我遇到的问题是：体系做能量极小化前产生拓扑文件、设盒子、加水、加离子都一切正常（图1）；在体系做EM后，Fmax达不到<100的要求，且观察得到的em.gro文件发现配体PMP的O4和O5距离近被自动判断为成键，Maximum Force=8.8681438e+04也来自此O5（图2）；继续进行限制性动力学100ps，结果在第20步（0.02ps）就因Warning: pressure scaling more than 1%，Segmentation fault (core dumped)停止了，从step1开始一直有LINCS Warning，查看输出的step15的pdb文件，发现配体PMP的P原子和O原子已经跑散了（图3）
回去查看了之前的步骤，有一个Warning在加离子前、能量极小化、和限制性动力学的grompp中都出现了：
WARNING 1 [file ffnonbonded.itp, line 72]:
Too few parameters on line (source file
/sob/gromacs-2018.8/src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.cpp, line 290)
不知道这个会不会是崩溃的原因，请教体系遇到这样的问题要怎么解决呢？ 作者Author: sobereva 时间: 2021-6-23 00:50
我没时间仔细看你的文件，但大概率是配体的拓扑文件有问题
建议你先在真空下单独跑每个配体的动力学，检查是否能正常跑、结构波动是否合理
Too few parameters on line这种提示一般说明拓扑文件相应的行的定义格式有问题，仔细检查作者Author: Cephii 时间: 2021-6-23 10:22
输出记录如下：
Step 18799, time 37.598 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.202612, max 0.758103 (between atoms 2 and 30)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
2 30 90.0 0.0973 0.1711 0.0973
Wrote pdb files with previous and current coordinates
......
（37.746ps）
step 18873: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)