf_prog' referenced at (1) not found in module 'mr_keyword'
do_hf.f90:68.25:

select case(TRIM(hf_prog))
                     1
Error: Symbol 'hf_prog' at (1) has no IMPLICIT type
do_hf.f90:68.13:

select case(TRIM(hf_prog))
         1
Error: Argument of SELECT statement at (1) cannot be UNKNOWN
make: *** [do_hf.o] Error 1

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-6-14 11:20
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-6-14 11:23 编辑

498746012 发表于 2021-6-14 09:45
老师想问一下，您开发的软件，我make all,报如下错误该怎么办呢？我服务器上没有ifort，只有gfortran,
g ...

1.装个ifort，方法网上都能查到，这里帖一个

https://mp.weixin.qq.com/s/7pQETkrDO1C83vQjKQqI4w

复制代码

2.用gfortran编译，看makefile里开头的是可以选择的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-14 12:08
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-6-14 12:11 编辑

498746012 发表于 2021-6-14 09:45
老师想问一下，您开发的软件，我make all,报如下错误该怎么办呢？我服务器上没有ifort，只有gfortran,
g ...

要把信息一次性给足。例如你没说gfortran版本。手册里写了需用>=4.8.5版本的gfortran，低的话就不必尝试了，可以选择安装一下intel编译器，十分简单《Linux下安装Intel oneAPI》。

PS1: MOKIT产生GKS-EDA输入文件功能确实只需要frag_guess_wfn和fch2inp两个小程序。
PS2: 感觉你这报错信息不是最初的，上面找找可能还有报错。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-6-14 15:06
本帖最后由 498746012 于 2021-6-14 16:26 编辑

zjxitcc 发表于 2021-6-14 12:08
要把信息一次性给足。例如你没说gfortran版本。手册里写了需用>=4.8.5版本的gfortran，低的话就不必尝试 ...

谢谢老师，我的版本是gcc version 4.8.5. 老师能不能只用fch2inp，来生成GKS-EDA的读取轨道的输入文件呀

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-6-14 21:03

498746012 发表于 2021-6-14 15:06
谢谢老师，我的版本是gcc version 4.8.5. 老师能不能只用fch2inp，来生成GKS-EDA的读取轨道的输入文件呀[ ...

frag_guess_wfn比fch2inp对解决GAMESS的收敛问题要好得多

作者
Author: 498746012 时间: 2021-6-14 22:16

hdhxx123 发表于 2021-6-14 21:03
frag_guess_wfn比fch2inp对解决GAMESS的收敛问题要好得多

谢谢老师

作者
Author: 阿甘 时间: 2022-7-26 23:32

zjxitcc 发表于 2021-6-11 23:47
利用MOKIT（https://gitlab.com/jxzou/mokit）中的frag_guess_wfn小程序可以可以自动产生GKS-EDA输入文件（ ...

老师您好，学生最近在使用您写的程序MOKIT中的frag_guess_wfn小程序产生GKS-EDA输入文件时出现数组越界的报错，请问您可以告知我如何修改源代码然后重新编译吗？以下是输出信息：
%mem=10000MB
%nprocshared=24
natom=80
nfrag0=2
nfrag=5
method=m052x, basis=6-31+g(d), wfn_type=3
i=  1, frags(i)%e = -1331.144661210, frags(i)%ssquare=  0.78
i=  2, frags(i)%e = -1331.144662060, frags(i)%ssquare=  0.78
i=  3, frags(i)%e = -1331.148736200, frags(i)%ssquare=  0.78
i=  4, frags(i)%e = -1331.148737050, frags(i)%ssquare=  0.78
ERROR in subroutine direct_sum_frag_mo2super_mo: the 2nd dimension of array mo_a out of range!
k3=644,nif0=543,na0=101
k4=1086,nif=1082,i=2,n=2

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-26 23:38
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-7-26 23:39 编辑

阿甘发表于 2022-7-26 23:32
老师您好，学生最近在使用您写的程序MOKIT中的frag_guess_wfn小程序产生GKS-EDA输入文件时出现数组越界的 ...

是否尝试过使用最新版的MOKIT？不要用一个月之前的版本

作者
Author: 阿甘 时间: 2022-7-26 23:44

zjxitcc 发表于 2022-7-26 23:38
是否尝试过使用最新版的MOKIT？不要用一个月之前的版本

啊好的，谢谢老师的提醒，我使用的是1.2.3版本，我现在就下载新版本试试看

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-26 23:45

阿甘发表于 2022-7-26 23:44
啊好的，谢谢老师的提醒，我使用的是1.2.3版本，我现在就下载新版本试试看

运行automr -v会显示具体日期，差1天都不是最新版

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