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标题: 求助更改acpype生成小分子itp里面指认的H原子类型有误 [打印本页]

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Author: cylqcjx 时间: 2021-6-23 14:00
标题: 求助更改acpype生成小分子itp里面指认的H原子类型有误
各位老师

最近在做蛋白质配体GMX模拟，使用acpype生成配体itp文件，按照sob老师的讲义核对了itp文件里面的h atomtype，发现有一处原子指认可能存在错误 (见下图)

(, 下载次数 Times of downloads: 19)

下面是itp文件里的信息：
可以看到总共指认了四类原子，从结构可见并没有芳环存在，但是ha指的是GAFF力场中的芳环H（红色标注）

; Cedrene_GMX.itp created by acpype (v: 2020-11-11T22:59:34CET) on Tue Jun 22 05:57:02 2021

[ atomtypes ]
;name bond_type    mass    charge ptype sigma       epsilon    Amb
c3    c3       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91  0.1094
c2    c2       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
hc    hc       0.00000  0.00000 A    2.64953e-01 6.56888e-02 ; 1.49  0.0157
ha    ha       0.00000  0.00000 A    2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46  0.0150

[ atoms ]
; nr  type  resi  res  atom  cgnr    charge    mass    ; qtot bond_type

   1 c3    1 ***    C 1 -0.052000    12.01000 ; qtot -0.052
   2 c3    1 *** C1 2 -0.055700    12.01000 ; qtot -0.108
   3 c3    1 *** C2 3 -0.037000    12.01000 ; qtot -0.145
   4 c3    1 *** C3 4 -0.027500    12.01000 ; qtot -0.172
   5 c3    1 *** C4 5 -0.070400    12.01000 ; qtot -0.243
   6 c3    1 *** C5 6 -0.053700    12.01000 ; qtot -0.296
   7 c3    1 *** C6 7 -0.074400    12.01000 ; qtot -0.371
   8 c3    1 *** C7 8 -0.030200    12.01000 ; qtot -0.401
   9 c3    1 *** C8 9 -0.078400    12.01000 ; qtot -0.479
10 c2    1 *** C9 10 -0.113400    12.01000 ; qtot -0.593
11 c3    1 *** C10 11 -0.084100    12.01000 ; qtot -0.677
12 c3    1 *** C11 12 -0.084100    12.01000 ; qtot -0.761
13 c2    1 *** C12 13 -0.174202    12.01000 ; qtot -0.935
14 c3    1 *** C13 14 -0.086100    12.01000 ; qtot -1.021
15 c3    1 *** C14 15 -0.054900    12.01000 ; qtot -1.076
16 hc    1 ***    H 16    0.053700    1.00800 ; qtot -1.022
17 hc    1 *** H1 17    0.060700    1.00800 ; qtot -0.962
18 hc    1 *** H2 18    0.047700    1.00800 ; qtot -0.914
19 hc    1 *** H3 19    0.047700    1.00800 ; qtot -0.866
20 hc    1 *** H4 20    0.047700    1.00800 ; qtot -0.819
21 hc    1 *** H5 21    0.043700    1.00800 ; qtot -0.775
22 hc    1 *** H6 22    0.043700    1.00800 ; qtot -0.731
23 hc    1 *** H7 23    0.048700    1.00800 ; qtot -0.683
24 hc    1 *** H8 24    0.048700    1.00800 ; qtot -0.634
25 hc    1 *** H9 25    0.040700    1.00800 ; qtot -0.593
26 hc    1 *** H10 26    0.040700    1.00800 ; qtot -0.552
27 hc    1 *** H11 27    0.034867    1.00800 ; qtot -0.518
28 hc    1 *** H12 28    0.034867    1.00800 ; qtot -0.483
29 hc    1 *** H13 29    0.034867    1.00800 ; qtot -0.448
30 hc    1 *** H14 30    0.034867    1.00800 ; qtot -0.413
31 hc    1 *** H15 31    0.034867    1.00800 ; qtot -0.378
32 hc    1 *** H16 32    0.034867    1.00800 ; qtot -0.343
33 ha    1 *** H17 33    0.120000    1.00800 ; qtot -0.223
34 hc    1 *** H18 34    0.034033    1.00800 ; qtot -0.189
35 hc    1 *** H19 35    0.034033    1.00800 ; qtot -0.155
36 hc    1 *** H20 36    0.034033    1.00800 ; qtot -0.121
37 hc    1 *** H21 37    0.040367    1.00800 ; qtot -0.081
38 hc    1 *** H22 38    0.040367    1.00800 ; qtot -0.040
39 hc    1 *** H23 39    0.040367    1.00800 ; qtot -0.000

考虑到这个分子结构式里面红圈里面的H type 是C=C的H，肯定不是定义里的ha （H on aromatic C), 那么在GAFF立场里

hc
ha
hn
ho
hs
hp

H on aliphatic C
H on aromatic C
H on N
H on O
H on S
H on P

、
于是去查找GAFF力场的说明文件PDF，并没有发现有H on sp2 C 的选项，另外找到有多种特殊类型的H(见下图)

Atom type	Description	Atom type	Description
h1 h2 h3 h4 h5	H on aliphatic C with 1 EW group; H on aliphatic C with 2 EW group; H on aliphatic C with 3 EW group; H on aromatic C with 4 EW group; H on aromatic C with 5 EW group;	cc(cd) ce(cf) cp(cq) cu cv cx cy	inner sp2 C in conj. ring systems inner sp2 C in conj. chain systems bridge aromatic C sp2 C in three-memberred rings sp2 C in four-memberred rings sp3 C in three-memberred rings sp3 C in four-memberred rings

那么问题1：应该选择h1 来替换ha吗？

问题2：手工修改ha 到 h1之后，后面相应的sigma epsilon等键参数怎么计算或者查找呢？Amb代表的是什么意思？

谢谢各位大佬！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-23 16:46
用ha不会有什么实际问题

作者
Author: cylqcjx 时间: 2021-6-23 18:08

sobereva 发表于 2021-6-23 16:46
用ha不会有什么实际问题

好的！谢谢sob老师！

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