计算化学公社

标题: 如何研究δ，d和多重芳香性 [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2015-12-15 16:50
标题: 如何研究δ，d和多重芳香性
老师：您好！通过看文献了解到芳香性可以分为σ，π，δ，d和多重芳香性。您的帖子里介绍了将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献，请问如果要研究δ，d和多重芳香性。您有相关的帖子吗？或者是建议吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-15 23:37
此文很多方法都可以讨论
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176

最简单的就是看MO图形，看看形成满足4n+2组合的MO是否是原子的d轨道参与的。MO不好考察时也可以用AdNDP方法考察。
如果你想再定量化一点，比如研究δ芳香性时，用Multiwfn计算多中心键级前或计算ELF前只保留构成δ芳香性的轨道，把其它轨道占据数都清零。
AICD方法也可以只考察某些MO对环电流、NICS的贡献。
多重芳香性就是有多类电子都对芳香性有贡献，比如同时具有sigma芳香性和pi芳香性，如Al4 2-。
这篇文章也可以看看：doi: 10.1002/wcms.1115

作者
Author: 风飞 时间: 2015-12-16 20:18
老师：您好！我在用高斯算NICS的时候，加入Bq原子以后，高斯报错说“Atomic number out of range in Df2TZV.”我之前的体系是全金属的所以采用的方法和基组是PBE1PBE/def2TZVP,如果是这样，我加入Bq以后我是否需要使用混合基组，加上6-311G之类的，突然想起上次您说计算的NICS的基组可以和结构优化的不一样，如果是这样，对于我的体系只含有（Au/Sb)这两种金属，用什么基组来计算比较合理和划算呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-17 01:31

风飞发表于 2015-12-16 20:18
老师：您好！我在用高斯算NICS的时候，加入Bq原子以后，高斯报错说“Atomic number out of range in Df2TZV ...

我用g09 D.01试了下def2TZVP加上Bq，并没出错，可以把你输入文件传上来看看。
算NICS还用def2TZVP就行。

作者
Author: 风飞 时间: 2015-12-17 09:58
本帖最后由风飞于 2015-12-17 10:01 编辑

老师：您好！输入文件我是以附录的形式上传的，麻烦您看看。我的Bq原子一共设定了17个，会不会是这个Bq原子的数量超过了呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-17 11:36

风飞发表于 2015-12-17 09:58
老师：您好！输入文件我是以附录的形式上传的，麻烦您看看。我的Bq原子一共设定了17个，会不会是这个Bq原子 ...

你就直接把gjf文件传上来，我好测试

作者
Author: 风飞 时间: 2015-12-17 12:07

sobereva 发表于 2015-12-17 11:36
你就直接把gjf文件传上来，我好测试

输入文件已上传，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-17 12:34

风飞发表于 2015-12-17 12:07
输入文件已上传，谢谢老师

当前确实没法算。你用genecp，去EMSL拷def2-TZVP的定义拿过来用就行了

作者
Author: 风飞 时间: 2015-12-29 11:30
本帖最后由风飞于 2015-12-31 20:49 编辑

老师：您好！我在用我的体系绘制化学屏蔽表面的时候，在输入文件中用的基组和方法是PBE1PBE/def2TZVP,，然后出现的错误是Atomic number out of range in DF2TZV, 突然想到了您之前说过用def2TZVP 计算全金属芳香性的时候要用混合基组，并且要拷入Def2TZVP 的定义，。我进行修改后，出现的错误是：NSgDBf>NBsAll in quad4. 请问是怎么回事呢？老师修改后的输入文件和对应的出错out文件已上传，谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-31 01:50

风飞发表于 2015-12-29 11:30
老师：您好！我在用我的体系绘制化学屏蔽表面的时候，在输入文件中用的基组和方法是PBE1PBE/def2TZVP,，然 ...

D.01容易有这个问题，写上guess=huckel可解决

作者
Author: 风飞 时间: 2015-12-31 17:21
本帖最后由风飞于 2015-12-31 17:32 编辑

老师：您好！结合您的帖子”将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献“+“使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道”中的“#P b3lyp/6-31+G* NMR pop=NCSall IOp(6/65=-1)”+“在Gaussian输入文件中加上pop=nboread关键词，在末尾空一行写上比如$NBO plot file=c:\ltwd\NH2COH $END，”的内容我的输入文件如下：”#p pbe1pbe/genecp NMR pop(ncsall,nboread) iop(6/65=-1)；最后一行：+$nbo plot file=F:\quanjinshu\NICS\4huan\SbAuSb(-2)-D4h-fenjie-2 $end“ ，高斯虽然正常结束，但是输出文件中只有一般NICS的输出结果，并没有”各个NLMO对NICS(0)_ZZ的贡献也就是Total那列的负值“并且提示” The NLMO program is not currently set up to handle this.“请问，这是什么原因呢？我的是Sandwich化合物，设置的bq原子比较多是按照（-1，-0.5，0,0.5,1····）这样来说设置的是否是我的Bq原子设置问题，还是？谢谢老师！NICS检验，该物质是有芳香性的，是不是我的体系中没有sigma或者是π芳香性呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-31 18:22

风飞发表于 2015-12-31 17:21
老师：您好！结合您的帖子”将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献“+“使用Multiwfn绘制NBO及 ...

这说明没有进行NLMO分析，看NLMO program is not currently set up to handle this上面的具体提示，多半是由于自带的NBO3.1程序的限制导致的。这和有没有sigma、pi芳香性，以及怎么设Bq没有关系。

作者
Author: 风飞 时间: 2015-12-31 20:09
老师：我用的是高斯是D.01，版本的请问除了考虑换版本，有其他解决的办法吗？谢谢老师！

作者
Author: 风飞 时间: 2015-12-31 22:49

sobereva 发表于 2015-12-31 01:50
D.01容易有这个问题，写上guess=huckel可解决

老师：您好！发现加上guess=huckel很费时间，高斯最近出新版本了，老师您觉得有必要换新的算吗？如果有必要，请问咱们群里有新版本的高斯吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-31 22:54

风飞发表于 2015-12-31 22:49
老师：您好！发现加上guess=huckel很费时间，高斯最近出新版本了，老师您觉得有必要换新的算吗？如果有必 ...

并没觉得费什么额外时间。E.01目前网上没有，应该也不会在这方面有什么改变

作者
Author: 风飞 时间: 2015-12-31 23:09
之前没加guess=huckel的时候，基本是几分钟一个(运行您给的例子+或者是我之前把每个NICS文件减少到1500个虚原子的时候），可是现在加了都快1个小时了，还没好，所以·····感觉好慢!

作者
Author: 风飞 时间: 2015-12-31 23:10

sobereva 发表于 2015-12-31 18:22
这说明没有进行NLMO分析，看NLMO program is not currently set up to handle this上面的具体提示，多半 ...

老师：您好！如果是自带的NBO3.1导致，请问有什么解决的办法吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-1 12:55

风飞发表于 2015-12-31 23:09
之前没加guess=huckel的时候，基本是几分钟一个(运行您给的例子+或者是我之前把每个NICS文件减少到1500个虚 ...

加和不加guess=huckel的时候NICSnptlim设得一样否？基组一样否？
原理上这只影响初猜过程，不会影响计算耗时。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-1 12:55

风飞发表于 2015-12-31 23:10
老师：您好！如果是自带的NBO3.1导致，请问有什么解决的办法吗？谢谢！

你先看具体提示是因为什么原因导致不能handle this

作者
Author: 风飞 时间: 2016-1-1 16:12

sobereva 发表于 2016-1-1 12:55
你先看具体提示是因为什么原因导致不能handle this

老师：

我不知道该怎样看错误，这个是我的输出文件，可以麻烦老师您帮我看看吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-1 20:23

风飞发表于 2016-1-1 16:12
老师：我不知道该怎样看错误，这个是我的输出文件，可以麻烦老师您帮我看看吗？谢谢！

看了结构，你的情况只能用更新的NBO版本

作者
Author: 风飞 时间: 2016-1-2 17:11
本帖最后由风飞于 2016-1-2 17:13 编辑

sobereva 发表于 2015-12-31 18:22
这说明没有进行NLMO分析，看NLMO program is not currently set up to handle this上面的具体提示，多半 ...

作者
Author: 风飞 时间: 2016-1-2 18:07

sobereva 发表于 2016-1-1 20:23
看了结构，你的情况只能用更新的NBO版本

老师：您好！您说让我更新NBO3.1，我用的是高斯自带的NBO程序，我在群里问了：是否可以手动更新NBO程序，但是娃娃老师说不可以，我想请问一下，是不是我就只可以用单独的NBO程序来进行计算了呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-2 19:38

风飞发表于 2016-1-2 18:07
老师：您好！您说让我更新NBO3.1，我用的是高斯自带的NBO程序，我在群里问了：是否可以手动更新NBO程序， ...

要么你花钱买更新的专门给高斯用的NBO，要么效仿此文
编译NBO5.0独立运行版和嵌入Gaussian03 C02版的方法
http://sobereva.com/144
单独的没法用，因为得是那种挂着量化程序的NBO版本才能对NMR进行分解分析。

作者
Author: 风飞 时间: 2016-1-2 19:57
恩。好的谢谢老师！我试试

作者
Author: 风飞 时间: 2016-1-20 15:40

sobereva 发表于 2016-1-2 19:38
要么你花钱买更新的专门给高斯用的NBO，要么效仿此文
编译NBO5.0独立运行版和嵌入Gaussian03 C02版的 ...

老师：您好！请问您那理由嵌入好的高斯windows版本吗？我试着编译了一下，没成功，所以....如果有可以麻烦您传一下吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-20 20:09

风飞发表于 2016-1-20 15:40
老师：您好！请问您那理由嵌入好的高斯windows版本吗？我试着编译了一下，没成功，所以....如果有可以麻 ...

没有

作者
Author: 风飞 时间: 2016-1-20 20:46

sobereva 发表于 2016-1-20 20:09
没有

恩，好的谢谢老师

作者
Author: 风飞 时间: 2016-3-27 20:54

sobereva 发表于 2016-1-20 20:09
没有

老师：您好！请问在计算扭曲环的芳香性的时候，根据您的方法找出质心以及上方1埃处的坐标，用高斯算出芳香性后，感觉就是NICS(）zz，请问为什么还有在把该处的磁屏蔽张量导入Multiwfn中，这个算出的也是NICS（）zz,这个和高斯算出的区别是？感觉怪怪的。请问这两者的区别是？，

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-3 13:49

风飞发表于 2016-3-27 20:54
老师：您好！请问在计算扭曲环的芳香性的时候，根据您的方法找出质心以及上方1埃处的坐标，用高斯算出芳 ...

ZZ不是指Z方向的，而是指垂直于环平面的。
当环平面不是平行于XY,YZ或XZ平面的时候，你没法直接从高斯输出文件里读出垂直于环平面的磁屏蔽值分量，必须靠Multiwfn将磁屏蔽张量进行相应的变换才能得到。

作者
Author: 风飞 时间: 2016-6-14 09:15

sobereva 发表于 2015-12-31 18:22
这说明没有进行NLMO分析，看NLMO program is not currently set up to handle this上面的具体提示，多半 ...

老师:您好！请问对于这种问题该怎么解决呢？“提示说NLMO program is not currently set up to handle this”。我用是D.01版本。如果换版本我是在“”pbe1pbe/def2tzvp"下进行优化的，谢谢····

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-14 10:35

风飞发表于 2016-6-14 09:15
老师:您好！请问对于这种问题该怎么解决呢？“提示说NLMO program is not currently set up to handle th ...

换更新的NBO版本，要么根据具体提示尝试解决

作者
Author: twj 时间: 2024-3-8 22:34

风飞发表于 2015-12-29 11:30
老师：您好！我在用我的体系绘制化学屏蔽表面的时候，在输入文件中用的基组和方法是PBE1PBE/def2TZVP,，然 ...

你好，我也遇到了类似的情况，请问我可以参考以下你的输入文件是怎么定义的吗？对于Bq原子如何定义def2tzvp

作者
Author: twj 时间: 2024-3-9 08:33

sobereva 发表于 2015-12-17 12:34
当前确实没法算。你用genecp，去EMSL拷def2-TZVP的定义拿过来用就行了

老师，您好，请问如何将从EMSL拷的def2-TZVP的定义添加给Bq原子？我也遇到了加了Bq后不能使用def2tzvp的问题，所以我查到了您此前关于这个问题的回答，但是我不知道具体该如何设定？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-9 12:38

twj 发表于 2024-3-9 08:33
老师，您好，请问如何将从EMSL拷的def2-TZVP的定义添加给Bq原子？我也遇到了加了Bq后不能使用def2tzvp的 ...

给Bq原子定义基组做什么

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