计算化学公社

标题: 如何快速且准确获得任意一个小分子的pKa？ [打印本页]

作者
Author: greatzdk 时间: 2021-6-23 10:00
标题: 如何快速且准确获得任意一个小分子的pKa？
一个小分子的pKa值对于判断它的生物物理状态是很重要的。怎么样优雅的获得任意一个小分子的pKa值？
查表？
从头计算？
ML模型预测？

非常感谢。

作者
Author: plus 时间: 2021-6-23 10:06
http://ibond.nankai.edu.cn/

作者
Author: WVzzz 时间: 2021-6-23 10:15
http://bbs.keinsci.com/thread-15858-1-1.html
前面帖子有，有在线的，也有用量化软件算的

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-23 16:47
快速和准确不能兼得
快速就只能靠经验预测，但普适性是有限的，被计算体系必须和训练集有足够相似性
用量化算质子解离的自由能变从而得到pKa可以算得很不错，但想算得准需要较高代价，并且考虑显式溶剂模型、构象权重平均等问题

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)