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标题: 求助 SiO2 001面模拟吸附的问题 [打印本页]

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Author: ONTHEWAY 时间: 2021-7-1 17:18
标题: 求助 SiO2 001面模拟吸附的问题
本帖最后由 ONTHEWAY 于 2021-7-1 17:22 编辑

1 请问我用MS切了一个SiO2的001面  这些未连接的原子需要删除吗 2 如果不删除的话在用GROMACS跑模拟的时候，这些原子跑其他的地方了该怎么解决？
3 在后面就出现了整个结构都发生了变形请问这是什么原因？下面有我写的mdp文件第一个数字图是em.mdp 第二个是eq.mdp  最下面的是eq时报错的显示（出现很多这样的报错显示）

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Author: sobereva 时间: 2021-7-2 01:49
gromacs里必须设periodic-molecules = yes，这样才能跨越盒子判断成键项

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Author: ONTHEWAY 时间: 2021-7-2 08:45

sobereva 发表于 2021-7-2 01:49
gromacs里必须设periodic-molecules = yes，这样才能跨越盒子判断成键项

好的谢谢老师

作者
Author: ONTHEWAY 时间: 2021-7-2 10:36

sobereva 发表于 2021-7-2 01:49
gromacs里必须设periodic-molecules = yes，这样才能跨越盒子判断成键项

老师我在mdp文件里面写了periodic-molecules = yes 但在能量最小化后这几个原子还是跑上面了 (, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: moluren 时间: 2021-11-30 15:52
请问，在上述模拟过程中，二氧化硅的top文件是怎样获得的呢，谢谢，请大佬不吝赐教

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Author: sobereva 时间: 2021-12-3 07:41

moluren 发表于 2021-11-30 15:52
请问，在上述模拟过程中，二氧化硅的top文件是怎样获得的呢，谢谢，请大佬不吝赐教

x2top

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Author: moluren 时间: 2021-12-5 10:58
谢谢sob老师，我找到了

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