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标题: 关于寻找甲苯吸附在TiO2团簇上过渡态的问题 [打印本页]

作者
Author: din5g 时间: 2021-6-28 17:06
标题: 关于寻找甲苯吸附在TiO2团簇上过渡态的问题
本帖最后由 din5g 于 2021-6-29 10:24 编辑

各位老师好，我想寻找甲苯吸附在TiO2团簇上，团簇吸引甲基上一个H的过渡态，我试过很多种构型，尝试过柔性扫描，都显示没有过渡态，我也测试过生成物的波函数稳定性，都是稳定的，证明不涉及自旋极化单重态，但我把电荷数和自旋量子数从 0 1 改成 0 3或者 1 2（结合空穴）就找到了过渡态，这能说明 0 3 是过渡态的基态吗？还有其他方法帮助寻找过渡态吗？泛函和基组：M05-2X/TZVP，图片里是我尝试过的一个TS构型。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-28 17:12
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-6-28 17:13 编辑

图示离“TiO2团簇”过于遥远，不能用于计算。其他什么过渡态、方法、基组都先不用看。模型不对，做计算无用。

非要用团簇算，看sob老师博文《使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题》http://sobereva.com/540里怎么选合适团簇的。但其实这种问题更适合用更真实的周期性体系算，且用第一性原理的软件（如QE,CP2K,VASP等）做计算。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-28 18:11
团簇太小。而且注意团簇里的金属尽量要配位饱和，比如像你现在下表面的那个Ti原子，配位严重不饱和，得到的电子结构肯定很不真实。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-6-28 18:23
你这个二氧化钛团簇可太簇了

作者
Author: din5g 时间: 2021-6-28 18:37

zjxitcc 发表于 2021-6-28 17:12
图示离“TiO2团簇”过于遥远，不能用于计算。其他什么过渡态、方法、基组都先不用看。模型不对，做计算无用 ...

多谢老师回复，我是参考到vasp无法算带电荷体系的能量我才用gaussian的

作者
Author: din5g 时间: 2021-6-28 18:38

wzkchem5 发表于 2021-6-28 18:11
团簇太小。而且注意团簇里的金属尽量要配位饱和，比如像你现在下表面的那个Ti原子，配位严重不饱和，得到的 ...

多谢wzkchem5老师的回复

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-28 19:44

din5g 发表于 2021-6-28 18:37
多谢老师回复，我是参考到vasp无法算带电荷体系的能量我才用gaussian的

TiO2团簇是电中性的，甲苯也是电中性的，整体就是电中性的，何来“带电荷体系”？

作者
Author: din5g 时间: 2021-6-28 20:49

喵星大佬发表于 2021-6-28 18:23
你这个二氧化钛团簇可太簇了

是有点，也是来看得别人文献的

作者
Author: din5g 时间: 2021-6-28 20:50

zjxitcc 发表于 2021-6-28 19:44
TiO2团簇是电中性的，甲苯也是电中性的，整体就是电中性的，何来“带电荷体系”？

zjxitcc老师，在之后的反应中会出现阴离子的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-28 20:57

din5g 发表于 2021-6-28 20:50
zjxitcc老师，在之后的反应中会出现阴离子的

实际体系中总会有抗衡离子的，你把抗衡离子一起加进去，总体就又电中性了。

另，周期性体系即使带电荷不能直接算，但是有技巧可以算的，我记得VASP里有种给体系加上等量反电荷（均匀分布在单胞里）的办法。不过我只见过别人用过，原理书上也有，但我没自己算过。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-28 22:09

din5g 发表于 2021-6-28 13:49
是有点，也是来看得别人文献的

你确定看的文献是打算用这个簇模拟体相TiO2吗？
用簇做计算的有两类，一种是作者关心的就是簇本身，不是为了用簇来模拟体相，比如作者本来就是想算气相里的Ti3O6簇的行为；第二种是想算体相，但是受软件限制，或者因为你说的带电荷的问题，不能用周期性边界条件，所以用簇来模拟体相。你属于第二种，但我怀疑你看的是第一种文献。
一定要再三确认，文献是打算用这个簇来模拟体相，才能照搬文献的做法。不能看到文献用了这么小的一个簇，也没看清楚文献是想研究什么，什么都不思考就拿来用。

作者
Author: din5g 时间: 2021-6-28 23:11

zjxitcc 发表于 2021-6-28 20:57
实际体系中总会有抗衡离子的，你把抗衡离子一起加进去，总体就又电中性了。

另，周期性体系即使带电荷 ...

多谢zjxitcc老师了，确实是可以加抗衡离子的，我也曾经考虑过，我下次用vasp试试这种该怎么操作

作者
Author: din5g 时间: 2021-6-28 23:14
本帖最后由 din5g 于 2021-6-28 23:21 编辑

wzkchem5 发表于 2021-6-28 22:09
你确定看的文献是打算用这个簇模拟体相TiO2吗？
用簇做计算的有两类，一种是作者关心的就是簇本身，不是 ...

多谢wzkchem5老师，我看的确实是H2O分子吸附在TiO2团簇上，经老师提醒，这种团簇可能确实和真正的表面比差远了

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