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标题: 对整体结构中部分结构进行簇分析求助 [打印本页]

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Author: landian666 时间: 2021-6-28 16:31
标题: 对整体结构中部分结构进行簇分析求助
我想针对一个结构中一部分残基进行簇分析,用的如下方法,想请教您是不是可以:
我用cpptraj中dbscan做密度聚类做簇分析,假如输入的结构有200个残基,我在cluster的rms命令中只考虑前27个残基(命令如 rms :1-27&!@H \),是不是可以说我是针对了这27个残基做了簇分析,并没有考虑其他残基对簇分析的影响?
完整命令如下,谢谢:
cpptraj
parm dna1.prmtop #
trajin dna1.mdcrd    #输入结构含有200个残基

cluster C3 \
      dbscan minpoints 4 epsilon 2.9 sievetoframe \
      rms :1-27&!@H \
      sieve 10 \
      random \
      out cnumvtime.dat \
      summary summary.dat \
      info info.dat \
      cpopvtime cpopvtime.agr normframe \
      clusterout trajfile \
      repout rep repfmt pdb \
      singlerepout singlerep.nc singlerepfmt netcdf \
      avgout Avg avgfmt restart
run

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