计算化学公社

标题: 求助实验现象解释（有偿） [打印本页]

作者
Author: jessy_you 时间: 2021-6-24 20:44
标题: 求助实验现象解释（有偿）
本帖最后由 jessy_you 于 2021-10-30 10:07 编辑

背景：
在导师指导下做了一个化学反应，反应的立体选择性比较满意，目前正尝试解释该现象。
反应简介：
1）成熟的人名反应，反应是两个简单分子（分子量都低于500）的偶联，Lewis酸催化，溶剂DCM(二氯甲烷)，0℃，Ar气保护，无金属参与。副产物结构已鉴定。
2）机理清晰，原人名反应立体选择性一般，在对底物进行简单修饰之后可以得到立体选择性专一的产物。
个人简介：
具备基本的知识计算化学知识，可以进行有效沟通；如后续返修，需要您继续跟进该工作（跟进部分单独付费）。
酬劳：
课题组经费充足，导师表示10，000人民币以内基本无碍，具体视工作量而定，可商议。
PS：
附件是目标效果图（不是真实的反应，是从文献里截图得到的），想通过计算反应路径来解释上述实验现象。
感谢各位！

作者
Author: yflchx 时间: 2021-6-25 22:15
本校或者同城找个计算组合作，这样比较便捷。

作者
Author: djjj148 时间: 2021-6-25 23:20
这一句"对计算化学缺少最基本的知识"恐怕会劝退绝大多数人，代算不像表征测试那样简单。对于你的情况，不只是需要调研做好计算，还得和对计算化学缺少最基本的知识的你沟通解释，隐性成本过高。而且根据你的描述"由于无法捕捉该反应的中间体，导师建议尝试求助计算化学。",这可能需要模拟反应路径，涉及多个过渡态计算。工作量可不小。至于你发的文献还用的AIMD-Metadynamics，比过渡态的工作量更多。
因此我估计1W以内估计没人会接，就算是代算机构也可能嫌太麻烦，报价过高或不接。
参考http://bbs.keinsci.com/thread-22477-1-1.html。

建议找合作或者自己学，科音的培训是不错的选择。
实在急着想付钱找人算，也得先找行内人交流这个领域的其他"经济一点"的模拟模式，现在的代算机构就想算个结构优化+电子结构分析就交差，什么动力学模拟，反应路径可不好找他们。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-25 23:26
8月2号~5号有下一届北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html），完全覆盖了做这个研究所需要的全部知识，参加后迅速就可以上手，然后自己做是最好的选择，最靠谱。

若只想找别人给你做，尽量找个做理论计算的组合作，到时候给人家挂个通讯，发个好文章，互相双赢，结果又靠谱又不花钱。复杂课题可别指望什么代算。

社会上那些代算能有什么靠谱的...你不懂计算，这就最好糊弄了，那帮代算的大概率就扔给你一些乱七八糟不靠谱的数据，收了钱就赶紧就走人了，耐心给你讲就更不可能了。建议看看此帖http://bbs.keinsci.com/thread-19519-1-1.html。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2021-6-26 02:33
关于这篇文献，我有两个问题。第一个问题是针对time gap的。实际计算时，轨线的起点是在过渡态附近采样得到的，然后开始跑，整理数据时大体上按照从反应物到产物的顺序，按照微观可逆性原理，这是没有什么问题的。问题从第1580页右下角开始，可以看出，跑了77条轨线。Figure 4c中，轨线被分成了两类，总数确实是77条，但time gap是拿Figure 4c中的124 fs加上114 fs，得到238 fs。124 fs对应的是37条轨线从反应物到过渡态的时间的中位数，但这37条轨线并没有往另一个方向跑，从文章中无法知道这37条轨线中有没有recrossing。类似地，114 fs是40条轨线从过渡态到产物的时间的中位数，这40条轨线也没有往另一个方向跑，从文章中无法知道这40条轨线中有没有recrossing。我记得Daniel A. Singleton在J. Am. Chem. Soc. 2020, 142, 29, 12865–12877中是从过渡态附近采样，然后往两个方向跑，数据处理之前丢弃发生了recrossing的轨线。我不知道这篇文章里面的124 fs能不能和114 fs相加，我觉得过渡态附近没有什么局域的极小点，即使通过后续的计算确认没有recrossing发生的话，124 fs和114 fs的误差也不小，而且也没有谁能保证相加后误差会抵消。再加上一般都认为enhanced sampling里面对过渡态在free energy surface上的定位能达到的精度不如对局域的极小点的定位的精度，从这么一个粗糙的过渡态开始跑的话，总会有一定比例的recrossing发生的（Daniel A. Singleton的文章中报道过这种情况），误差就更大了。如果要得到time gap的话，应该把这77条轨线再往另一个方向跑，这样做的话，整理数据时，就可以确认有没有发生recrossing，整理完数据之后，把发生了recrossing的轨线丢弃，然后定义一个标准，代表着反应物和transition zone的分界线，再定义一个标准，代表着transition zone和产物的分界线，然后把两个分界线对应的时间相减，得到time gap。这样做的话，误差肯定会小一些，这也是Daniel A. Singleton的方法。第二个问题是这样的，从文章的Supporting Information里面的CP2K的输入文件可以看出，跑metadynamics时用的collective variable是两个coordination number，但正文里面的free energy surface中的collective variable却是两个键长。文章中似乎没有提到怎样进行了这个转换。真的要这么转换的话，我觉得要先确认一下轨线是不是充分采样了不同的键长对应的构象。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-26 13:54
看了2L和5L的评论，感觉这工作难度颇大，没几个课题组敢接，更别说代算了，没这水平。这要是算出来，单独拎出来发一篇文章都够了。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2021-6-26 13:56

zjxitcc 发表于 2021-6-26 13:54
看了2L和5L的评论，感觉这工作难度颇大，没几个课题组敢接，更别说代算了，没这水平。这要是算出来，单独拎 ...

附议

作者
Author: exity 时间: 2021-6-26 17:52
找找过渡态还行，还搞MTD就有点为难了。

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