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标题: 求助最近一直出现这个问题老是自动停止任务了 [打印本页]

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Author: 萧瑟 时间: 2021-6-26 21:30
标题: 求助最近一直出现这个问题老是自动停止任务了
本帖最后由萧瑟于 2025-3-20 16:09 编辑

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
Backtrace for this error:
#31  0x560f1df42f7e in main
      at ~/task/cp2k/src/start/cp2k.F:44
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 0 on node xxxxx exited on signal 11 (Segmentation fault).

一般来看这个问题还是有很多同学会碰到，我会把一些经验及收集到的信息在此贴不定期更新，希望能帮助到大家。
最初遇到这个问题是初次接触理论计算，服务器和CP2K，一些问题没有注意
1）服务器本身内存受限。和运行游戏一样，不同体量的程序运行需要的内存大小都不一样，如果硬件不满足自然会崩溃出错；
2）下楼有大佬指出某些版本的openMPI（IntelMPI）可能会存在持续占用内存直到内存爆掉然后停止任务，更换版本也是一种解决办法；
3）对于振动分析、过渡态搜索等任务需要分一个或多个任务（副本）同时进行计算的，副本数越多所需内存也越大，可以把副本数减少一些，以降低内存占用的压力；

作者
Author: 萧瑟 时间: 2021-6-26 21:32
本帖最后由萧瑟于 2021-6-26 21:40 编辑

服务器上监测内存的使用率快速增加到2/3 任务就停了不知道是什么问题

作者
Author: abin 时间: 2021-6-27 15:29
这玩意叫做“MPI内存爆浆”。

有没有100%用官方推荐的方案？我指的是toolchain。

作者
Author: 萧瑟 时间: 2021-6-27 15:34

abin 发表于 2021-6-27 15:29
这玩意叫做“MPI内存爆浆”。

有没有100%用官方推荐的方案？我指的是toolchain。

基本是按 sob老师的博文使用的toolchain 遇到的一些问题就是SIRIUS 没有装

作者
Author: 萧瑟 时间: 2021-6-27 15:34

abin 发表于 2021-6-27 15:29
这玩意叫做“MPI内存爆浆”。

有没有100%用官方推荐的方案？我指的是toolchain。

请问要怎么解决？

作者
Author: abin 时间: 2021-6-27 16:47

萧瑟发表于 2021-6-27 15:34
请问要怎么解决？

使用7.1试试。

或者给我你的输入文件，我用我的版本试试。

你的机器什么配置，跑了多久出现的问题。

如果你认为编译没有问题，就是github发issue。

作者
Author: 萧瑟 时间: 2021-6-27 17:24

abin 发表于 2021-6-27 16:47
使用7.1试试。

或者给我你的输入文件，我用我的版本试试。

输入文件放在2楼机器比较一般 12核v2690的cpu 内存16

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Author: abin 时间: 2021-6-27 17:29

萧瑟发表于 2021-6-27 17:24
输入文件放在2楼机器比较一般 12核v2690的cpu 内存16

Send the input file to hpc4you@163.com.

And make clear how to run this calculation.

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Author: 孙小莫 时间: 2021-11-18 10:03

萧瑟发表于 2021-6-27 17:24
输入文件放在2楼机器比较一般 12核v2690的cpu 内存16

楼主解决了吗？我也遇到同样的问题

作者
Author: 萧瑟 时间: 2021-11-22 09:49

孙小莫发表于 2021-11-18 10:03
楼主解决了吗？我也遇到同样的问题

好像是内存不够用了，我之前一直在摸索，所以算了很多失败的例子每次都会生成一个很大的 .kp 文件很占内存，清理一下就好了

作者
Author: 孙小莫 时间: 2021-11-22 11:00

萧瑟发表于 2021-11-22 09:49
好像是内存不够用了，我之前一直在摸索，所以算了很多失败的例子每次都会生成一个很大的 .kp 文件很占 ...

感谢楼主应答，我也经过一段时间摸索，感觉像是系统的mpi和cp2k的mpi没有匹配，在单核计算时就完全没有这个情况

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-4-26 19:26

孙小莫发表于 2021-11-22 11:00
感谢楼主应答，我也经过一段时间摸索，感觉像是系统的mpi和cp2k的mpi没有匹配，在单核计算时就完全没有这 ...

那请问怎么解决的呢

作者
Author: DoorBell 时间: 2023-4-26 20:12

萧瑟发表于 2021-11-22 09:49
好像是内存不够用了，我之前一直在摸索，所以算了很多失败的例子每次都会生成一个很大的 .kp 文件很占 ...

注意区分“内存”和“硬盘”

作者
Author: DoorBell 时间: 2023-4-26 20:16
CP2K搭配某些特定版本的MPI时会有内存泄漏问题，表现就是内存占用量越来越大直到内存爆掉程序停止运行。解决办法是换一个版本的MPI。一般来说如果是同一种MPI（Intel MPI/OpenMPI）换版本不需要重新编译，只要弄好MPI的环境即可

作者
Author: 萧瑟 时间: 2023-4-27 13:03

DoorBell 发表于 2023-4-26 20:16
CP2K搭配某些特定版本的MPI时会有内存泄漏问题，表现就是内存占用量越来越大直到内存爆掉程序停止运行。解 ...

了解，谢谢老师

作者
Author: chen0201 时间: 2023-6-10 09:23

萧瑟发表于 2021-11-22 09:49
好像是内存不够用了，我之前一直在摸索，所以算了很多失败的例子每次都会生成一个很大的 .kp 文件很占 ...

请问楼主，我没有生成.kp的文件诶，但是仍然显示同样的失败，请问这个怎么回事呢

作者
Author: leeru 时间: 2023-6-10 12:42
我以前在用cp2k跑MD时经常出现这个问题，最后发现解决内存溢出比较好的方案就是采用docker转singularity方案，后面就再没出现过内存溢出的问题了

作者
Author: 萧瑟 时间: 2023-6-12 10:11

chen0201 发表于 2023-6-10 09:23
请问楼主，我没有生成.kp的文件诶，但是仍然显示同样的失败，请问这个怎么回事呢

用到K点的时候才会生成.kp文件，不加k点的话是生成.wfn文件本质都是波函数文件。至于你说的显示失败的话，可能也是内存不够了任务才会自动被杀，如果不是关键词设置出问题了那大概率是设备配置跟不上吧

作者
Author: chen0201 时间: 2023-6-19 09:07

萧瑟发表于 2023-6-12 10:11
用到K点的时候才会生成.kp文件，不加k点的话是生成.wfn文件本质都是波函数文件。至于你说的显示失败的 ...

好的，谢谢您的回复

作者
Author: zhangtp 时间: 2024-9-30 15:42

leeru 发表于 2023-6-10 12:42
我以前在用cp2k跑MD时经常出现这个问题，最后发现解决内存溢出比较好的方案就是采用docker转singularity方 ...

请问可以教一下这个怎么操作吗？我现在算cp2k也碰到了这个问题

作者
Author: kytc 时间: 2025-3-20 11:11
请问楼主您解决这个问题了吗？

作者
Author: 萧瑟 时间: 2025-3-20 15:51

kytc 发表于 2025-3-20 11:11
请问楼主您解决这个问题了吗？

最有效的解决办法租个服务器#doge，估计要么是自身计算配置过低内存本身就不支持多大体系任务运算，自然出问题，这个和一般的电脑应用程序同时打开的多了卡死或者蓝屏差不多。还有就是MPI并行的问题了，前面有大佬提过你尝试换个MPI的版本吧

作者
Author: kytc 时间: 2025-3-20 18:19

萧瑟发表于 2025-3-20 15:51
最有效的解决办法租个服务器#doge，估计要么是自身计算配置过低内存本身就不支持多大体系任务运算， ...

感谢您的回复，刚才试了换mpi版本确实好了

作者
Author: kytc 时间: 2025-3-20 18:22

DoorBell 发表于 2023-4-26 20:16
CP2K搭配某些特定版本的MPI时会有内存泄漏问题，表现就是内存占用量越来越大直到内存爆掉程序停止运行。解 ...

感谢老师您的建议，换了MPI版本后正常运行了

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