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标题: 利用cpptraj进行主成分分析，生成每一帧的主成分三维散点图求助 [打印本页]

作者
Author: landian666 时间: 2021-6-16 15:36
标题: 利用cpptraj进行主成分分析，生成每一帧的主成分三维散点图求助
参考如下方法进行主成分分析，有两个问题想请教

1、想利用数据做出生成类似下图的每一帧的主成分三维散点图，请教该怎么做？
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
2、做出的前三个主成分直方图归一化图有什么意义？主成分的轨迹动画有什么意义？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-16 18:09
仔细看此文了解基本原理
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

得到每一帧在PC1、PC2、PC3投影的数值，放到Origin里就能绘制三维散点图

作者
Author: landian666 时间: 2021-6-16 22:05

sobereva 发表于 2021-6-16 18:09
仔细看此文了解基本原理
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva ...

多谢sob老师，第一个问题解决了。

作者
Author: landian666 时间: 2021-6-16 22:28

sobereva 发表于 2021-6-16 18:09
仔细看此文了解基本原理
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva ...

还有一个问题想请教sob老师，我现在是把散点图画出来了，怎么在图中将不同的簇用不同的颜色表示那？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-17 11:49

landian666 发表于 2021-6-16 22:28
还有一个问题想请教sob老师，我现在是把散点图画出来了，怎么在图中将不同的簇用不同的颜色表示那？

把不同的簇的散点分别绘制，用不同的颜色就完了

作者
Author: landian666 时间: 2021-6-17 12:56

sobereva 发表于 2021-6-17 11:49
把不同的簇的散点分别绘制，用不同的颜色就完了

我是用amber的CPPTRAJ做的簇分析,看输出文件里只有噪音帧的序号,想请教下sob老师怎么确认每个团簇的帧序号?

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-18 18:14

landian666 发表于 2021-6-17 12:56
我是用amber的CPPTRAJ做的簇分析,看输出文件里只有噪音帧的序号,想请教下sob老师怎么确认每个团簇的帧序 ...

很久不用cpptraj，忘了
gromacs的gmx cluster都会给出每个簇里对应的帧，cpptraj应该也有办法给出

作者
Author: landian666 时间: 2021-6-19 16:28

sobereva 发表于 2021-6-18 18:14
很久不用cpptraj，忘了
gromacs的gmx cluster都会给出每个簇里对应的帧，cpptraj应该也有办法给出

谢谢sob老师,问题解决了,还有两个问题想请教sob老师:
1 就是我在研究一个动力学过程中先用GROMACS做动力学计算,然后用gmx_mpi covar 和gmx_mpi anaeig做PCA,然后把轨迹和拓扑转成amber后,用cpptraj中dbscan做密度聚类的簇分析,可以这样混合使用工具做分析吗?
2 通过上面方法得出的PCA三维散点图和簇分析结果能相互自洽吗,也就是说是不是PCA散点图中相对成簇的一些点正好是簇分析某一个簇中所有帧数的集合?

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-20 17:48

landian666 发表于 2021-6-19 16:28
谢谢sob老师,问题解决了,还有两个问题想请教sob老师:
1 就是我在研究一个动力学过程中先用GROMACS做动 ...

1 原理上可以
2 不一定自洽，毕竟归簇算法不同，而且PC只考虑了前三个主成分，而帧之间归簇靠RMSD考虑的是所有原子

作者
Author: landian666 时间: 2021-6-22 15:29

sobereva 发表于 2021-6-20 17:48
1 原理上可以
2 不一定自洽，毕竟归簇算法不同，而且PC只考虑了前三个主成分，而帧之间归簇靠RMSD考虑的 ...

谢谢sob老师~

作者
Author: landian666 时间: 2021-6-25 14:48

sobereva 发表于 2021-6-20 17:48
1 原理上可以
2 不一定自洽，毕竟归簇算法不同，而且PC只考虑了前三个主成分，而帧之间归簇靠RMSD考虑的 ...

sob老师,我想针对一个结构中一部分残基进行簇分析,用的如下方法,想请教您是不是可以:
我用cpptraj中dbscan做密度聚类做簇分析,假如输入的结构有200个残基,我在cluster的rms命令中只考虑前27个残基(命令如 rms :1-27&!@H \),是不是可以说我是针对了这27个残基做了簇分析,并没有考虑其他残基对簇分析的影响?
完整命令如下,谢谢:
cpptraj
parm dna1.prmtop #
trajin dna1.mdcrd    #输入结构含有200个残基

cluster C3 \
      dbscan minpoints 4 epsilon 2.9 sievetoframe \
      rms :1-27&!@H \
      sieve 10 \
      random \
      out cnumvtime.dat \
      summary summary.dat \
      info info.dat \
      cpopvtime cpopvtime.agr normframe \
      clusterout trajfile \
      repout rep repfmt pdb \
      singlerepout singlerep.nc singlerepfmt netcdf \
      avgout Avg avgfmt restart
run

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