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标题: VMD周期性问题（pbc set） [打印本页]

作者
Author: dongdong 时间: 2021-6-30 11:40
标题: VMD周期性问题（pbc set）
各位老师好，
如图所示是pbc set {a b c} -all 的结果，但是由于cp2k模拟时质心发生了移动，所以周期性显示时，部分原子到上面了（计算体系质心会有问题），想问在VMD里面能不能实现将所有帧的体系整体向上平移一定距离，然后实现水分子全部显示在盒子下部。在此向各位老师请教！！！
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-30 11:47
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可以这样用命令平移

平移完了会有分子在盒子外面，可以再用pbc wrap命令把外面的原子卷回盒子里面

作者
Author: dongdong 时间: 2021-6-30 16:15

sobereva 发表于 2021-6-30 11:47
可以这样用命令平移

平移完了会有分子在盒子外面，可以再用pbc wrap命令把外面的原子卷回盒子里面

谢谢老师解答，但是我现在只能实现一帧结构的平移，不知道如何通过循环语法实现每一帧的平移呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-1 02:46

dongdong 发表于 2021-6-30 16:15
谢谢老师解答，但是我现在只能实现一帧结构的平移，不知道如何通过循环语法实现每一帧的平移呢。

atomselect的时候加上frame选择相应的帧

作者
Author: dongdong 时间: 2021-7-2 16:22

sobereva 发表于 2021-7-1 02:46
atomselect的时候加上frame选择相应的帧

好的，谢谢老师

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