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标题: 求助ATB生成的分子结构和拓扑文件的问题 [打印本页]

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Author: ONTHEWAY 时间: 2021-6-19 10:54
标题: 求助ATB生成的分子结构和拓扑文件的问题
1.我在ATB中提交了一个沥青质的分子结构，但系统只是给我提供了相似的分子结构（分子中的单双键发生了变化），请问该怎么解决？（是可以自己修改结构和相应的拓扑文件，还是其他怎么做？）
2.ATB分子信息的MD文件里面提供的GROMACS和GROMOS96有什么区别，我想用GROMOS96-53a6,请问该选择哪一个？
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作者
Author: 牧生 时间: 2021-6-19 12:18
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

ATB得到的文件，最好使用ATB提供的修改力场gromos54a7_atb.ff

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-19 12:44
甭那么在意gview判断的成键类型，仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

想用53A6干嘛，明明都是很老的GROMOS96。ATB上生成的拓扑文件用的力场是ATB开发者自己改的GROMOS96力场。GROMACS是程序，GROMOS96是力场的系列，完全不是并列关系

作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-6-19 12:59

牧生发表于 2021-6-19 12:18
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html） ...

好的谢谢您

作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-6-19 12:59

sobereva 发表于 2021-6-19 12:44
甭那么在意gview判断的成键类型，仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http:/ ...

好的谢谢老师

作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-6-19 13:41

sobereva 发表于 2021-6-19 12:44
甭那么在意gview判断的成键类型，仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http:/ ...

老师，我还有一个问题，请问如我修改了ATB提供的分子的结构（单键改成双键，或双键改成单键之类的），则对应的ATB提供的拓扑文件也需要修改吗？主要是修改拓扑文件的哪些地方？谢谢老师。

作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-6-19 17:15

牧生发表于 2021-6-19 12:18
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html） ...

您好，我看您提供的老师写的博文里面介绍的方法都是需要其他文件的，我只有一个ATB提供的pdb文件，请问有什么方法可以分析分子中原子间的成键类型吗？（双键还是单键）谢谢您。

作者
Author: 牧生 时间: 2021-6-19 17:31
本帖最后由牧生于 2021-6-19 17:33 编辑

ONTHEWAY 发表于 2021-6-19 17:15
您好，我看您提供的老师写的博文里面介绍的方法都是需要其他文件的，我只有一个ATB提供的pdb文件，请问有 ...

ATB会提供itp和pdb文件。。由于使用了联合原子力场，所以需要使用红框内的itp和pdb
至于单键双键，不要去纠结了。只要不是很复杂，很特殊的分子，对于常规分子，ATB给出什么就用什么，一般也不会有啥大问题

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作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-6-19 23:06

牧生发表于 2021-6-19 17:31
ATB会提供itp和pdb文件。。由于使用了联合原子力场，所以需要使用红框内的itp和pdb
至于单键双键，不要 ...

好的，非常感谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-20 17:51

ONTHEWAY 发表于 2021-6-19 13:41
老师，我还有一个问题，请问如我修改了ATB提供的分子的结构（单键改成双键，或双键改成单键之类的），则 ...

提供给ATB pdb作为输入文件的时候，ATB根本就不会从你提供的文件里读连接关系，怎么成键都是ATB根据坐标自行判断的，考虑初始结构里成键设置没有任何意义

作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-6-21 09:51

sobereva 发表于 2021-6-20 17:51
提供给ATB pdb作为输入文件的时候，ATB根本就不会从你提供的文件里读连接关系，怎么成键都是ATB根据坐标 ...

好的老师谢谢您

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