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标题: 离子晶体的从头算分子动力学算热分解性质，CP2K和ORCA都能做吗？哪个更好？ [打印本页]

作者
Author: 黑色桃花 时间: 2021-6-29 19:42
标题: 离子晶体的从头算分子动力学算热分解性质，CP2K和ORCA都能做吗？哪个更好？
首先，如果这次位置又错了，卢老师，我向您道歉，但是这个板块，我确实看了应该符合。错了的话，麻烦您了，谢谢您~

现在我想做离子晶体的从头算分子动力学算热分解性质，我想问一下各位老师,CP2K和ORCA都能做吗，如果能，两个软件哪个相对而言更好一些，谢谢大家的回帖，谢谢各位老师

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2021-6-29 20:04
ORCA算晶体？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-29 21:48
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“软件比较”改了，以后务必注意，下次将扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-29 22:01
CP2K做
ORCA跟这毫无关联

作者
Author: 黑色桃花 时间: 2021-6-30 14:36

liyuanhe211 发表于 2021-6-29 20:04
ORCA算晶体？

没用过呢老师，但是现在我用的lammps，算不了，所以现在准备换个软件，谢谢老师

作者
Author: 黑色桃花 时间: 2021-6-30 14:38

sobereva 发表于 2021-6-29 21:48
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

老师我读了，但是我真的不是故意的，我慢慢体会吧，谢谢您的批评改正

作者
Author: 黑色桃花 时间: 2021-6-30 14:38

sobereva 发表于 2021-6-29 22:01
CP2K做
ORCA跟这毫无关联

好的，我知道了，谢谢老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-30 14:41
orca不是不可以做，用团簇模型，周围的离子用embedding potential、点电荷描述并冻结，只跑团簇部分的动力学，是可以做的。但是确实不方便也不准确。一般只有算一些其他很多软件不支持的光谱，比如EPR、XAS、Mossbauer谱，才会用orca算晶体

作者
Author: 黑色桃花 时间: 2021-6-30 14:56

wzkchem5 发表于 2021-6-30 14:41
orca不是不可以做，用团簇模型，周围的离子用embedding potential、点电荷描述并冻结，只跑团簇部分的动力 ...

好的老师，那现在您就学生的问题给出的建议也是用CP2K吧

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-6-30 16:09

黑色桃花发表于 2021-6-30 07:56
好的老师，那现在您就学生的问题给出的建议也是用CP2K吧

对，CP2K应该是比较适合的

作者
Author: zhidingding 时间: 2022-6-14 15:33

sobereva 发表于 2021-6-29 22:01
CP2K做
ORCA跟这毫无关联

卢老师，请问做燃烧反应的AiMD，用ORCA和CP2K哪个合适呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-15 12:27

zhidingding 发表于 2022-6-14 15:33
卢老师，请问做燃烧反应的AiMD，用ORCA和CP2K哪个合适呢？谢谢！

看具体什么反应、是否考虑周期边界条件

诸如你就研究一个氧气分子和一个反应物分子的碰撞，ORCA或Gaussian都是很好选择，用CP2K则效率很低

如果你研究一大批反应物分子和氧气分子的碰撞，就得考虑周期边界条件，用CP2K来跑，否则很多分子都会跑到无穷远

作者
Author: zhidingding 时间: 2022-6-15 15:10

sobereva 发表于 2022-6-15 12:27
看具体什么反应、是否考虑周期边界条件

诸如你就研究一个氧气分子和一个反应物分子的碰撞，ORCA或Gaus ...

非常感谢老师的回复，对于原子数比较多的气相燃烧反应，这种体系也不是周期性的体系，CP2K来模拟气相反应会得到可靠的结果吗？气相体系密度肯定比固体小很多，是不是得把模拟体系密度设置的很大才行？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-16 10:16

zhidingding 发表于 2022-6-15 15:10
非常感谢老师的回复，对于原子数比较多的气相燃烧反应，这种体系也不是周期性的体系，CP2K来模拟气相反应 ...

说具体是什么物质，反应物是一个还是多个分子

模拟大量气体分子的燃烧不可能不考虑周期边界条件，不然分子都跑飞了还模拟什么

作者
Author: zhidingding 时间: 2022-6-16 10:42

sobereva 发表于 2022-6-16 10:16
说具体是什么物质，反应物是一个还是多个分子

模拟大量气体分子的燃烧不可能不考虑周期边界条件，不然 ...

就比如甲烷的燃烧过程，反应物种类只有甲烷和氧气，但是反应物分子数目肯定是比较多的，反应体系也不是周期性结构，

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-17 15:45

zhidingding 发表于 2022-6-16 10:42
就比如甲烷的燃烧过程，反应物种类只有甲烷和氧气，但是反应物分子数目肯定是比较多的，反应体系也不是周 ...

显然得考虑周期边界条件
是否考虑周期边界条件和体系实际是否是周期性的完全是两码事，稍微有点分子动力学模拟知识自然明白

作者
Author: luzujia 时间: 2023-2-25 12:14

sobereva 发表于 2022-6-17 15:45
显然得考虑周期边界条件
是否考虑周期边界条件和体系实际是否是周期性的完全是两码事，稍微有点分子动力 ...

社长，我想模拟固体物质先在高温下一边分解一边气化，然后气相产物再发生燃烧的这么一个过程，合适做法是不是把固相模型放到一个比自身大很多的盒子里，在NPT系统下进行模拟？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-26 03:11

luzujia 发表于 2023-2-25 12:14
社长，我想模拟固体物质先在高温下一边分解一边气化，然后气相产物再发生燃烧的这么一个过程，合适做法是 ...

带真空区的NVT模拟
NPT的话真空区都可能没了

作者
Author: luzujia 时间: 2023-2-26 11:53

sobereva 发表于 2023-2-26 03:11
带真空区的NVT模拟
NPT的话真空区都可能没了

嗯嗯，感谢社长解答。再请教社长一个问题，固相模型如果是用晶体结构构建，那被晶胞边缘截断的键是不是应该手动补全？如果需要补全的话又面临一个问题：晶体结构不是0维的话有些键是无限连续的，不可能使模型里的所有原子都饱和化。想请教社长怎么考虑这个问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-26 12:14

luzujia 发表于 2023-2-26 11:53
嗯嗯，感谢社长解答。再请教社长一个问题，固相模型如果是用晶体结构构建，那被晶胞边缘截断的键是不是应 ...

看具体体系
洁净的表面不需要再补什么。有些表面的表面重构比较明显，需要考虑这一点（可通过几何优化或动力学体现）。比如下文里有个表面重构后的Si的IRI图
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

多看点第一性原理研究表面体系的文章，自然就清楚怎么考虑了

作者
Author: luzujia 时间: 2023-2-26 13:02

sobereva 发表于 2023-2-26 12:14
看具体体系
洁净的表面不需要再补什么。有些表面的表面重构比较明显，需要考虑这一点（可通过几何优化或 ...

好的，我学习学习。感谢社长为我指明方向

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