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标题: 求助两个片段之间的距离如何判断 [打印本页]

作者
Author: yang2020 时间: 2021-6-19 11:56
标题: 求助两个片段之间的距离如何判断
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请问各位老师，如图中，上面的分子和下面的平面大碳环之间的距离选择哪种判定标准更合适？是选取上面分子离下面平面最近的原子吗？我在文献中看到有以距离来判断二者之间的结合强度，即距离越近，结合越强。但是距离的选择给我的感觉是有很大的人为主观性。麻烦各位老师能够指点迷津，感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-19 12:41
拿距离判断结合强度完全不靠谱
结合能又不是不能算，而且Multiwfn还支持一大堆分析方法，光看距离完全没意义
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-19 12:47
很容易能算出的量，却要靠距离，就是给自己挖坑等审稿人批/拒/大修。。

作者
Author: yang2020 时间: 2021-6-19 13:23

zjxitcc 发表于 2021-6-19 12:47
很容易能算出的量，却要靠距离，就是给自己挖坑等审稿人批/拒/大修。。

感谢老师的提醒。我也觉得看到的文献中拿距离说结合强度是不靠谱的。但是我想单纯了解一下图中两个片段之间的距离，这样比较直观形象地表现一下两个片段的相对空间位置状态。不知道怎么该选取两个片段中的原子作为距离的两端。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-19 16:42

yang2020 发表于 2021-6-19 06:23
感谢老师的提醒。我也觉得看到的文献中拿距离说结合强度是不靠谱的。但是我想单纯了解一下图中两个片段之 ...

可以先作下面分子的平均平面，再取上面分子的原子里离这个平均平面最近的那个原子，对应的距离就是两个分子之间的距离

作者
Author: yang2020 时间: 2021-6-19 23:07

wzkchem5 发表于 2021-6-19 16:42
可以先作下面分子的平均平面，再取上面分子的原子里离这个平均平面最近的那个原子，对应的距离就是两个分 ...

请问老师作下面分子的平均平面是怎么操作呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-19 23:13

yang2020 发表于 2021-6-19 16:07
请问老师作下面分子的平均平面是怎么操作呢？

有些可视化软件支持做这个，比如mercury。其他软件是否支持不太清楚

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-20 18:19

yang2020 发表于 2021-6-19 13:23
感谢老师的提醒。我也觉得看到的文献中拿距离说结合强度是不靠谱的。但是我想单纯了解一下图中两个片段之 ...

Multiwfn里直接就能测量两个片段间最近原子间距离

复合物结构载入Multiwfn，选主功能100的子功能21，然后输入dist，之后输入两个片段的原子序号即可，读Minimum distance，例如

Minimum distance: 1.9372 Angstrom, between 9(H ) and 20(O )
Maximum distance: 9.6922 Angstrom, between 13(H ) and 25(H )
Geometry center of fragment 1 (X/Y/Z): -2.5565 -0.0291 0.1320 Angstrom
Geometry center of fragment 2 (X/Y/Z): 2.5565 0.0291 -0.1320 Angstrom
Distance between the two geometry centers: 5.1201 Angstrom
Mass center of fragment 1 (X/Y/Z): -2.5002 0.1687 0.0510 Angstrom
Mass center of fragment 2 (X/Y/Z): 2.4172 0.2007 -0.1225 Angstrom
Distance between the two mass centers: 4.9206 Angstrom

作者
Author: yang2020 时间: 2021-6-20 19:35

sobereva 发表于 2021-6-20 18:19
Multiwfn里直接就能测量两个片段间最近原子间距离

复合物结构载入Multiwfn，选主功能100的子功能21， ...

嗯嗯收到，谢谢老师！

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-4-8 19:59

sobereva 发表于 2021-6-20 18:19
Multiwfn里直接就能测量两个片段间最近原子间距离

复合物结构载入Multiwfn，选主功能100的子功能21， ...

老师，请问这个可以来描述空间电荷转移TADF分子的给体受体之间的质心距离吗，Distance between the two geometry centers: 5.1201 Angstrom
Distance between the two mass centers: 4.9206 Angstrom

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-9 03:42

陈AG 发表于 2025-4-8 19:59
老师，请问这个可以来描述空间电荷转移TADF分子的给体受体之间的质心距离吗，Distance between the two g ...

没有具体结构、没有你输入的具体没命令（直接体现怎么定义的片段），我无法判断

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-4-9 09:53

sobereva 发表于 2025-4-9 03:42
没有具体结构、没有你输入的具体没命令（直接体现怎么定义的片段），我无法判断

老师，比如这些分子，结构载入Multiwfn，选主功能100的子功能21，然后输入dist，之后输入两个片段（D/A）的原子序号，读取Distance between the two geometry centers作为两个片段间的质心距离

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-10 00:24

陈AG 发表于 2025-4-9 09:53
老师，比如这些分子，结构载入Multiwfn，选主功能100的子功能21，然后输入dist，之后输入两个片段（D/A） ...

Distance between the two geometry centers是两个片段的几何中心的距离，不是质心距离，但一般差不了多少

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