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标题: 求助：在进行从EM到MD的模拟中有关mdp的相关问题 [打印本页]

作者
Author: HJC 时间: 2021-6-29 18:54
标题: 求助：在进行从EM到MD的模拟中有关mdp的相关问题
各位老师好，针对mdp文件有诸多问题想请教：
1.如果不添加溶剂是否就默认为真空/空气条件下？
2.当做真空模拟时，默认pbc=no，为何分子会跑飞，其原因是因为没有周期性限制吗？如果飞的话，为什么还选择pbc=no呢？
3.pbc=no时是否受初始盒子的影响（packmol）？
4.EM时选择pbc=no，若md时能否改用pbc=xyz？还是说EM和MD要统一都要pbc=xyz呢？（因为有看到文献，人家没加溶剂，依旧pbc=xyz）
5.对于模拟普通有机小分子或者聚合物时，rvdw和rcoulomb取值如何选择，有些文献中是1.0，有些为1.2
6.tau_t和tau_p如何根据分子具体特征进行设定？
7.平常的模拟时，是否不需要设定gen-vel？
问题过多，在此感谢各位老师的耐心指导！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-29 22:16
1 盒子是空的，或者没有盒子且周围也没其它分子，显然等同于真空

2 真空下模拟不代表一定不设盒子。较大的盒子里在分子周围留出很大真空区也等于真空下模拟

3 不

4 虽然不是不能切换，但这么切换莫名其妙

5 最好用和力场原文一致的设定。不讲究的话，通常1.0、1.2都可以，后者原理上更好点但耗时更高

6 通常不需要考虑分子特征

7 不建议在较高温度下直接产生初速度，否则容易崩溃。我通常都建议通过退火设定线性升温

作者
Author: HJC 时间: 2021-6-30 15:17

sobereva 发表于 2021-6-29 22:16
1 盒子是空的，或者没有盒子且周围也没其它分子，显然等同于真空

2 真空下模拟不代表一定不设盒子。较大 ...

谢谢老师，另外想再向您咨询两个问题：
1.官网给出的pbc=no，是针对气相和真空的，可气相和真空并不相同，气相不是也有压力吗？
2.对于之前看的文献：未加溶剂的模拟，依旧选择pbc=xyz，这是否不太合理？ (, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-1 02:57

HJC 发表于 2021-6-30 15:17
谢谢老师，另外想再向您咨询两个问题：
1.官网给出的pbc=no，是针对气相和真空的，可气相和真空并不相同 ...

1 气相、真空要结合具体语境来说，说清楚什么情况跑什么体系的什么问题。大多数语境下二者是一码事

2 没什么不合理的。诸如你模拟个水球，如果不用三维周期性，随着模拟进行就有水分子逐渐蒸发到无穷远回不来了。用三维周期性结合足够大的真空层才能确保水球里的分子数守恒。

作者
Author: HJC 时间: 2021-7-12 15:32

sobereva 发表于 2021-7-1 02:57
1 气相、真空要结合具体语境来说，说清楚什么情况跑什么体系的什么问题。大多数语境下二者是一码事

2 ...

老师，请问对于有机聚合物分子模拟给/受体界面时，成品模拟大致需要长时间呢？30，50 or 100 ns？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-13 14:07

HJC 发表于 2021-7-12 15:32
老师，请问对于有机聚合物分子模拟给/受体界面时，成品模拟大致需要长时间呢？30，50 or 100 ns？

看近些年相关文献里普遍跑多长

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