计算化学公社

标题: 扩散系数的计算问题（回审稿意见） [打印本页]

作者
Author: jollydai 时间: 2021-6-17 13:53
标题: 扩散系数的计算问题（回审稿意见）
本帖最后由 jollydai 于 2021-8-12 16:37 编辑

用GROMACS自带的gmx msd计算分子的扩散系数D，以下是有关D的计算方式。

The MSD was directly calculated by the program gmx msd, and D was fitted from time 2 to 180 ns in which MSD and time are approximately linear, as shown in the Figure 1.

审稿专家意见：

In order to evaluate the (self)-diffusion coefficient, the system should be approached to the diffusive regimes. The approaching diffusive regimes should be investigated.

没太明白具体是什么意思，需要做什么。

希望能够得到帮助，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-18 01:32
得说清楚当前什么条件算的什么体系

作者
Author: jollydai 时间: 2021-6-21 10:12

sobereva 发表于 2021-6-18 01:32
得说清楚当前什么条件算的什么体系

老师好！谢谢您的回复！
我计算的是药物分子在凝胶中的扩散系数。

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-6-21 11:20
本帖最后由 k64_cc 于 2021-6-21 11:21 编辑

jollydai 发表于 2021-6-21 10:12
老师好！谢谢您的回复！
我计算的是药物分子在凝胶中的扩散系数。

（审稿人说）得说清楚当前什么条件算的什么体系。
self-diffusion coef的计算容易出问题，你得详细描述计算过程，他好给你挑毛病。

作者
Author: jollydai 时间: 2021-6-21 14:35

k64_cc 发表于 2021-6-21 11:20
（审稿人说）得说清楚当前什么条件算的什么体系。
self-diffusion coef的计算容易出问题，你得详细描述 ...

谢谢老师！
The MSD was directly calculated by the program gmx msd, and D was fitted from time 2 to 180 ns in which MSD and time are approximately linear, as shown in the Figure.
这是我在文中描述的计算方法，也附图了。
不知您说的容易出问题是哪些问题？我还需要补充哪些内容？谢谢！

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-6-22 11:20

jollydai 发表于 2021-6-21 14:35
谢谢老师！
The MSD was directly calculated by the program gmx msd, and D was fitted from time 2 t ...

系综，模拟时间，被研究对象之类的。

作者
Author: lyj714 时间: 2021-6-22 11:30
你这图一给，还写2-180 ns是线性这不是明眼人说瞎话吗，gmx msd直接给出的那个扩散系数一般都不能用，自己选择msd-t呈线性的地方进行拟合得到扩散系数。

作者
Author: chema 时间: 2021-6-22 14:23

lyj714 发表于 2021-6-22 11:30
你这图一给，还写2-180 ns是线性这不是明眼人说瞎话吗，gmx msd直接给出的那个扩散系数一般都不能用，自己 ...

请教一个问题，如果做出来的MSD曲线，有两段线段呈现线性，那么应该选择那一段线段进行拟合呢

作者
Author: jollydai 时间: 2021-6-23 16:59

k64_cc 发表于 2021-6-21 11:20
（审稿人说）得说清楚当前什么条件算的什么体系。
self-diffusion coef的计算容易出问题，你得详细描述 ...

明白了，谢谢！

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