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标题: gromacs怎么计算离子液体间氢键 [打印本页]

作者
Author: iueh 时间: 2021-6-22 17:03
标题: gromacs怎么计算离子液体间氢键
gromacs通过 gmx hbond 计算 BMIM PF6 氢键时，出现没有给体，看了论坛上说把 PF6中 itp文件中的F改为 O ，但是仍然没有给体，想请教一下各位。

作者
Author: lyj714 时间: 2021-6-22 17:56
F改O只是认为F作为受体，你体系没有供体原子啊，NH或者OH这两种才可能认为是供体原子。

作者
Author: iueh 时间: 2021-6-22 19:31
行，谢谢，我把咪唑环上的C改为了N，就计算出了氢键，谢谢。

作者
Author: yuclark 时间: 2021-7-11 16:33

iueh 发表于 2021-6-22 19:31
行，谢谢，我把咪唑环上的C改为了N，就计算出了氢键，谢谢。

请问只是从itp中把阴离子PF6中的符号F改成了O，阳离子BMIM中的两个N原子之间的C改成了“N”,而其他信息：原子质量、电荷等不用修改？

作者
Author: iueh 时间: 2021-7-12 09:34
原子质量要改，电荷不用改

作者
Author: zll 时间: 2021-11-23 10:48
你好，我想问一下，您有emim阳离子的力场吗？可以有偿使用吗？

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