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标题: orca不能正常进行任务的运算 [打印本页]

作者
Author: xujian 时间: 2021-6-29 15:17
标题: orca不能正常进行任务的运算
刚安装的orca程序，用以下单点任务进行调试（见附件test.inp），服务器进程一直处于下图状态，out文件不再更新，请问这个问题如何解决？

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作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-29 15:21
目前ORCA最新版是4.2.1（5.0就快发布了），不建议用4.1.1这么旧的版本。另外，你的MPI版本是否符合要求呢？建议截图展示一下（当然，是换成4.2.1后还有问题的话再来截图展示）

作者
Author: abin 时间: 2021-6-29 15:23
盲猜，MPI不兼容。

作者
Author: xujian 时间: 2021-6-29 15:25

abin 发表于 2021-6-29 15:23
盲猜，MPI不兼容。

MPI应该没问题，用的是openmpi313

作者
Author: xujian 时间: 2021-6-29 16:05

zjxitcc 发表于 2021-6-29 15:21
目前ORCA最新版是4.2.1（5.0就快发布了），不建议用4.1.1这么旧的版本。另外，你的MPI版本是否符合要求呢？ ...

好的，我试试

作者
Author: xujian 时间: 2021-6-30 09:14

xujian 发表于 2021-6-29 16:05
好的，我试试

您好，我安装了orca4.2.1版本之后，不做并行运算，出现了下图错误，请教如何解决？

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作者
Author: abin 时间: 2021-6-30 09:28

xujian 发表于 2021-6-30 09:14
您好，我安装了orca4.2.1版本之后，不做并行运算，出现了下图错误，请教如何解决？

你之前安装的ORCA也许是搞对的，
如同我之前说的，盲猜， MPI问题。
也许真就是MPI的问题。

做一个简单的测试，清空~/.bashrc中所有用户添加的设定，仅仅保留系统原始设定。
而后，再添加ORCA路径以及配套MPI的路径，
再去测试是否工作。

图片示例是说，你搞了一个python提供的叫做的ORCA的python程序包。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-30 09:51
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-6-30 09:53 编辑

xujian 发表于 2021-6-30 09:14
您好，我安装了orca4.2.1版本之后，不做并行运算，出现了下图错误，请教如何解决？

这个截图的意思是系统自带一个/usr/lib64/python2.7/site-packages/orca/orca.py，大多数系统确实自带这个东西；类似地，系统还自带/usr/bin/orca。这些不是量子化学软件ORCA的东西。

原则上我们可以自己卸载掉这些东西。不过，一般不会有影响的。你出现的问题一般是由于你的ORCA环境变量没写 / 没写正确，建议贴出你的ORCA环境变量（截图展示），MPI版本（运行mpirun --version，截图展示）。另外，写完量子化学软件ORCA的环境变量后，不要再export PATH=/usr/bin:$PATH之类的（因为这会再次让系统/usr/bin/orca生效）。

作者
Author: xujian 时间: 2021-6-30 10:23

zjxitcc 发表于 2021-6-30 09:51
这个截图的意思是系统自带一个/usr/lib64/python2.7/site-packages/orca/orca.py，大多数系统确实自带这 ...

感谢回复，我在root下的.bashrc如图一所示，/etc文件夹下的bashrc也加上了相同内容。

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作者
Author: xujian 时间: 2021-6-30 10:24

abin 发表于 2021-6-30 09:28
你之前安装的ORCA也许是搞对的，
如同我之前说的，盲猜， MPI问题。
也许真就是MPI的问题。

感谢回复！我在回复“zixitcc”的帖子中贴出了.bashrc里的环境变量

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-30 10:33

xujian 发表于 2021-6-30 10:23
感谢回复，我在root下的.bashrc如图一所示，/etc文件夹下的bashrc也加上了相同内容。

试试把$PATH和$LD_LIBRARY_PATH放到相应的行尾，例如
export PATH=xxxxxxxxx:$PATH

另外，ORCA并行时需要完整路径，为了调用方便，通常使用alias定义别名，例如
alias orca='/xxxxxx/orca'
这样并行时就可以仅写orca了。

作者
Author: abin 时间: 2021-6-30 10:40

xujian 发表于 2021-6-30 10:24
感谢回复！我在回复“zixitcc”的帖子中贴出了.bashrc里的环境变量

路径顺序不对呀。

默认OpenMPI 不允许root运行

作者
Author: xujian 时间: 2021-6-30 13:00

abin 发表于 2021-6-30 10:40
路径顺序不对呀。

默认OpenMPI 不允许root运行

感谢回复

作者
Author: xujian 时间: 2021-6-30 13:05
本帖最后由 xujian 于 2021-6-30 13:09 编辑

zjxitcc 发表于 2021-6-30 10:33
试试把$PATH和$LD_LIBRARY_PATH放到相应的行尾，例如
export PATH=xxxxxxxxx:$PATH

非常感谢，orca运行和并行的问题已经解决了。还想请教一下，orca是不是不能用DLPNO-CCSD(T)方法优化结构啊？运行之后会出现如下错误。去掉opt之后就能正常结束。
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作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-30 13:19

xujian 发表于 2021-6-30 13:05
非常感谢，orca运行和并行的问题已经解决了。还想请教一下，orca是不是不能用DLPNO-CCSD(T)方法优化结构 ...

这个报错写的很清楚，DLPNO-CCSD(T)目前没有解析导数，只能用数值导数做结构优化（而这十分耗时）。一定要算的话，写上数值导数的关键词即可。

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