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标题: CHARMM-GUI的炼金术自由能计算疑问 [打印本页]

作者
Author: violet 时间: 2021-6-16 10:23
标题: CHARMM-GUI的炼金术自由能计算疑问
首先我有一个蛋白-RNA复合物，RNA也只由四个核苷酸组成，很短，然后我将RNA中的一个核苷酸的某个H用-CH3取代，这样的变化很小，我想研究这样的变化对于结合自由能的影响，于是想到了炼金术自由能计算，但是我是个新手，不太会复杂的操作，经过查阅资料，发现可以使用CHARMM-GUI的Free Energy Caculator----Relative Ligand Binder 进行相应的文件的生成，可是我按照步骤上传文件等，但是在Ligand的这一步，需要点击CGenFF按钮，然后需要等待一会才能向下进行，但是我等待了好几天仍没有动静，也请教了知乎的相关用户，回答是应该最多等个两分钟左右就行，但是我无论怎么操作，都是这样子，请问有人遇到过这种问题吗，是怎么解决的？

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-6-16 12:09
还是要从头学软件怎么使用，这种工具都是给已经明白每一步的原理的人准备的，走捷径是不行的

你这个体系就不适合用这个在线工具，学学手动建模吧

作者
Author: violet 时间: 2021-6-16 17:02

fhh2626 发表于 2021-6-16 12:09
还是要从头学软件怎么使用，这种工具都是给已经明白每一步的原理的人准备的，走捷径是不行的

你这个体系 ...

非常感谢您的回复，我确实准备从头学习一下原理和方法，不过我想请教一下，为什么我这个体系不适合在线的这个

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Author: fhh2626 时间: 2021-6-17 10:11

violet 发表于 2021-6-16 17:02
非常感谢您的回复，我确实准备从头学习一下原理和方法，不过我想请教一下，为什么我这个体系不适合在线的 ...

RNA有专门的力场，不适合用CGENFF，而且CGENFF一般也生成不了大分子的参数文件

作者
Author: violet 时间: 2021-6-18 09:50

fhh2626 发表于 2021-6-17 10:11
RNA有专门的力场，不适合用CGENFF，而且CGENFF一般也生成不了大分子的参数文件

好的，非常感谢您的回复

作者
Author: HZW 时间: 2021-6-18 22:22
您好，请问下您那个核酸甲基化是怎么实现的啊，就是某个H用-CH3取代。

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