计算化学公社

标题: 求助，关于集群上gromacs的mpi并行问题 [打印本页]

作者
Author: HONEYJ 时间: 2021-6-28 21:14
标题: 求助，关于集群上gromacs的mpi并行问题
本帖最后由 HONEYJ 于 2021-6-28 21:24 编辑

各位老师好，我在集群上安装了gromacs的mpi版本，参照sob老师的帖子《GROMACS的安装方法》（bbs.keinsci.com/thread-11821-1-4.html）。cmake采用的时3.14，openmpi用的3.0在提交脚本做计算时遇到了下面两个问题，还请各位大大能够答疑解惑。
1、集群队列显示加载的cpu核数严重超出了节点的核数，节点实际可用24个核，加载显示几百个。图中node21和node23。 (, 下载次数 Times of downloads: 27)
2、计算结果的每一帧都是单独输出的，会覆盖之前的输出结果，不像单机版上的是输出在一个（xtc,edr,log）文件中。
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
下面是我的pbs脚本
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: abin 时间: 2021-6-28 21:45
mpirun -np XXX
与 mdrun 是否冲突？

暂时手动设定 mpirun -np 48如何？

作者
Author: HONEYJ 时间: 2021-6-28 22:23

abin 发表于 2021-6-28 21:45
mpirun -np XXX
与 mdrun 是否冲突？

您好，非常感谢您的回复。命令是照着帖子里sob老师写的，尝试过设置np=48，还是出现一样的问题。

作者
Author: abin 时间: 2021-6-28 22:55

HONEYJ 发表于 2021-6-28 22:23
您好，非常感谢您的回复。命令是照着帖子里sob老师写的，尝试过设置np=48，还是出现一样的问题。

我说的，你也没有完全测试呀……

这是要大家猜谜语呀……

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-29 05:34
你是要跨节点并行？

作者
Author: HONEYJ 时间: 2021-6-29 09:21

sobereva 发表于 2021-6-29 05:34
你是要跨节点并行？

嗯，是的，sob老师。抱歉在主贴没有说清楚，还请sob老师能够指点一二。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-30 03:17

HONEYJ 发表于 2021-6-29 09:21
嗯，是的，sob老师。抱歉在主贴没有说清楚，还请sob老师能够指点一二。

我对PBS不清楚，但大概率是并行不成功。你先试试在单个节点上用MPI版gmx能否正常并行

作者
Author: HONEYJ 时间: 2021-6-30 10:19

abin 发表于 2021-6-28 22:55
我说的，你也没有完全测试呀……

这是要大家猜谜语呀……

老师，您好，不存在这个冲突。如果不加mdrun的话，任务跑不起来。

作者
Author: HONEYJ 时间: 2021-6-30 10:37
本帖最后由 HONEYJ 于 2021-6-30 16:11 编辑

sobereva 发表于 2021-6-30 03:17
我对PBS不清楚，但大概率是并行不成功。你先试试在单个节点上用MPI版gmx能否正常并行

sob老师，单节点并行时出现的问题和跨节点效果是一样的。每一帧结果也是单独输出，不会输出在一个文件里面。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-1 02:37

HONEYJ 发表于 2021-6-30 10:37
sob老师，单节点并行时出现的问题和跨节点效果是一样的。每一帧结果也是单独输出，不会输出在一个文件里 ...

应该就是MPI库的问题，确保当前处于可用状态的MPI库和编译的时候是同一个MPI
也可以尝试换成其它MPI库重新编译

作者
Author: HONEYJ 时间: 2021-7-1 09:29

sobereva 发表于 2021-7-1 02:37
应该就是MPI库的问题，确保当前处于可用状态的MPI库和编译的时候是同一个MPI
也可以尝试换成其它MPI库重 ...

我试一下，谢谢社长

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