计算化学公社

标题: 求助合金结构优化报错版本编译出现问题 [打印本页]

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Author: 萧瑟 时间: 2021-6-26 18:45
标题: 求助合金结构优化报错版本编译出现问题
本帖最后由萧瑟于 2021-6-29 13:13 编辑

总是在这卡住了过了好几个小时也没反应
我在服务器上看了 cpu还在占用内存也没有满但就是没有反应是为什么？烦请各位老师解答一下

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Author: sobereva 时间: 2021-6-26 22:29
OPTIMIZER BFGS改成OPTIMIZER LBFGS再试
并行方式也改改试试，比如不同核数。如果之前用的psmp版，改用popt

作者
Author: 萧瑟 时间: 2021-6-27 14:55

sobereva 发表于 2021-6-26 22:29
OPTIMIZER BFGS改成OPTIMIZER LBFGS再试
并行方式也改改试试，比如不同核数。如果之前用的psmp版，改用pop ...

好的谢谢sob老师我去试试

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Author: 萧瑟 时间: 2021-6-27 17:56

sobereva 发表于 2021-6-26 22:29
OPTIMIZER BFGS改成OPTIMIZER LBFGS再试
并行方式也改改试试，比如不同核数。如果之前用的psmp版，改用pop ...

老师我更改了之后运行计算完128步SCF 之后就会出现
Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
Backtrace for this error:
有人回复说是MPI内存不够还是什么我是用的12核的服务器全占用的然后慢慢下调现在8核依然会有如上报错。请问该怎么办？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-27 20:20

萧瑟发表于 2021-6-27 17:56
老师我更改了之后运行计算完128步SCF 之后就会出现
Program received signal SIGSEGV: Segmentation ...

怎么那么巧就128步后出现？每次都是128步才出现？其它体系或其它设置有无问题？

作者
Author: 萧瑟 时间: 2021-6-27 20:42

sobereva 发表于 2021-6-27 20:20
怎么那么巧就128步后出现？每次都是128步才出现？其它体系或其它设置有无问题？

就是默认设置的128步之后没有收敛然后进行下一步的优化的时候就会报错结构优化 MD都是这样的，就是算能量的话不会出现这个问题但是体系依然不收敛甚至没有收敛迹象能量的幅度也很大（这个应该是体系设置的问题）。是不是因为我编译的是8.2版的原因？可能最新的会有bug?

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-28 06:57
如果是SCF不收敛，尝试各种关键词试图让SCF收敛就完了

作者
Author: 萧瑟 时间: 2021-6-28 09:20
本帖最后由萧瑟于 2021-6-28 19:07 编辑

sobereva 发表于 2021-6-28 06:57
如果是SCF不收敛，尝试各种关键词试图让SCF收敛就完了

刚刚用make -j ARCH=local VERSION="psmp" test 测试了一下结果是编译失败了，所以跑起来才会老是出错吧。老师我是按照您的那篇博文安装的是哪里出了问题呢？

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Author: sobereva 时间: 2021-6-28 22:52

萧瑟发表于 2021-6-28 09:20
刚刚用make -j ARCH=local VERSION="psmp" test 测试了一下结果是编译失败了，所以跑起来才会老是 ...

你拿官网上预编译的ssmp跑跑试试，先弄清楚到底是不是本身输入文件导致的必然原因
并且用你相同的计算设置跑其它体系，检验是否是编译导致的必然原因

作者
Author: 萧瑟 时间: 2021-6-29 10:17

sobereva 发表于 2021-6-28 22:52
你拿官网上预编译的ssmp跑跑试试，先弄清楚到底是不是本身输入文件导致的必然原因
并且用你相同的计算设 ...

好的我去排查一下

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Author: 萧瑟 时间: 2021-6-29 10:37

sobereva 发表于 2021-6-28 22:52
你拿官网上预编译的ssmp跑跑试试，先弄清楚到底是不是本身输入文件导致的必然原因
并且用你相同的计算设 ...

预编译的ssmp跑官方的结构优化文件就可以自己编译的ssmp popt 都不行。
应该是编译出问题了，我用的gcc gfortran 都是7.5的更新一下在试试

作者
Author: 萧瑟 时间: 2021-6-29 12:55

sobereva 发表于 2021-6-28 22:52
你拿官网上预编译的ssmp跑跑试试，先弄清楚到底是不是本身输入文件导致的必然原因
并且用你相同的计算设 ...

老师我测试完了自己重新编译的ssmp 和官网预编译的ssmp一样都可以正常跑。但是自己体系的inp文件就只能单核运行这个官网的ssmp和自己编译的ssmp都要一样而且自己编译的ssmp test的时候是全部算例都正确的。但是psmp就还是这样的算例有一般是无法运行还有几个算例是错的。请问这种情况ssmp能编译成功psmp却不能成功这是编译器的问题吗？

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