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标题: 求助,蛋白质和小分子的MD模拟 [打印本页]

作者
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国小药    时间: 2021-6-20 19:59
标题: 求助,蛋白质和小分子的MD模拟
准备好蛋白质小分子复合物的拓扑文件后,在生成tpr文件的时候报错,报错内容如下:
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 33508)
             does not match topology (topol.top, 33530)

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
求解决方法
作者
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SpongeBob    时间: 2021-6-20 22:00
gro文件和top文件里面原子数目对不上,检查一下是哪个文件有问题。
作者
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panernie    时间: 2021-6-21 01:49
藐视是最初蛋白和小分子没做复合物gro文件,小分子应该是26个原子
作者
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国小药    时间: 2021-6-21 13:21
SpongeBob 发表于 2021-6-20 22:00
gro文件和top文件里面原子数目对不上,检查一下是哪个文件有问题。

非常感谢,确实是complex.gro出现了问题,谢谢您
作者
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1764360701    时间: 2023-9-22 15:25
国小药 发表于 2021-6-21 13:21
非常感谢,确实是complex.gro出现了问题,谢谢您

你好,我也出现了同样的问题,请问是怎么解决的
作者
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snljty2    时间: 2023-9-22 15:40
1764360701 发表于 2023-9-22 15:25
你好,我也出现了同样的问题,请问是怎么解决的

检查你的gro和top/itp文件原子顺序是否一一对应,上面说很清楚了。




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