计算化学公社

标题: 求助Target MD强制转为另一个构象的问题 [打印本页]

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2021-6-28 17:26
标题: 求助Target MD强制转为另一个构象的问题
最近在尝试使用Amber做Target MD，使强制转为另一个构象，遇到了不少问题，希望有熟悉Amber Target MD的大佬能帮我解答。

首先是参考构象，根据手册上的说法，-ref指定用于叠合计算RMSD的结构文件，可是我指定了目标构象后运行，发现程序报错，说参考构象和拓扑文件坐标不一致。我在网上看到有人说-c和-ref提供的文件坐标需要匹配，但是我做Target MD的目的就是为了使蛋白转为另一个构象，提供的参考文件肯定和输入的拓扑文件不同。

其次是我在手册上没有看到pmemd不支持Target MD，但是好像Amber18里运行会提示pmemd不支持Target MD，请问Amber20支持吗？不能用GPU加速跑起来太慢了。

以下是我的输入配置文件target.in，各位可以帮我看看有没有什么问题。

100ns_targetMD
&cntrl
imin = 0, irest = 1, ntx = 5,
ntb = 2, pres0 = 1, ntp = 1,
taup = 2,
cut = 10,
ntc = 2, ntf = 2,
tempi = 310, temp0 = 310,
ntt = 3, gamma_ln = 2.0, IG= 250000,
nstlim = 50000000, dt = 0.002,
ntpr = 1000, ntwx = 1000, ntwr = 1000,
ntr = 0,ioutfm=1,
itgtmd = 1, tgtrmsd = 0, tgtmdfrc = 1,
tgtfitmask = ':1-305@CA', tgtrmsmask = ':325-330',
/

复制代码

以下是运行脚本：

tleap -s -f ./IN/leap.in
sander -O -p solv.prmtop -c solv.inpcrd -i ./IN/min.in -o min.out -r min.rst -ref solv.inpcrd #最小化
sander -O -p solv.prmtop -c min.rst -i ./IN/heat.in -o heat.out -r heat.rst -ref min.rst #加热
sander -O -p solv.prmtop -c heat.rst -i ./IN/equil.in -o equil.out -r equil.rst -ref heat.rst #预平衡
mpirun -np 30 sander -O -p solv.prmtop -c equil.rst -i target.in -o md.out -r md.rst -ref target.inpcrd -x md.nc #target.inpcrd即是目标结构

复制代码

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-6-28 18:41
Amber可以连接plumed做TMD

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2021-6-28 23:17

fhh2626 发表于 2021-6-28 18:41
Amber可以连接plumed做TMD

能具体介绍一下吗？手册上好像没有

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2021-6-29 17:25
如果-ref输入的文件与-c不匹配就会报错
FATAL: NATOM mismatch in constraint coord and topology files
但是我既然要做Target MD那肯定要指定不同的结构啊

作者
Author: xiaowangtongxue 时间: 2022-7-8 16:31
您好，请问您成功使用target md 转为构象了吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)