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标题: 求助：CP2K进行MgAl2O4（111）表面结够优化的参数设置是否合适 [打印本页]
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Author: 风飞    时间: 2021-6-15 22:42
标题: 求助：CP2K进行MgAl2O4（111）表面结够优化的参数设置是否合适
本帖最后由 风飞 于 2021-6-16 22:22 编辑

各位老师，     

    我想计算MgAl2O4（111）的缺陷对吸附的影响，于是我想先优化MgAl2O4（111）无缺陷的表面。


    使用Multiwfn获得的输入文件参数如下，想麻烦各位老师看看，参数设置是否合适？

     谢谢！


[attach]35688[/attach]






作者
Author: sobereva    时间: 2021-6-16 00:31
冻结1..144不知道想要做什么，选的不是底层原子。

Z方向真空区没必要那么大，浪费时间

此体系没必要加D3。J. Chem. Theory Comput., 16, 5244 (2020)专门说了D3对于Mg2+、Al3+不合适
作者
Author: 风飞    时间: 2021-6-16 13:35
本帖最后由 风飞 于 2021-6-16 19:37 编辑
sobereva 发表于 2021-6-16 00:31
冻结1..144不知道想要做什么，选的不是底层原子。

Z方向真空区没必要那么大，浪费时间

老师，您好，1）我将我的原子安照Z排序后，想固定1-144号底层原子， 重新生成的输入文件输下：
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
2）对于Z轴真空方向，因为我后面要加入吸附分子（甲苯和水），我的真空层设置的是15埃左右，您看可以吗？

3）对于DFT-D3矫正， 因为在算水在表面的吸附构型时（H2O/MgAl2O4(111) ，会加上DFT-D3矫正，所以，我现在也加上了DFT-D3矫正，
     您的意思是说，在计算吸附能的时候，在计算MgAl2O4(111)时，不需要DFT-D3 ,在计算H2O/MgAl2O4(111) 构型时加上DFT-D3时，就可以是吗？



作者
Author: sobereva    时间: 2021-6-17 11:43
风飞 发表于 2021-6-16 13:35
老师，您好，1）我将我的原子安照Z排序后，想固定1-144号底层原子， 重新生成的输入文件输下：

2）对 ...

2 可以

3 既然算吸附，应当都加
作者
Author: 风飞    时间: 2021-6-17 13:46
本帖最后由 风飞 于 2021-6-17 19:33 编辑
sobereva 发表于 2021-6-17 11:43
2 可以

3 既然算吸附，应当都加

老师，您好，对于我的体系， 原子个数在252-270个原子之间（Mg,Al O,C，H ,Ni） ，是否可以算是大体系，而使用LBFGS方法进行结构优化呢？我尝试用BFGS方法对MgAl2O4（111）表面进行结构优化，感觉有些吃力，跑了15h, 跑了94步，能量一直是处于震荡的状态，没有收敛的趋势（如下图所示），一些计算参数设置如下：
OPTIMIZER BFGS
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH      
POTENTIAL GTH-PBE        
  TYPE DFTD3   
CUTOFF 400      
REL_CUTOFF 55
开了OT ，使用了 outer SCF  

我尝试使用LBFGS方法进行结构优化MgAl2O4(111) ，无DFT+D3, 跑了6h  , 跑了22步收敛，请问如果我的体系必须用BFGS方法进行结构优化，我可以先用LBFGS 方法跑，然后再用BFGS方法跑吗？
此外，有个疑问，我相同的输入文件，不同的服务器，一个是36核并行（E5-2686 v4 @ 2.30GHz），跑出来的能量是-4749.5948365830 ；一个用49核并行（8171M 3.0 GHz），跑出来的能量是-4759.5945961484  采用的都是interl编译器进行编译的， 请问这个合理吗？

(, 下载次数 Times of downloads: 35)


作者
Author: sobereva    时间: 2021-6-19 00:29
风飞 发表于 2021-6-17 13:46
老师，您好，对于我的体系， 原子个数在252-270个原子之间（Mg,Al O,C，H ,Ni） ，是否可以算是大体系， ...

直接用LBFGS的结果就行了，没必要再BFGS搞一次

把收敛限设更严然后再对比一次
作者
Author: 风飞    时间: 2021-6-19 11:15
本帖最后由 风飞 于 2021-6-20 19:52 编辑
sobereva 发表于 2021-6-19 00:29
直接用LBFGS的结果就行了，没必要再BFGS搞一次

把收敛限设更严然后再对比一次

嗯， 好的 谢谢老师，我再去试试
此外，请问，我使用LBFGS方法和以及如下基组赝势进行结构优化 ： BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH   ，   POTENTIAL GTH-PBE
得到结构后，为了获得更精确的能量，我是否可以用pop-TZVP进行单点能计算呢？

老师，我尝试这样做了，但是得到的 两者能量分别是：-4750.7521037459 （结构优化）    -35490.99129027304298    （单点计算） ，虽然说比较绝对能量的意义不大，但是这个两个相差太多了，感觉有问题，请问老师您怎么看呢？结构优化 (, 下载次数 Times of downloads: 35)

单点计算

此外，是否可以先用LBGS优化，然后用pop-TZVP 进行单点计算获得的波函数，然后利用这个波函数来进行STM分析，如果可以，请问对于这样一个体系在进行STM分析的时候，需要注意什么呢?


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Author: 风飞    时间: 2021-6-19 15:46
本帖最后由 风飞 于 2021-6-20 19:51 编辑
sobereva 发表于 2021-6-19 00:29
直接用LBFGS的结果就行了，没必要再BFGS搞一次

把收敛限设更严然后再对比一次

老师， 您好，为了获得更加精确的能量，我拟打算使用pop-TZVP 进行单点计算，但是计算结果发现，两者能量差异巨大， 虽然比较绝对能量的没有意义，但是感觉差距有些离谱，请问是有什么问题吗？

结构优化时的能量：-4750.7521037459     单点计算得到的能量是：-35490.99129027304298

(, 下载次数 Times of downloads: 28) (, 下载次数 Times of downloads: 43)

此外，是否可以先用LBGS优化，然后用pop-TZVP 进行单点计算获得的波函数，然后利用这个波函数来进行STM分析，如果可以，请问对于这样一个体系在进行STM分析的时候，需要注意什么呢?


这两个是一样的，麻烦老师删除其中一个
作者
Author: sobereva    时间: 2021-6-20 17:55
风飞 发表于 2021-6-19 15:46
老师， 您好，为了获得更加精确的能量，我拟打算使用pop-TZVP 进行单点计算，但是计算结果发现，两者能量 ...

我不知道你说的LBGM是什么

赝势基组和全电子基组的绝对能量数量级必定相差悬殊

STM没什么可注意的
作者
Author: 风飞    时间: 2021-6-20 20:02
本帖最后由 风飞 于 2021-6-21 12:39 编辑
sobereva 发表于 2021-6-20 17:55
我不知道你说的LBGM是什么

赝势基组和全电子基组的绝对能量数量级必定相差悬殊

嗯，好的，谢谢老师

我之前说的是使用LBFGS进行结构优化

关于CP2K的计算还有如下疑问

1.老师对于我的体系尺度（252-280个原子）， 使用LBGFS方法进行优化， 会不会受到质疑呢？ 我看到有些资料显示说BFGS适用于中等体系，而LBFGS适用于大体系


2.如果对于我的体系可以使用LBFGS方法进行优化，对于接下来吸附能的计算，以及接下来的波函数分析，STM分析， 我是使用结构优化索获得的能量和波函数合适呢？还是使用pop-TZVP进行单点能计算所获得能量和波函数进行分析合适呢？








作者
Author: sobereva    时间: 2021-6-21 00:54
风飞 发表于 2021-6-20 20:02
嗯，好的，谢谢老师

我之前说的是使用LBGS进行结构优化

注意正确拼写LBFGS

BFGS、LBFGS差异仅在于计算效率，不用对结果质量进行区分。LBFGS本质上是BFGS的省内存的版本

看优化用的什么基组。MOLOPT系列由于带有弥散特征，BSSE问题比pob-TZVP更小，算物理吸附更合适。波函数分析建议用pob-TZVP
作者
Author: 风飞    时间: 2021-8-8 21:56
本帖最后由 风飞 于 2021-8-8 21:57 编辑
sobereva 发表于 2021-6-21 00:54
注意正确拼写LBFGS

BFGS、LBFGS差异仅在于计算效率，不用对结果质量进行区分。LBFGS本质上是BFGS的省 ...

老师，您好，
      我现在是MgAl2O4表面加上Ni-Cu团簇，用来评估Cu的引入对甲苯吸附的影响（吸附能，吸附位点，Cu的引入对Ni的电子调节），使用该输入文件如下，跑这样一个体系大概需要16h左右，该输入文件如下，计算结束后，发现也是只有前两个达到收敛限， 请问计算文件的参数设置是否合适？之前您说可以尝试提高收敛限， 目前设置的scf收敛如下： EPS_DEFAULT 1E-12 ；EPS_SCF 1.0E-06  ； CUTOFF 400 ；  REL_CUTOFF 60
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

此外，我尝试用MgAl2O4-Ni8-10H2O 体系跑动力学，其对应动力学输入文件和ener文件如下，尝试了一下，目前每步大概约200s，感觉有些慢（双路8171M），请问该输入文件的参数设置是否合适呢？

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(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva    时间: 2021-8-9 19:10
风飞 发表于 2021-8-8 21:56
老师，您好，
      我现在是MgAl2O4表面加上Ni-Cu团簇，用来评估Cu的引入对甲苯吸附的影响（吸附能，吸 ...

也没什么明显问题。可以把Z方向晶胞尺寸减小些节约时间
作者
Author: 风飞    时间: 2021-8-10 15:13
sobereva 发表于 2021-8-9 19:10
也没什么明显问题。可以把Z方向晶胞尺寸减小些节约时间

嗯，好的 谢谢老师



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