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标题: 求助CP2K做MD时遇到CPASSERT failed (colvar_utils.F:604) 问题 [打印本页]

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2021-6-16 16:28
标题: 求助CP2K做MD时遇到CPASSERT failed (colvar_utils.F:604) 问题
请教各位老师，最近在学习cp2k的metadynamic模块，仿照官网的exercise以自己的体系练习时遇到如下问题，网络上查了很久，实在找不到答案；不知道colvar_utils.F:604意味着什么。

DBCSR| CPU Multiplication driver                                        XSMMcolvar_utils.F:604
DBCSR| Multrec recursion limit                                           512
DBCSR| Multiplication stack size                                        1000
DBCSR| Maximum elements for images                                  UNLIMITED
DBCSR| Multiplicative factor virtual images                                  1
DBCSR| Use multiplication densification                                     T
DBCSR| Multiplication size stacks                                           3
DBCSR| Number of 3D layers                                              SINGLE
DBCSR| Use MPI memory allocation                                           T
DBCSR| Use RMA algorithm                                                    F
DBCSR| Use Communication thread                                              T
DBCSR| Communication thread load                                           87

  **** **** ******  **  PROGRAM STARTED AT             2021-06-16 16:13:48.502
***** ** ***  *** ** PROGRAM STARTED ON                      funmat-karplus
** **** ****** PROGRAM STARTED BY                            funmatlab
***** ** ** ** ** PROGRAM PROCESS ID                               61118
  **** **  *******  **  PROGRAM STARTED IN /home/funmatlab/Documents/liulu/2-cp2
                                       k-tasks/test-mtdyn

CP2K| version string:                                        CP2K version 7.1
CP2K| source code revision number:                               git:e635599
CP2K| cp2kflags: libint fftw3 libxc elpa parallel mpi3 scalapack xsmm max_contr
CP2K|          =4 plumed2 spglib mkl
CP2K| is freely available from                         https://www.cp2k.org/
CP2K| Program compiled at                         Thu Oct 8 13:37:54 CST 2020
CP2K| Program compiled on                                     funmat-karplus
CP2K| Program compiled for                                        CentOS-intel
CP2K| Data directory path          /opt/softwares/cp2k/71/popt/cp2k-7.1.0/data
CP2K| Input file name                                  TCPFe_mtd_2cv_h0_p1.inp

GLOBAL| Force Environment number                                           1
GLOBAL| Basis set file name          /home/funmatlab/Documents/liulu/2-cp2k-t
GLOBAL| Potential file name          /home/funmatlab/Documents/liulu/2-cp2k-t
GLOBAL| MM Potential file name                                  MM_POTENTIAL
GLOBAL| Coordinate file name          /home/funmatlab/Documents/liulu/2-cp2k-t
GLOBAL| Method name                                                       CP2K
GLOBAL| Project name                                     TCPFe_mtd_2cv_h0_p1
GLOBAL| Preferred FFT library                                           FFTW3
GLOBAL| Preferred diagonalization lib.                                  ELPA
GLOBAL| Run type                                                          MD
GLOBAL| All-to-all communication in single precision                         F
GLOBAL| FFTs using library dependent lengths                               F
GLOBAL| Global print level                                                 LOW
GLOBAL| MPI I/O enabled                                                    T
GLOBAL| Total number of message passing processes                            2
GLOBAL| Number of threads for this process                                  1
GLOBAL| This output is from process                                        0
GLOBAL| CPU model name             Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2686 v4 @ 2.30GHz
GLOBAL| CPUID                                                             1002
GLOBAL| Compiled for CPUID                                                 0
HINT in environment.F:814 The compiler target flags (generic) used to build

this binary cannot exploit all extensions of this CPU model (x86_avx2).
Cons
ider compiler target flags as part of FCFLAGS and CFLAGS (ARCH file).

MEMORY| system memory details [Kb]
MEMORY|                      rank 0          min          max    average
MEMORY| MemTotal          131732312    131732312    131732312    131732312
MEMORY| MemFree          102924968    102924968    102924968    102924968
MEMORY| Buffers                5856       5856       5856       5856
MEMORY| Cached             13825740    13825740    13825740    13825740
MEMORY| Slab                784256       784256       784256       784256
MEMORY| SReclaimable          505484       505484       505484       505484
MEMORY| MemLikelyFree    117262048    117262048    117262048    117262048

      ----------------------------------------------------------------------
COLVARS| COLVAR INPUT INDEX:       1
COLVARS| COORDINATION  >>> FROM KINDS                                     95
COLVARS| COORDINATION  >>> TO KINDS                                     89
COLVARS| R0                                                          3.40151
COLVARS| NN                                                                6
COLVARS| ND                                                                12
      ----------------------------------------------------------------------
      ----------------------------------------------------------------------
COLVARS| COLVAR INPUT INDEX:       2
COLVARS| BOND       >>> ATOMS:                                  89    95
      ----------------------------------------------------------------------
      ----------------------------------------------------------------------
COLVARS| COLVAR INPUT INDEX:       3
COLVARS| BOND       >>> ATOMS:                                  93    95
      ----------------------------------------------------------------------

*******************************************************************************
* ___                                                                      *
*  / \                                                                   *
* [ABORT]                                                                   *
*  \___/                            CPASSERT failed                         *
* |                                                                      *
*  O/|                                                                      *
* /| |                                                                      *
* / \                                                    colvar_utils.F:604 *
*******************************************************************************

===== Routine Calling Stack =====

         2 topology_control
         1 CP2K

作者
Author: 高斯不过如此 时间: 2021-8-5 22:04
楼主解决了么？

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2021-8-15 15:41
是内存不够吧？我也遇到同样的问题，内存太小所致。

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2021-8-16 16:38

高斯不过如此发表于 2021-8-5 22:04
楼主解决了么？

解决啦是colvar输入的问题。

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2021-8-16 16:38

ZHANGZY 发表于 2021-8-15 15:41
是内存不够吧？我也遇到同样的问题，内存太小所致。

不是，我的是colvar设置的问题

作者
Author: elpa 时间: 2021-9-10 13:49
你好我也遇到这个问题了，请问colvar设置的问题是什么？

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2021-11-1 15:26

elpa 发表于 2021-9-10 13:49
你好我也遇到这个问题了，请问colvar设置的问题是什么？

我的是colvar设置时原子序号有问题。

作者
Author: elpa 时间: 2021-11-1 18:27

达斯维达尼亚发表于 2021-11-1 15:26
我的是colvar设置时原子序号有问题。

QMMM跑metadynamics，配位数是不是不能设KIND？

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2022-2-22 20:28

elpa 发表于 2021-11-1 18:27
QMMM跑metadynamics，配位数是不是不能设KIND？

没看到

可以设KIND 不过我初学的时候直接改的别人的inp文件，没弄清楚KIND和ATOM。

作者
Author: leeru 时间: 2022-2-23 15:38
报错是发生在第二步,2, topology control，我感觉你要检查下你的输入文件，特别是MM与QM区域的定义

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2022-2-24 10:11

leeru 发表于 2022-2-23 15:38
报错是发生在第二步,2, topology control，我感觉你要检查下你的输入文件，特别是MM与QM区域的定义

谢谢回复，的确是输入文件的问题，我的问题出现在Colvar的设置上，KINDS_FROM 上写的是原子序号，所以出错。

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