计算化学公社

标题: CP2K进行GEO_OPT任务无输出 [打印本页]

作者
Author: 王一伊 时间: 2021-6-30 22:02
标题: CP2K进行GEO_OPT任务无输出
各位老师好，最近刚上手CP2K很多问题不太懂，想向老师们请教~
我的输入文件如下，任务为GEO_OPT，只有13个Al原子，另加了一个电子，盒子abc均为10.521A。计算任务提交之后，计算了一天之后out文件还是保持在交上作业后几分钟的大小且无报错信息，也无输出轨迹文件及restart文件等。top进程查看确实正在计算，感觉理应很快就会输出相关信息，但是不知道自己错在哪里，抑或是这个结构计算太慢？
小白一枚，若存在问题过于浅显请老师们见谅~
(, 下载次数 Times of downloads: 25)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-1 04:55
我不知道你想研究这个体系的什么问题，一般来说，单纯算这个体系本身用量化程序远比CP2K适合

没输出文件，也没CPU的相关信息，别人难以判断

作者
Author: 王一伊 时间: 2021-7-1 09:13

sobereva 发表于 2021-7-1 04:55
我不知道你想研究这个体系的什么问题，一般来说，单纯算这个体系本身用量化程序远比CP2K适合

没输出文件 ...

谢谢老师回复~我想利用CP2K研究一下体系的稳定性，所以想在跑动力学之前先做一下优化，因为看到有老师提到“动力学前先优化”，此处为优化过程。
输出文件如下，今天看仍然是没有任何变化，top查看进程在进行，任务共有12个CPU进程。查看CPU型号是 Intel(R) Xeon(R) Gold 6139 CPU @ 2.30GHz，总核数为36，查看内存足够。

DBCSR| CPU Multiplication driver                                        XSMM
DBCSR| Multrec recursion limit                                           512
DBCSR| Multiplication stack size                                        30000
DBCSR| Maximum elements for images                                  UNLIMITED
DBCSR| Multiplicative factor virtual images                                  1
DBCSR| Use multiplication densification                                     T
DBCSR| Multiplication size stacks                                           3
DBCSR| Number of 3D layers                                              SINGLE
DBCSR| Use MPI memory allocation                                           T
DBCSR| Use RMA algorithm                                                    F
DBCSR| Use Communication thread                                              T
DBCSR| Communication thread load                                           87

  **** **** ******  **  PROGRAM STARTED AT             2021-06-29 21:55:58.813
***** ** ***  *** ** PROGRAM STARTED ON                localhost.localdomain
** **** ****** PROGRAM STARTED BY                            wanghao
***** ** ** ** ** PROGRAM PROCESS ID                               147136
  **** **  *******  **  PROGRAM STARTED IN          /home/wanghao/au/cp2k/al13

CP2K| version string:                   CP2K version 7.0 (Development Version)
CP2K| source code revision number:                               git:89b110c
CP2K| cp2kflags: libint fftw3 libxc elpa=201705 elpa_qr parallel mpi3 scalapack
CP2K|          smm_vec smm xsmm libderiv_max_am1=6 libint_max_am=7 max_contr=4 plumed2 mkl
CP2K| is freely available from                         https://www.cp2k.org/
CP2K| Program compiled at          2018年 12月 27日星期四 15:52:41 CST
CP2K| Program compiled on                               localhost.localdomain
CP2K| Program compiled for                               Linux-x86-64-intelx
CP2K| Data directory path                                     /srv/cp2k/data
CP2K| Input file name                                                 al13.inp

GLOBAL| Force Environment number                                           1
GLOBAL| Basis set file name                                        ./BASIS_SET
GLOBAL| Potential file name                                        ./POTENTIAL
GLOBAL| MM Potential file name                                  MM_POTENTIAL
GLOBAL| Coordinate file name                                     __STD_INPUT__
GLOBAL| Method name                                                       CP2K
GLOBAL| Project name                                                    al13
GLOBAL| Preferred FFT library                                           FFTW3
GLOBAL| Preferred diagonalization lib.                                     SL
GLOBAL| Run type                                                       GEO_OPT
GLOBAL| All-to-all communication in single precision                         F
GLOBAL| FFTs using library dependent lengths                               F
GLOBAL| Global print level                                                 LOW
GLOBAL| MPI I/O enabled                                                    T
GLOBAL| Total number of message passing processes                         12
GLOBAL| Number of threads for this process                                  1
GLOBAL| This output is from process                                        0
GLOBAL| CPU model name :  Intel(R) Xeon(R) Gold 6139 CPU @ 2.30GHz

MEMORY| system memory details [Kb]
MEMORY|                      rank 0          min          max    average
MEMORY| MemTotal          196517892    196517892    196517892    196517892
MEMORY| MemFree          123123596    123123596    123123596    123123596
MEMORY| Buffers             291212       291212       291212       291212
MEMORY| Cached             67118352    67118352    67118352    67118352
MEMORY| Slab                1595536    1595536    1595536    1595536
MEMORY| SReclaimable       1350400    1350400    1350400    1350400
MEMORY| MemLikelyFree    191883560    191883560    191883560    191883560

GENERATE|  Preliminary Number of Bonds generated:                            0
GENERATE|  Achieved consistency in connectivity generation.

*******************************************************************************
*******************************************************************************
**                                                                         **
**    #####                      ##             ##                   **
** ## ##          ##       ##             ##                   **
** ##    ##                      ##          ######                   **
** ##    ##  ## ##  ## #####  ##  ## #### ## ##### ##### **
** ##    ##  ## ##  ##  ##    ## ## ##    ## ## ##  ## ## **
** ##  ## ##  ## ##  ##  ##    ####    ### ## ###### ###### **
** ##  ### ## ##  ##  ##    ## ##    ## ## ##    ##       **
**    ####### ##### ## #####  ##  ##  #### ## ##### ##       **
**          ##                                                 ##       **
**                                                                         **
**                                              ... make the atoms dance **
**                                                                         **
**          Copyright (C) by CP2K developers group (2000 - 2018)          **
**                                                                         **
*******************************************************************************

TOTAL NUMBERS AND MAXIMUM NUMBERS

  Total number of          - Atomic kinds:                                  1
                           - Atoms:                                        13
                           - Shell sets:                                  26
                           - Shells:                                     117
                           - Primitive Cartesian functions:             169
                           - Cartesian basis functions:                   286
                           - Spherical basis functions:                   273

  Maximum angular momentum of- Orbital basis functions:                      2
                           - Local part of the GTH pseudopotential:       0
                           - Non-local part of the GTH pseudopotential:    2

SCF PARAMETERS       Density guess:                                  ATOMIC
                     --------------------------------------------------------
                     max_scf:                                           200
                     max_scf_history:                                     0
                     max_diis:                                           4
                     --------------------------------------------------------
                     eps_scf:                                     1.00E-05
                     eps_scf_history:                               0.00E+00
                     eps_diis:                                     1.00E-01
                     eps_eigval:                                  1.00E-05
                     --------------------------------------------------------
                     level_shift [a.u.]:                               0.00
                     --------------------------------------------------------
                     Mixing method:                            PULAY_MIXING
                                             charge density mixing in g-space
                     --------------------------------------------------------
                     No outer SCF

*******************************************************************************
***                   STARTING GEOMETRY OPTIMIZATION                   ***
***                         CONJUGATE GRADIENTS                         ***
*******************************************************************************

Number of electrons:                                                       40
Number of occupied orbitals:                                              20
Number of molecular orbitals:                                              20

Number of orbital functions:                                              273
Number of independent orbital functions:                                  273

Extrapolation method: initial_guess

SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION

  Step    Update method    Time Convergence       Total energy Change
  ------------------------------------------------------------------------------

作者
Author: 乐平 时间: 2021-7-1 17:02
本帖最后由乐平于 2021-7-1 11:12 编辑

看了看你的输入文件，首先从模型上来说，你做的是 Al 13 cluster，不是周期性的块体，盒子可能偏小了。
团簇的镜像之间建议相距超过 10 angstrom.

另外，输入文件中，电荷和自旋多重度的设置也有问题，
CHARGE -1
MULTIPLICITY  1

确定是带一个负电荷？自旋多重度确定是 1 ？

还有，你为什么要固定一个原子？

  &CONSTRAINT
&FIXED_ATOMS
   COMPONENTS_TO_FIX XYZ
   LIST 1
&END FIXED_ATOMS
  &END CONSTRAINT

作者
Author: 王一伊 时间: 2021-7-1 18:21

乐平发表于 2021-7-1 17:02
看了看你的输入文件，首先从模型上来说，你做的是 Al 13 cluster，不是周期性的块体，盒子可能偏小了。
团 ...

谢谢老师回复~
我尝试下将盒子建大一些
电荷为-1是想让团簇带有一个负电荷，Al13团簇带电荷后查看文献 10.1021/ar5001583 发现是闭壳层因此设置成了1
第一次尝试可能设置会有些不妥的地方，再次感谢您的回复！

作者
Author: 王一伊 时间: 2021-7-1 21:47

乐平发表于 2021-7-1 17:02
看了看你的输入文件，首先从模型上来说，你做的是 Al 13 cluster，不是周期性的块体，盒子可能偏小了。
团 ...

老师您好~按照您的建议，我改了盒子大小使得团簇镜像之间距离达到 12.67 angstrom，同时改变了固定的原子个数，设定所有原子固定。尝试了中性的开壳层团簇及带电荷的闭壳层团簇，二者提交后均报错如下

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.
Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.
Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.

Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DLASCL.
{ 0, 0}:  On entry to
DSTEQR parameter number  -63 had an illegal value
{ 1, 1}:  On entry to
DSTEQR parameter number  -63 had an illegal value

网上有解答说是MKL版本冲突，但是其他的CP2K作业是能够正常进行的，这是什么原因呀求解答

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-2 02:29

王一伊发表于 2021-7-1 09:13
谢谢老师回复~我想利用CP2K研究一下体系的稳定性，所以想在跑动力学之前先做一下优化，因为看到有老师提 ...

拿依靠平面波的第一性原理程序算这么小的团簇，完全是自找罪受，殊不知大量计算耗时都白白浪费在真空区了，而且还没利用点群对称性，之后能结合Multiwfn做的分析还少。

几何优化用Gaussian（最佳，能利用对称性）或ORCA，动力学建议用ORCA
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

作者
Author: 王一伊 时间: 2021-7-2 08:44

sobereva 发表于 2021-7-2 02:29
拿依靠平面波的第一性原理程序算这么小的团簇，完全是自找罪受，殊不知大量计算耗时都白白浪费在真空区了 ...

好的谢谢老师~

作者
Author: 洁然不同 时间: 2022-6-13 01:07

王一伊发表于 2021-7-1 21:47
老师您好~按照您的建议，我改了盒子大小使得团簇镜像之间距离达到 12.67 angstrom，同时改变了固定的原子 ...

几何优化你把所有原子固定这是为什么？

作者
Author: Yaochen 时间: 2022-9-1 18:16
我也遇到了和你相似的问题，输出文件不再更新了。现在还有相同的情况出现吗，有没有解决啊？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)