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标题: 水解反应过渡态搜索问题 [打印本页]

作者
Author: xryao 时间: 2021-6-22 01:09
标题: 水解反应过渡态搜索问题
本帖最后由 xryao 于 2021-6-22 01:18 编辑

跟据图1反应物（左）与产物（右），通过QST2方法进行水解反应的过渡态搜索，对得到的过渡态结构进行IRC分析，无法与反应物何生成物链接起来是什么原因，麻烦各位老师指教一下，谢谢!
在# opt=(calcfc,qst2,noeigentest) freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=water) geom=connectivity 下计算得到图2所示过渡态，对该过渡态进行IRC #p b3lyp/6-31G* IRC(calcfc) scrf(SMD,solvent=water)分析验证，发现该过渡态无法连接到初始反应物和生成物，如图3、4所示，这是为什么，请大家帮忙分析一下，需要如何解决，谢谢各位。
(, 下载次数 Times of downloads: 26) 图1
(, 下载次数 Times of downloads: 26)
图2
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图3
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图4

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-22 03:43
两个糖苷键应该是分步水解的。一般的规律是，如果一个分子有两个相距比较远的位点，各自发生一个反应，且这两个位点之间没有共轭体系连接，那么这两个反应一般是分步发生的。QST2、IRC只能做基元反应，不能做多步反应。另外QST2结果很差，经常不收敛或收敛到错误的结构，建议用QST3或者opt=TS。
此外，如果体系里有酸，哪怕是微量的弱酸，这个反应都会以酸催化途径为主，应该在计算时考虑酸（例如H3O+或者没有电离的弱酸分子）的影响。
最后，这种反应我相信肯定已经研究得很透彻了（不一定是和你相同的糖，但是蔗糖、纤维二糖肯定有成熟的计算研究），建议充分调研文献，参考文献的计算方法，也避免做重复劳动。

作者
Author: xryao 时间: 2021-6-22 09:09

wzkchem5 发表于 2021-6-22 03:43
两个糖苷键应该是分步水解的。一般的规律是，如果一个分子有两个相距比较远的位点，各自发生一个反应，且这 ...

谢谢指教

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