计算化学公社

标题: GROMACS做MM/PBSA结合自由能计算最理想的工具：gmx_MMPBSA [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-16 11:04
标题: GROMACS做MM/PBSA结合自由能计算最理想的工具：gmx_MMPBSA
这个近期发展的gmx_MMPBSA工具令GROMACS用户可以直接利用免费的AmberTools的MMPBSA.py进行结合自由能计算
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

基于Python写的。比以往的同类工具都强大，而且更可靠，还有详细的文档和例子，还支持新版本GROMACS。g_mmpbsa等其它同类工具彻底没用了，会被彻底取代。此工具不仅令GROMACS用户可以像AMBER用户一样享受到MMPBSA.py，还做了额外扩展令分析更为方便。

(, 下载次数 Times of downloads: 61)

(, 下载次数 Times of downloads: 56)

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作者
Author: lonemen 时间: 2021-6-26 11:30
谢谢社长推荐！

作者
Author: Zhaoyang 时间: 2021-6-27 04:38
学习一波

作者
Author: HZW 时间: 2021-7-9 19:19
卢老师，怎么安装啊，咋我按照官网的操作错误了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-10 09:38

HZW 发表于 2021-7-9 19:19
卢老师，怎么安装啊，咋我按照官网的操作错误了。

发邮件问作者

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-4 21:35
gmx_MMPBSA已正式发表
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.1c00645

作者
Author: nianbin 时间: 2021-11-5 00:37
可惜不支持win

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-5 16:13

nianbin 发表于 2021-11-5 00:37
可惜不支持win

用虚拟机就完了
只会用windows什么也干不了

作者
Author: 曦曦弗斯 时间: 2021-11-19 19:47
请问gmx_MMPBSA是不是只能用于AMBER和CHARMM力场？OPLS力场做MMPBSA的计算有什么途径吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-20 07:22

曦曦弗斯发表于 2021-11-19 19:47
请问gmx_MMPBSA是不是只能用于AMBER和CHARMM力场？OPLS力场做MMPBSA的计算有什么途径吗？

你看程序介绍里怎么说的

OPLS-AA力场跑生物分子体系相对于这俩来说没有什么优点，我没看出有什么使用的价值

作者
Author: 大村驴 时间: 2022-3-4 19:36
老师，我看说明里说，要用gmx_MMPBSA.py，首先需要安装Amber，那如果我们没有Amber收费组件，是不是就没有办法使用了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-4 23:20

大村驴发表于 2022-3-4 19:36
老师，我看说明里说，要用gmx_MMPBSA.py，首先需要安装Amber，那如果我们没有Amber收费组件，是不是就没有 ...

AmberTools和AMBER完全是两码事，前者是免费的

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Author: landian666 时间: 2022-7-20 10:40
老师您好，我想请教一下用gmx_MMPBSA.py计算结合自由能与用Umbrella Sampling计算结合自由能两者有什么区别，用那种方法比较有优势？谢谢！

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2022-7-20 23:50

landian666 发表于 2022-7-20 10:40
老师您好，我想请教一下用gmx_MMPBSA.py计算结合自由能与用Umbrella Sampling计算结合自由能两者有什么区别 ...

可参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/365654509

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-21 11:18

landian666 发表于 2022-7-20 10:40
老师您好，我想请教一下用gmx_MMPBSA.py计算结合自由能与用Umbrella Sampling计算结合自由能两者有什么区别 ...

对于配体受体结合能，最常用的是MMPBSA、MMGBSA和FEP/TI
速度MMGBSA>MMPBSA>FEP/TI
精度FEP/TI>MMPBSA>MMGBSA

作者
Author: lele123 时间: 2024-10-22 14:59
本帖最后由 lele123 于 2024-10-22 15:01 编辑

sobereva 发表于 2022-7-21 11:18
对于配体受体结合能，最常用的是MMPBSA、MMGBSA和FEP/TI
速度MMGBSA>MMPBSA>FEP/TI
精度FEP/TI>MMPBSA> ...

sob老师，请问如果我跑100ns的动力学模拟，从5ns体系比较平稳（RMSD稳定），有必要用后面95ns来计算gmx_MMPBSA吗？还是截取一部分轨迹就可以了？

比较纠结的是，选取的时间跨度越长，计算结果应该更准确（我的理解），但是耗时也更长。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-22 15:28

lele123 发表于 2024-10-22 14:59
sob老师，请问如果我跑100ns的动力学模拟，从5ns体系比较平稳（RMSD稳定），有必要用后面95ns来计算gmx_M ...

如果95ns轨迹期间都没什么区别，蛋白质构象、和配体结合方式都一样，则MMPBSA的结果会随着取的帧数增加而很快收敛。拿不准就做个收敛性测试，比如5ns和10ns的轨迹对比。从统计精度的原理上来说取得越长越好但越耗时

作者
Author: lele123 时间: 2024-10-22 20:22

sobereva 发表于 2024-10-22 15:28
如果95ns轨迹期间都没什么区别，蛋白质构象、和配体结合方式都一样，则MMPBSA的结果会随着取的帧数增加而 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: lele123 时间: 2024-10-23 12:11
请问sob老师，gmx_MMPBSA是不是不支持过渡金属离子？即便我在立场包里补充了MN原子类型，仍然有这个报错：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
我是补充到gmx_MMPBSA环境下的立场包里。（gromacs下top文件夹也也补充了，但这个应该不影响.）

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